コード例 #1
0
ファイル: count-read-bp.py プロジェクト: Honglongwu/sqer-demo 
def main():
   parser = argparse.ArgumentParser()
   parser.add_argument('filenames', nargs='+')

   args = parser.parse_args()

   total = 0
   for filename in args.filenames:
       records = screed.open(filename)
       total += sqer.sum_bp_records(records)

   print '%d bp total' % total
コード例 #2
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def main():
    parser = argparse.ArgumentParser()
    parser.add_argument('filenames', nargs='+')

    args = parser.parse_args()

    total = 0
    for filename in args.filenames:
        records = screed.open(filename)
        total += sqer.sum_bp_records(records)

    print '%d bp total' % total
コード例 #3
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ファイル: test_basic.py プロジェクト: ngs-docs/sqer-demo 
def test_sum_bp_records():
    rl = [FakeRecord("A"), FakeRecord("G")]
    assert sqer.sum_bp_records(rl) == 2
コード例 #4
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def test_sum_bp_records():
    rl = [ FakeRecord("A"), FakeRecord("G") ]
    assert sqer.sum_bp_records(rl) == 2