コード例 #1
0
ファイル: wrapper.py プロジェクト: dagopian/digestiflow-demux 
"""Snakemake wrapper for MultiQC.

This file is parth of Digestifly Demux.
"""

from snakemake import shell

__author__ = "Manuel Holtgrewe <*****@*****.**>"

shell.executable("/bin/bash")

shell(r"""
set -x
set -euo pipefail

rm -f {snakemake.output}

multiqc \
    --zip-data-dir \
    --outdir $(dirname {snakemake.output.html}) \
    --interactive \
    {snakemake.input}

""")
コード例 #2
0
ファイル: conftest.py プロジェクト: kpj/snakemake 
 def reset_shell_exec_on_windows(prepend_usable_bash_to_path):
     shell.executable(None)
コード例 #3
0
from snakemake import shell
shell.executable("bash")

shell("echo {} > {}".format(snakemake.params["title"], snakemake.output[0]))