コード例 #1
0
 def setUpClass(cls):
     dataset = DataSet(data={'description': "Test source extraction step"})
     cls.dataset_id = dataset.id
     config = SafeConfigParser()
     config.read(default_job_config)
     config = parse_to_dict(config)
     cls.parset = config['source_extraction']
コード例 #2
0
 def setUpClass(cls):
     dataset = DataSet(data={'description': "Test source extraction step"})
     cls.dataset_id = dataset.id
     config = SafeConfigParser()
     config.read(default_job_config)
     config = parse_to_dict(config)
     cls.parset = config['source_extraction']
コード例 #3
0
ファイル: misc.py プロジェクト: transientskp/tkp
def load_job_config(pipe_config):
    """
    Locates the job_params.cfg in 'job_directory' and loads via ConfigParser.
    """
    job_directory = pipe_config["DEFAULT"]["job_directory"]
    job_config = ConfigParser.SafeConfigParser()
    job_config.read(os.path.join(job_directory, "job_params.cfg"))
    return parse_to_dict(job_config)
コード例 #4
0
def load_job_config(pipe_config):
    """
    Locates the job_params.cfg in 'job_directory' and loads via ConfigParser.
    """
    job_directory = pipe_config['DEFAULT']['job_directory']
    job_config = ConfigParser.SafeConfigParser()
    job_config.read(os.path.join(job_directory, 'job_params.cfg'))
    return parse_to_dict(job_config)
コード例 #5
0
ファイル: test_inject.py プロジェクト: jdswinbank/tkp
    def test_injection(self):
        c = SafeConfigParser()
        c.read(default_header_inject_config)
        parset = parse_to_dict(c)['inject']

        tkp.inject.modify_fits_headers(parset, self.fixed_file, overwrite=True)
        fixed_fits = tkp.accessors.open(self.fixed_file)
        self.assertTrue(isinstance(fixed_fits, DataAccessor))
        self.assertTrue(isinstance(fixed_fits, LofarAccessor))
コード例 #6
0
ファイル: test_persistence.py プロジェクト: hughbg/tkp
    def setUpClass(cls):
        cls.dataset_id = db_subs.create_dataset_8images()
        cls.images = [testdata.fits_file]
        cls.extraction_radius = 256
        job_config = SafeConfigParser()
        job_config.read(default_job_config)
        job_config = parse_to_dict(job_config)
        cls.persistence_pars = job_config['persistence']
        pipe_config = initialize_pipeline_config(default_pipeline_config,
                                                 job_name="test_persistence")

        cls.image_cache_pars = pipe_config['image_cache']
コード例 #7
0
ファイル: test_persistence.py プロジェクト: transientskp/tkp
    def setUpClass(cls):
        dataset = tkp.db.DataSet(data={"description": "Test persistence"})
        cls.dataset_id = dataset.id
        cls.images = [datafile]
        cls.accessors = [tkp.accessors.open(datafile)]
        cls.extraction_radius = 256
        job_config = SafeConfigParser()
        job_config.read(default_job_config)
        job_config = parse_to_dict(job_config)
        cls.persistence_pars = job_config["persistence"]
        pipe_config = initialize_pipeline_config(default_pipeline_config, job_name="test_persistence")

        cls.image_cache_pars = pipe_config["image_cache"]
コード例 #8
0
    def setUpClass(cls):
        dataset = tkp.db.DataSet(data={'description': "Test persistence"})
        cls.dataset_id = dataset.id
        cls.images = [datafile]
        cls.extraction_radius = 256
        job_config = SafeConfigParser()
        job_config.read(default_job_config)
        job_config = parse_to_dict(job_config)
        cls.persistence_pars = job_config['persistence']
        pipe_config = initialize_pipeline_config(default_pipeline_config,
                                                 job_name="test_persistence")

        cls.image_cache_pars = pipe_config['image_cache']
コード例 #9
0
ファイル: inject.py プロジェクト: hughbg/tkp
def main():
    parset_file, target_files, overwrite = parse_arguments()
    c = SafeConfigParser()
    c.read(parset_file)
    new_hdr_entries = parse_to_dict(c)['inject']

    for target_file in target_files:
        #Normally accessors.open checks this, but we're going straight 
        #to detect here because we don't want to actually open it:
        if not os.path.isfile(target_file) or os.path.isdir(target_file):
            print "File not found: %s (check path is correct?)" % target_file
            continue
        print "injecting data into %s" % target_file
        accessor_class = tkp.accessors.detection.detect(target_file)

        if accessor_class == LofarFitsImage:
            modify_fits_headers(new_hdr_entries, target_file, overwrite)
        elif accessor_class == LofarCasaImage:
            modify_casa_headers(new_hdr_entries, target_file)
        else:
            print "ERROR: %s is in a unknown format" % target_file
コード例 #10
0
def main():
    logging.basicConfig(level=logging.DEBUG)
    parset_file, target_files, overwrite = parse_arguments()
    c = SafeConfigParser()
    c.read(parset_file)
    new_hdr_entries = parse_to_dict(c)['inject']

    for target_file in target_files:
        #Normally accessors.open checks this, but we're going straight
        #to detect here because we don't want to actually open it:
        if not (os.path.isfile(target_file) or os.path.isdir(target_file)):
            logger.warn("File not found: %s (check path is correct?)" %
                        target_file)
            continue
        logger.info("injecting data into %s" % target_file)
        accessor_class = tkp.accessors.detection.detect(target_file)
        if FitsImage in accessor_class.mro():
            modify_fits_headers(new_hdr_entries, target_file, overwrite)
        elif accessor_class == LofarCasaImage:
            modify_lofarcasa_tau_time(new_hdr_entries, target_file)
        else:
            logger.error("ERROR: %s is in a unknown format" % target_file)
コード例 #11
0
ファイル: inject.py プロジェクト: gijzelaerr/tkp-1
def main():
    logging.basicConfig(level=logging.DEBUG)
    parset_file, target_files, overwrite = parse_arguments()
    c = SafeConfigParser()
    c.read(parset_file)
    new_hdr_entries = parse_to_dict(c)['inject']

    for target_file in target_files:
        #Normally accessors.open checks this, but we're going straight 
        #to detect here because we don't want to actually open it:
        if not (os.path.isfile(target_file) or os.path.isdir(target_file)):
            logger.warn("File not found: %s (check path is correct?)"
                        % target_file)
            continue
        logger.info("injecting data into %s" % target_file)
        accessor_class = tkp.accessors.detection.detect(target_file)
        if FitsImage in accessor_class.mro():
            modify_fits_headers(new_hdr_entries, target_file, overwrite)
        elif accessor_class == LofarCasaImage:
            modify_lofarcasa_tau_time(new_hdr_entries, target_file)
        else:
            logger.error("ERROR: %s is in a unknown format" % target_file)
コード例 #12
0
ファイル: test_quality.py プロジェクト: jdswinbank/tkp
 def setUp(self):
     self.accessor = tkp.accessors.open(fits_file)
     config = SafeConfigParser()
     config.read(default_job_config)
     self.job_config = parse_to_dict(config)
コード例 #13
0
ファイル: test_config.py プロジェクト: Error323/tkp
 def test_default_inject_config(self):
     c = SafeConfigParser()
     c.read(default_header_inject_config)
     inject_config = parse_to_dict(c)
コード例 #14
0
ファイル: test_config.py プロジェクト: Error323/tkp
 def test_parser(self):
     parsed = parse_to_dict(self.config)
     self.assertEqual(parsed, self.parset)
コード例 #15
0
ファイル: test_config.py プロジェクト: Error323/tkp
 def test_default_job_config(self):
     c = SafeConfigParser()
     c.read(default_job_config)
     job_config = parse_to_dict(c)
コード例 #16
0
ファイル: test_quality.py プロジェクト: hughbg/tkp
 def setUpClass(cls):
     cls.accessor = tkp.accessors.open(casa_table)
     config = SafeConfigParser()
     config.read(default_job_config)
     cls.job_config = parse_to_dict(config)
コード例 #17
0
ファイル: test_quality.py プロジェクト: bartscheers/so_tkp
 def setUp(self):
     self.accessor = tkp.accessors.open(fits_file)
     config = SafeConfigParser()
     config.read(default_job_config)
     self.job_config = parse_to_dict(config)
コード例 #18
0
 def test_parser(self):
     parsed = parse_to_dict(self.config)
     self.assertEqual(parsed, self.parset)
コード例 #19
0
 def test_default_inject_config(self):
     c = SafeConfigParser()
     c.read(default_header_inject_config)
     inject_config = parse_to_dict(c)
コード例 #20
0
 def test_default_job_config(self):
     c = SafeConfigParser()
     c.read(default_job_config)
     job_config = parse_to_dict(c)
コード例 #21
0
ファイル: test_source_extraction.py プロジェクト: hughbg/tkp
 def setUpClass(cls):
     cls.dataset_id = db_subs.create_dataset_8images()
     config = SafeConfigParser()
     config.read(default_job_config)
     config = parse_to_dict(config)
     cls.parset = config["source_extraction"]
コード例 #22
0
ファイル: test_transient_search.py プロジェクト: hughbg/tkp
 def setUpClass(cls):
     cls.dataset_id = db_subs.create_dataset_8images(extract_sources=True)
     config = SafeConfigParser()
     config.read(default_job_config)
     config = parse_to_dict(config)
     cls.parset =config['transient_search']