コード例 #1
0
def test_normalize():
    assert_allclose(
        normalize(
            read_file('tomo.npy'),
            read_file('flat.npy'),
            read_file('dark.npy')),
        read_file('normalize.npy'))
コード例 #2
0
ファイル: test_normalize.py プロジェクト: jul571/tomopy 
def test_normalize_nf():
    assert_allclose(
        normalize_nf(
            read_file('tomo.npy'),
            read_file('flat_1.npy'),
            read_file('dark.npy'),
            (0, 4, 8, 12, 16)),
        read_file('normalize_nf.npy'))
コード例 #3
0
def test_write_center():
    dpath = os.path.join('test', 'tmp')
    cen_range = (5, 7, 0.5)
    cen = np.arange(cen_range[0], cen_range[1], cen_range[2])
    write_center(read_file('proj.npy'),
                 read_file('angle.npy'),
                 dpath,
                 cen_range=cen_range)
    for m in range(cen.size):
        assert_equals(
            os.path.isfile(
                os.path.join(os.path.join('test', 'tmp'),
                             str('{0:.2f}'.format(cen[m]) + '.tiff'))), True)
    shutil.rmtree(dpath)
コード例 #4
0
ファイル: test_algorithm.py プロジェクト: kyuepublic/tomopy 
 def test_gridrec(self):
     assert_allclose(
         recon(self.prj, self.ang, algorithm='gridrec', filter_name='none'),
         read_file('gridrec_none.npy'), rtol=1e-2)
     assert_allclose(
         recon(self.prj, self.ang, algorithm='gridrec', filter_name='shepp'),
         read_file('gridrec_shepp.npy'), rtol=1e-2)
     assert_allclose(
         recon(self.prj, self.ang, algorithm='gridrec', filter_name='cosine'),
         read_file('gridrec_cosine.npy'), rtol=1e-2)
     assert_allclose(
         recon(self.prj, self.ang, algorithm='gridrec', filter_name='hann'),
         read_file('gridrec_hann.npy'), rtol=1e-2)
     assert_allclose(
         recon(self.prj, self.ang, algorithm='gridrec', filter_name='hamming'),
         read_file('gridrec_hamming.npy'), rtol=1e-2)
     assert_allclose(
         recon(self.prj, self.ang, algorithm='gridrec', filter_name='ramlak'),
         read_file('gridrec_ramlak.npy'), rtol=1e-2)
     assert_allclose(
         recon(self.prj, self.ang, algorithm='gridrec', filter_name='parzen'),
         read_file('gridrec_parzen.npy'), rtol=1e-2)
     assert_allclose(
         recon(self.prj, self.ang, algorithm='gridrec', filter_name='butterworth'),
         read_file('gridrec_butterworth.npy'), rtol=1e-2)
コード例 #5
0
ファイル: test_rotation.py プロジェクト: AaronBM/tomopy 
def test_write_center():
    dpath = os.path.join('test', 'tmp')
    cen_range = (5, 7, 0.5)
    cen = np.arange(cen_range[0], cen_range[1], cen_range[2])
    write_center(
        read_file('proj.npy'),
        read_file('angle.npy'),
        dpath, cen_range=cen_range)
    for m in range(0):
        assert_equals(
            os.path.isfile(
                os.path.join(
                    os.path.join('tmp', 'center'),
                    str('{:.2f}'.format(cen[m]) + '.tiff'))), True)
    shutil.rmtree(dpath)
コード例 #6
0
 def test_ospml_hybrid(self):
     assert_allclose(recon(self.prj,
                           self.ang,
                           algorithm='ospml_hybrid',
                           num_iter=4),
                     read_file('ospml_hybrid.npy'),
                     rtol=1e-2)
コード例 #7
0
 def test_pml_quad(self):
     assert_allclose(recon(self.prj,
                           self.ang,
                           algorithm='pml_quad',
                           num_iter=4),
                     read_file('pml_quad.npy'),
                     rtol=1e-2)
コード例 #8
0
ファイル: test_mask.py プロジェクト: xiaogangyang/tomopy 
def test_circ_mask():
    loop_dim(circ_mask, read_file('obj.npy'))
コード例 #9
0
def test_find_center():
    sim = read_file('sinogram.npy')
    ang = np.linspace(0, np.pi, sim.shape[0])
    cen = find_center(sim, ang)
    assert_allclose(cen, 45.28, rtol=1e-2)
コード例 #10
0
ファイル: test_morph.py プロジェクト: gankrish/tomopy 
def test_upsample():
    loop_dim(upsample, read_file('obj.npy'))
コード例 #11
0
ファイル: test_rotation.py プロジェクト: kyuepublic/tomopy 
def test_find_center_pc():
    proj_0 = read_file('projection.npy')
    proj_180 = image_shift(np.fliplr(proj_0), (0, 18.75), mode='reflect')
    cen = find_center_pc(proj_0, proj_180)
    assert_allclose(cen, 73.375, rtol=0.25)
コード例 #12
0
ファイル: test_project.py プロジェクト: JStuckner/tomopy 
def test_project():
    assert_allclose(
        project(read_file('obj.npy'), read_file('angle.npy')),
        read_file('proj.npy'), rtol=1e-2)
コード例 #13
0
ファイル: test_corr.py プロジェクト: JStuckner/tomopy 
def test_sobel_filter():
    loop_dim(sobel_filter, read_file('cube.npy'))
コード例 #14
0
ファイル: test_corr.py プロジェクト: PeriLLC/tomopy 
def test_remove_outlier():
    proj = read_file("proj.npy")
    proj[8][4][6] = 20
    assert_allclose(remove_outlier(proj, dif=10), read_file("remove_zinger.npy"))
コード例 #15
0
ファイル: test_algorithm.py プロジェクト: AaronBM/tomopy 
 def test_mlem(self):
     assert_allclose(
         recon(self.prj, self.ang, algorithm='mlem', num_iter=4),
         read_file('mlem.npy'), rtol=1e-2)
コード例 #16
0
ファイル: test_algorithm.py プロジェクト: AaronBM/tomopy 
 def test_ospml_hybrid(self):
     assert_allclose(
         recon(self.prj, self.ang, algorithm='ospml_hybrid', num_iter=4),
         read_file('ospml_hybrid.npy'), rtol=1e-2)
コード例 #17
0
ファイル: test_algorithm.py プロジェクト: AaronBM/tomopy 
 def test_fbp(self):
     assert_allclose(
         recon(self.prj, self.ang, algorithm='fbp'),
         read_file('fbp.npy'), rtol=1e-2)
コード例 #18
0
ファイル: test_algorithm.py プロジェクト: xiaogangyang/tomopy 
 def test_gridrec(self):
     assert_allclose(
         recon(self.prj, self.ang, algorithm='gridrec'),
         read_file('gridrec.npy'), rtol=1e-2)
コード例 #19
0
ファイル: test_algorithm.py プロジェクト: AaronBM/tomopy 
 def test_bart(self):
     assert_allclose(
         recon(self.prj, self.ang, algorithm='bart', num_iter=4),
         read_file('bart.npy'), rtol=1e-2)
コード例 #20
0
ファイル: test_algorithm.py プロジェクト: xiaogangyang/tomopy 
 def __init__(self):
     self.prj = read_file('proj.npy')
     self.ang = read_file('angle.npy')
コード例 #21
0
ファイル: test_algorithm.py プロジェクト: AaronBM/tomopy 
 def test_pml_quad(self):
     assert_allclose(
         recon(self.prj, self.ang, algorithm='pml_quad', num_iter=4),
         read_file('pml_quad.npy'), rtol=1e-2)
コード例 #22
0
def test_retrieve_phase():
    assert_allclose(retrieve_phase(read_file('proj.npy')),
                    read_file('retrieve_phase.npy'),
                    rtol=1e-6)
コード例 #23
0
def test_gaussian_filter():
    loop_dim(gaussian_filter, read_file('cube.npy'))
コード例 #24
0
ファイル: test_corr.py プロジェクト: JStuckner/tomopy 
def test_gaussian_filter():
    loop_dim(gaussian_filter, read_file('cube.npy'))
コード例 #25
0
def test_median_filter():
    loop_dim(median_filter, read_file('cube.npy'))
コード例 #26
0
ファイル: test_normalize.py プロジェクト: JStuckner/tomopy 
def test_normalize_bg():
    assert_allclose(
        normalize_bg(read_file('tomo.npy')),
        read_file('normalize_bg.npy'))
コード例 #27
0
def test_sobel_filter():
    loop_dim(sobel_filter, read_file('cube.npy'))
コード例 #28
0
ファイル: test_rotation.py プロジェクト: jul571/tomopy 
def test_find_center():
    sim = read_file('sinogram.npy')
    ang = np.linspace(0, np.pi, sim.shape[0])
    cen = find_center(sim, ang)
    assert_allclose(cen, 45.28, rtol=1e-2)
コード例 #29
0
def test_remove_outlier():
    proj = read_file('proj.npy')
    proj[8][4][6] = 20
    assert_allclose(remove_outlier(proj, dif=10),
                    read_file('remove_zinger.npy'))
コード例 #30
0
ファイル: test_corr.py プロジェクト: PeriLLC/tomopy 
def test_sobel_filter():
    loop_dim(sobel_filter, read_file("cube.npy"))
コード例 #31
0
ファイル: test_phase.py プロジェクト: MrQ007/tomopy 
def test_retrieve_phase():
    assert_allclose(
        retrieve_phase(read_file('proj.npy')),
        read_file('retrieve_phase.npy'), rtol=1e-6)
コード例 #32
0
def test_pad():
    loop_dim(pad, read_file('obj.npy'))
コード例 #33
0
 def test_mlem(self):
     assert_allclose(recon(self.prj, self.ang, algorithm='mlem',
                           num_iter=4),
                     read_file('mlem.npy'),
                     rtol=1e-2)
コード例 #34
0
ファイル: test_morph.py プロジェクト: gankrish/tomopy 
def test_downsample():
    loop_dim(downsample, read_file('obj.npy'))
コード例 #35
0
ファイル: test_corr.py プロジェクト: JStuckner/tomopy 
def test_circ_mask():
    loop_dim(circ_mask, read_file('obj.npy'))
コード例 #36
0
def test_remove_stripe_ti():
    assert_allclose(remove_stripe_ti(read_file('proj.npy')),
                    read_file('remove_stripe_ti.npy'),
                    rtol=1e-2)
コード例 #37
0
ファイル: test_morph.py プロジェクト: kyuepublic/tomopy 
def test_downsample():
    loop_dim(downsample, read_file('obj.npy'))
コード例 #38
0
ファイル: test_project.py プロジェクト: imrealkaren/tomopy 
def test_project():
    assert_allclose(project(read_file("obj.npy"), read_file("angle.npy")), read_file("proj.npy"), rtol=1e-2)
コード例 #39
0
ファイル: test_stripe.py プロジェクト: MrQ007/tomopy 
def test_remove_stripe_ti():
    assert_allclose(
        remove_stripe_ti(read_file('proj.npy')),
        read_file('remove_stripe_ti.npy'), rtol=1e-2)
コード例 #40
0
ファイル: test_normalize.py プロジェクト: kyuepublic/tomopy 
def test_normalize_nf():
    assert_allclose(
        normalize_nf(read_file('tomo.npy'), read_file('flat_1.npy'),
                     read_file('dark.npy'), (0, 4, 8, 12, 16)),
        read_file('normalize_nf.npy'))
コード例 #41
0
 def test_bart(self):
     assert_allclose(recon(self.prj, self.ang, algorithm='bart',
                           num_iter=4),
                     read_file('bart.npy'),
                     rtol=1e-2)
コード例 #42
0
ファイル: test_corr.py プロジェクト: JStuckner/tomopy 
def test_median_filter():
    loop_dim(median_filter, read_file('cube.npy'))
コード例 #43
0
 def test_fbp(self):
     assert_allclose(recon(self.prj, self.ang, algorithm='fbp'),
                     read_file('fbp.npy'),
                     rtol=1e-2)
コード例 #44
0
ファイル: test_corr.py プロジェクト: JStuckner/tomopy 
def test_remove_outlier():
    proj = read_file('proj.npy')
    proj[8][4][6] = 20
    assert_allclose(
        remove_outlier(proj, dif=10),
        read_file('remove_outlier.npy'))
コード例 #45
0
ファイル: test_algorithm.py プロジェクト: jul571/tomopy 
 def __init__(self):
     self.prj = read_file('proj.npy')
     self.ang = read_file('angle.npy').astype('float32')
コード例 #46
0
ファイル: test_normalize.py プロジェクト: xiaogangyang/tomopy 
def test_normalize_bg():
    assert_allclose(normalize_bg(read_file('tomo.npy')),
                    read_file('normalize_bg.npy'))
コード例 #47
0
 def __init__(self):
     self.prj = read_file('proj.npy')
     self.ang = read_file('angle.npy').astype('float32')
コード例 #48
0
ファイル: test_morph.py プロジェクト: kyuepublic/tomopy 
def test_upsample():
    loop_dim(upsample, read_file('obj.npy'))
コード例 #49
0
def test_project():
    assert_allclose(project(read_file('obj.npy'), read_file('angle.npy')),
                    read_file('proj.npy'),
                    rtol=1e-2)