コード例 #1
0
ファイル: anatomy.py プロジェクト: pelednoam/mmvt 
def get_subject_files_using_sftp_from_ohad(subject, args):
    args = anat.read_cmd_args(['-s', subject,'-a', args.atlas])
    args.sftp = True
    args.sftp_username = '******'
    args.sftp_domain = '127.0.0.1'
    args.sftp_port = 4444
    args.sftp_subject_dir = '/media/ohadfel/New_Volume/subs/{}'.format(subject)
    args.remote_subject_dir = '/media/ohadfel/New_Volume/subs/{}'.format(subject)
    args.function = 'prepare_local_subjects_folder'
    anat.run_on_subjects(args)
コード例 #2
0
ファイル: anatomy.py プロジェクト: pelednoam/mmvt 
def get_subject_files_using_sftp(subject, args):
    args = anat.read_cmd_args(['-s', subject, '--sftp_username', args.sftp_username, '--sftp_domain', args.sftp_domain])
    args.sftp = True
    anat.run_on_subjects(args)
コード例 #3
0
ファイル: anatomy.py プロジェクト: pelednoam/mmvt 
def add_parcellation(subject, args):
    args = anat.read_cmd_args(['-s', subject, '-a', args.atlas])
    args.function = 'create_annotation_from_template,parcelate_cortex,calc_faces_verts_dic,' + \
        'save_labels_vertices,save_hemis_curv,calc_labels_center_of_mass,save_labels_coloring'
    anat.run_on_subjects(args)
コード例 #4
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ファイル: anatomy.py プロジェクト: pelednoam/mmvt 
def darpa(subject, args):
    args = anat.read_cmd_args(['-s', subject, '-a', args.atlas])
    subject = subject[:2].upper() + subject[2:]
    args.remote_subject_dir = op.join('/space/huygens/1/users/kara/{}_SurferOutput/'.format(subject))
    anat.run_on_subjects(args)
コード例 #5
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ファイル: anatomy.py プロジェクト: pelednoam/mmvt 
def prepare_subject_folder_from_huygens(subject, args):
    args = anat.read_cmd_args(['-s', subject])
    subject = subject[:2].upper() + subject[2:]
    args.remote_subject_dir = op.join('/space/huygens/1/users/kara/{}_SurferOutput/'.format(subject))
    args.function = 'prepare_local_subjects_folder'
    anat.run_on_subjects(args)
コード例 #6
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ファイル: anatomy.py プロジェクト: pelednoam/mmvt 
def prepare_subject_folder_from_franklin(subject, args):
    args = anat.read_cmd_args(['-s', subject])
    args.remote_subject_dir = op.join('/autofs/space/franklin_003/users/npeled/subjects_old/{}'.format(subject))
    args.function = 'prepare_local_subjects_folder'
    anat.run_on_subjects(args)
コード例 #7
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ファイル: anatomy.py プロジェクト: pelednoam/mmvt 
def get_subject_files_from_server(subject, args):
    args = anat.read_cmd_args(['-s', subject])
    args.remote_subject_dir = op.join('/autofs/cluster/neuromind/npeled/subjects', subject)
    anat.run_on_subjects(args)