コード例 #1
0
    def test_parse_genotypes(self):
        genotype_field_strings = ['0/1:20', '0/0:15']
        parsed_dict = self.variant._parse_genotypes(genotype_field_strings)

        na12878_gt = Genotype(self.variant,
                              genotype_field_strings[0].split(':'))
        na0001_gt = Genotype(self.variant,
                             genotype_field_strings[1].split(':'))
        expected_genotype_dict = {'NA12878': na12878_gt, 'NA0001': na0001_gt}

        self.assertEqual(parsed_dict, expected_genotype_dict)
コード例 #2
0
 def _parse_genotypes(self, genotype_array):
     '''
     Parse the genotype strings
     '''
     gts = dict()
     for index, sample_string in enumerate(genotype_array):
         sample_name = self.sample_list[index]
         sample_field = sample_string.split(':')
         g = Genotype(self, sample_field)
         gts[sample_name] = g
     return gts
コード例 #3
0
ファイル: genotype_tests.py プロジェクト: jeldred/svtools
 def test_get_gt_string(self):
     g = Genotype(self.variant, '0/1')
     g.set_format('INACTIVE', 10)
     self.assertEqual(g.get_gt_string(), '0/1:.:10')
コード例 #4
0
ファイル: genotype_tests.py プロジェクト: jeldred/svtools
 def test_set_format(self):
     g = Genotype(self.variant, '0/1')
     self.assertFalse('INACTIVE' in self.variant.active_formats)
     g.set_format('INACTIVE', 10)
     self.assertEqual(g.format['INACTIVE'], 10)
     self.assertTrue('INACTIVE' in self.variant.active_formats)
コード例 #5
0
ファイル: genotype_tests.py プロジェクト: jeldred/svtools
 def test_get_format(self):
     g = Genotype(self.variant, '0/1')
     g.set_format('INACTIVE', 10)
     self.assertEqual(g.get_format('INACTIVE'), 10)
コード例 #6
0
 def test_get_gt_string(self):
     g = Genotype(self.variant, ['0/1'])
     g.set_format('INACTIVE', 10)
     self.assertEqual(g.get_gt_string(), '0/1:.:10')
コード例 #7
0
 def test_set_genotype(self):
     new_genotype = Genotype(self.variant, ['0/1', '9'])
     self.variant.set_genotype('NA12878', new_genotype)
     self.assertEqual(
         self.variant.genotype('NA12878').get_gt_string(), '0/1:9')
コード例 #8
0
 def test_get_format(self):
     g = Genotype(self.variant, ['0/1'])
     g.set_format('INACTIVE', 10)
     self.assertEqual(g.get_format('INACTIVE'), 10)
コード例 #9
0
 def test_set_format(self):
     g = Genotype(self.variant, ['0/1'])
     self.assertFalse('INACTIVE' in self.variant.format_dict)
     g.set_format('INACTIVE', 10)
     self.assertEqual(g.get_format('INACTIVE'), 10)
     self.assertTrue('INACTIVE' in self.variant.format_dict)
コード例 #10
0
 def test_equal(self):
     g1 = Genotype(self.variant, ['0/1'])
     g1.set_format('INACTIVE', 10)
     g2 = Genotype(self.variant, ['0/1'])
     g2.set_format('INACTIVE', 10)
     self.assertEqual(g1, g2)
コード例 #11
0
ファイル: genotype_tests.py プロジェクト: MMesbahU/svtools
 def test_set_format(self):
     g = Genotype(self.variant, ['0/1'])
     self.assertFalse('INACTIVE' in self.variant.format_dict)
     g.set_format('INACTIVE', 10)
     self.assertEqual(g.get_format('INACTIVE'), 10)
     self.assertTrue('INACTIVE' in self.variant.format_dict)
コード例 #12
0
ファイル: genotype_tests.py プロジェクト: MMesbahU/svtools
 def test_equal(self):
     g1 = Genotype(self.variant, ['0/1'])
     g1.set_format('INACTIVE', 10)
     g2 = Genotype(self.variant, ['0/1'])
     g2.set_format('INACTIVE', 10)
     self.assertEqual(g1, g2)