Python TabularMSA.has_keysの例

コード例 #1

ファイル: test_tabular_msa.py プロジェクト: hainm/scikit-bio

    def test_reindex_empty(self):
        # sequence empty
        msa = TabularMSA([])
        msa.reindex()
        self.assertEqual(msa, TabularMSA([]))
        self.assertFalse(msa.has_keys())

        msa.reindex(key=str)
        self.assertEqual(msa, TabularMSA([], key=str))
        npt.assert_array_equal(msa.keys, np.array([]))

        msa.reindex(keys=iter([]))
        self.assertEqual(msa, TabularMSA([], keys=iter([])))
        npt.assert_array_equal(msa.keys, np.array([]))

        # position empty
        msa = TabularMSA([DNA('')])
        msa.reindex()
        self.assertEqual(msa, TabularMSA([DNA('')]))
        self.assertFalse(msa.has_keys())

        msa.reindex(key=str)
        self.assertEqual(msa, TabularMSA([DNA('')], key=str))
        npt.assert_array_equal(msa.keys, np.array(['']))

        msa.reindex(keys=iter(['a']))
        self.assertEqual(msa, TabularMSA([DNA('')], keys=iter(['a'])))
        npt.assert_array_equal(msa.keys, np.array(['a']))

コード例 #2

    def test_reindex_empty(self):
        # sequence empty
        msa = TabularMSA([])
        msa.reindex()
        self.assertEqual(msa, TabularMSA([]))
        self.assertFalse(msa.has_keys())

        msa.reindex(key=str)
        self.assertEqual(msa, TabularMSA([], key=str))
        npt.assert_array_equal(msa.keys, np.array([]))

        msa.reindex(keys=iter([]))
        self.assertEqual(msa, TabularMSA([], keys=iter([])))
        npt.assert_array_equal(msa.keys, np.array([]))

        # position empty
        msa = TabularMSA([DNA('')])
        msa.reindex()
        self.assertEqual(msa, TabularMSA([DNA('')]))
        self.assertFalse(msa.has_keys())

        msa.reindex(key=str)
        self.assertEqual(msa, TabularMSA([DNA('')], key=str))
        npt.assert_array_equal(msa.keys, np.array(['']))

        msa.reindex(keys=iter(['a']))
        self.assertEqual(msa, TabularMSA([DNA('')], keys=iter(['a'])))
        npt.assert_array_equal(msa.keys, np.array(['a']))

コード例 #3

    def test_reindex_non_empty(self):
        msa = TabularMSA(
            [DNA('ACG', metadata={'id': 1}),
             DNA('AAA', metadata={'id': 2})],
            key=str)
        npt.assert_array_equal(msa.keys, np.array(['ACG', 'AAA']))

        msa.reindex(key='id')
        self.assertEqual(
            msa,
            TabularMSA([
                DNA('ACG', metadata={'id': 1}),
                DNA('AAA', metadata={'id': 2})
            ],
                       key='id'))
        npt.assert_array_equal(msa.keys, np.array([1, 2]))

        msa.reindex(keys=iter('ab'))
        self.assertEqual(
            msa,
            TabularMSA([
                DNA('ACG', metadata={'id': 1}),
                DNA('AAA', metadata={'id': 2})
            ],
                       keys=iter('ab')))
        npt.assert_array_equal(msa.keys, np.array(['a', 'b']))

        msa.reindex()
        self.assertFalse(msa.has_keys())

コード例 #4

 def test_keys_setter_non_empty(self):
     msa = TabularMSA([DNA('AC'), DNA('AG'), DNA('AT')])
     self.assertFalse(msa.has_keys())
     msa.keys = range(3)
     npt.assert_array_equal(msa.keys, np.array([0, 1, 2]))
     msa.keys = range(3, 6)
     npt.assert_array_equal(msa.keys, np.array([3, 4, 5]))

コード例 #5

ファイル: test_tabular_msa.py プロジェクト: hainm/scikit-bio

 def test_keys_setter_non_empty(self):
     msa = TabularMSA([DNA('AC'), DNA('AG'), DNA('AT')])
     self.assertFalse(msa.has_keys())
     msa.keys = range(3)
     npt.assert_array_equal(msa.keys, np.array([0, 1, 2]))
     msa.keys = range(3, 6)
     npt.assert_array_equal(msa.keys, np.array([3, 4, 5]))

コード例 #6

ファイル: test_tabular_msa.py プロジェクト: hainm/scikit-bio

    def test_has_keys(self):
        self.assertFalse(TabularMSA([]).has_keys())
        self.assertTrue(TabularMSA([], key=str).has_keys())

        self.assertFalse(TabularMSA([DNA('')]).has_keys())
        self.assertTrue(TabularMSA([DNA('')], key=str).has_keys())

        self.assertFalse(TabularMSA([DNA('ACG'), DNA('GCA')]).has_keys())
        self.assertTrue(
            TabularMSA([DNA('ACG', metadata={'id': 1}),
                        DNA('GCA', metadata={'id': 2})], key='id').has_keys())

        msa = TabularMSA([])
        self.assertFalse(msa.has_keys())
        msa.reindex(key=str)
        self.assertTrue(msa.has_keys())
        msa.reindex()
        self.assertFalse(msa.has_keys())

コード例 #7

    def test_has_keys(self):
        self.assertFalse(TabularMSA([]).has_keys())
        self.assertTrue(TabularMSA([], key=str).has_keys())

        self.assertFalse(TabularMSA([DNA('')]).has_keys())
        self.assertTrue(TabularMSA([DNA('')], key=str).has_keys())

        self.assertFalse(TabularMSA([DNA('ACG'), DNA('GCA')]).has_keys())
        self.assertTrue(
            TabularMSA([
                DNA('ACG', metadata={'id': 1}),
                DNA('GCA', metadata={'id': 2})
            ],
                       key='id').has_keys())

        msa = TabularMSA([])
        self.assertFalse(msa.has_keys())
        msa.reindex(key=str)
        self.assertTrue(msa.has_keys())
        msa.reindex()
        self.assertFalse(msa.has_keys())

コード例 #8

ファイル: test_tabular_msa.py プロジェクト: hainm/scikit-bio

    def test_reindex_non_empty(self):
        msa = TabularMSA([DNA('ACG', metadata={'id': 1}),
                          DNA('AAA', metadata={'id': 2})], key=str)
        npt.assert_array_equal(msa.keys, np.array(['ACG', 'AAA']))

        msa.reindex(key='id')
        self.assertEqual(
            msa,
            TabularMSA([DNA('ACG', metadata={'id': 1}),
                        DNA('AAA', metadata={'id': 2})], key='id'))
        npt.assert_array_equal(msa.keys, np.array([1, 2]))

        msa.reindex(keys=iter('ab'))
        self.assertEqual(
            msa,
            TabularMSA([DNA('ACG', metadata={'id': 1}),
                        DNA('AAA', metadata={'id': 2})], keys=iter('ab')))
        npt.assert_array_equal(msa.keys, np.array(['a', 'b']))

        msa.reindex()
        self.assertFalse(msa.has_keys())

コード例 #9

 def test_keys_deleter_with_keys(self):
     msa = TabularMSA([RNA('UUU'), RNA('AAA')], key=str)
     self.assertTrue(msa.has_keys())
     del msa.keys
     self.assertFalse(msa.has_keys())

コード例 #10

 def test_keys_deleter_no_keys(self):
     msa = TabularMSA([])
     self.assertFalse(msa.has_keys())
     del msa.keys
     self.assertFalse(msa.has_keys())

コード例 #11

 def test_keys_setter_empty(self):
     msa = TabularMSA([])
     self.assertFalse(msa.has_keys())
     msa.keys = iter([])
     npt.assert_array_equal(msa.keys, np.array([]))

コード例 #12

ファイル: test_tabular_msa.py プロジェクト: hainm/scikit-bio

 def test_keys_deleter_with_keys(self):
     msa = TabularMSA([RNA('UUU'), RNA('AAA')], key=str)
     self.assertTrue(msa.has_keys())
     del msa.keys
     self.assertFalse(msa.has_keys())

コード例 #13

ファイル: test_tabular_msa.py プロジェクト: hainm/scikit-bio

 def test_keys_deleter_no_keys(self):
     msa = TabularMSA([])
     self.assertFalse(msa.has_keys())
     del msa.keys
     self.assertFalse(msa.has_keys())

コード例 #14

ファイル: test_tabular_msa.py プロジェクト: hainm/scikit-bio

 def test_keys_setter_empty(self):
     msa = TabularMSA([])
     self.assertFalse(msa.has_keys())
     msa.keys = iter([])
     npt.assert_array_equal(msa.keys, np.array([]))