Python download_test_dataの例

コード例 #1

ファイル: test_msm.py プロジェクト: sbhakat/MasterMSM

 def setUp(self):
     download_test_data()
     self.tr = traj.TimeSeries(top='test/data/alaTB.gro', \
             traj=['test/data/protein_only.xtc'])
     self.tr.discretize('rama', states=['A', 'E', 'O'])
     self.tr.find_keys()
     self.msm = msm.SuperMSM([self.tr])

コード例 #2

ファイル: test_trajectory.py プロジェクト: sbhakat/MasterMSM

 def setUp(self):
     download_test_data()
     self.traj = md.load('test/data/protein_only.xtc', \
             top='test/data/alaTB.gro')
     self.topfn = 'test/data/alaTB.gro'
     self.trajfn = 'test/data/protein_only.xtc'
     self.tr = traj.TimeSeries(top='test/data/alaTB.gro', \
                               traj=['test/data/protein_only.xtc'])

コード例 #3

ファイル: test_msm.py プロジェクト: sbhakat/MasterMSM

 def setUp(self):
     download_test_data()
     self.nstates = np.random.randint(3,100)
     distraj_1 = np.random.randint(1,self.nstates+1, size=1000).tolist()
     traj_1 = traj.TimeSeries(distraj= distraj_1, dt=1.)
     distraj_2 = np.random.randint(1,self.nstates+1, size=1000).tolist()
     traj_2 = traj.TimeSeries(distraj= distraj_2, dt=2.)
     self.data = np.array([
         traj_1,
         traj_2
     ])
     self.lagt = 10
     self.keys = [i for i in range(1,self.nstates+1)]
     msm_obj = msm.MSM(data=self.data, lagt=self.lagt, keys=self.keys, sym=True)
     self.msm = msm_obj