Python fasta_to_fastqの例

コード例 #1

ファイル: pyrosample.py プロジェクト: Biocodings/illumitag

 def extract(self):
     # Call extraction #
     shell_output('sffinfo -s %s > %s' % (self.p.raw_sff, self.p.raw_fasta))
     shell_output('sffinfo -q %s > %s' % (self.p.raw_sff, self.p.raw_qual))
     shell_output('sffinfo -m %s > %s' % (self.p.raw_sff, self.p.manifest))
     # Convert #
     sh.fasta_to_fastq(self.p.raw_fasta, self.p.raw_qual, self.p.raw_fastq)

コード例 #2

ファイル: pyrosample.py プロジェクト: Xiuying/illumitag

 def extract(self):
     # Call extraction #
     shell_output('sffinfo -s %s > %s' % (self.p.raw_sff, self.p.raw_fasta))
     shell_output('sffinfo -q %s > %s' % (self.p.raw_sff, self.p.raw_qual))
     shell_output('sffinfo -m %s > %s' % (self.p.raw_sff, self.p.manifest))
     # Convert #
     sh.fasta_to_fastq(self.p.raw_fasta, self.p.raw_qual, self.p.raw_fastq)

コード例 #3

ファイル: sample.py プロジェクト: xapple/humic

 def raw(self):
     # Call extraction #
     shell_output('sffinfo -s %s > %s' % (self.p.raw_sff, self.p.raw_fasta))
     shell_output('sffinfo -q %s > %s' % (self.p.raw_sff, self.p.raw_qual))
     shell_output('sffinfo -m %s > %s' % (self.p.raw_sff, self.p.manifest))
     # Convert #
     sh.fasta_to_fastq(self.p.raw_fasta, self.p.raw_qual, self.p.raw_fastq)
     # Fast QC #
     sh.fastqc(self.p.raw_fastq, '-o', self.p.raw_dir, '-q')
     if os.path.exists(self.p.raw_dir + 'raw_fastqc.zip'): os.remove(self.p.raw_dir + 'raw_fastqc.zip')

コード例 #4

ファイル: pyrosample.py プロジェクト: Xiuying/illumitag

 def no_barcode_split(self):
     """Will translate the SFF files without barcodes. Just to explore an SFF file."""
     shell_output('sffinfo -s %s > %s' % (self.path, self.raw_fasta_path))
     shell_output('sffinfo -q %s > %s' % (self.path, self.raw_qual_path))
     sh.fasta_to_fastq(self.raw_fasta_path, self.raw_qual_path, self.fastq)

コード例 #5

ファイル: pyrosample.py プロジェクト: Biocodings/illumitag

 def no_barcode_split(self):
     """Will translate the SFF files without barcodes. Just to explore an SFF file."""
     shell_output('sffinfo -s %s > %s' % (self.path, self.raw_fasta_path))
     shell_output('sffinfo -q %s > %s' % (self.path, self.raw_qual_path))
     sh.fasta_to_fastq(self.raw_fasta_path, self.raw_qual_path, self.fastq)