コード例 #1
0
ファイル: test_base.py プロジェクト: nbresnick/scikit-bio 
    def test_observed_otus(self):
        obs = observed_otus(np.array([4, 3, 4, 0, 1, 0, 2]))
        self.assertEqual(obs, 5)

        obs = observed_otus(np.array([0, 0, 0]))
        self.assertEqual(obs, 0)

        obs = observed_otus(self.counts)
        self.assertEqual(obs, 9)
コード例 #2
0
ファイル: alpha_diversity.py プロジェクト: jrherr/qiime 
def observed_species(counts):
    return alph.observed_otus(counts)
コード例 #3
0
ファイル: alpha_diversity.py プロジェクト: jairideout/qiime 
def observed_species(counts):
    return alph.observed_otus(counts)