Python find_SEの例

コード例 #1

ファイル: find_SE_test.py プロジェクト: babonis/gimme

    def test_one_skipped_exon(self):
        self.graph.add_path([str(self.ex1), str(self.ex2), str(self.ex3)])
        self.graph.add_path([str(self.ex1), str(self.ex3)])
        self.events = list(find_SE(self.graph))

        self.assertEqual(len(self.events), 1)  # one skipped exon
        self.assertEqual(len(self.events[0]) + 1, 2)  # two isoforms

コード例 #2

ファイル: find_SE_test.py プロジェクト: babonis/gimme

    def test_no_skipped_exon(self):
        self.ex5 = Exon('chrX', 9000, 10000, 'ex1.1', '+')
        self.exonsDB[str(self.ex5)] = self.ex5
        self.graph.add_path([str(self.ex1), str(self.ex2), str(self.ex3)])
        self.graph.add_path([str(self.ex3), str(self.ex4), str(self.ex5)])
        self.events = list(find_SE(self.graph))

        self.assertEqual(len(self.events), 0)

コード例 #3

ファイル: find_SE_test.py プロジェクト: babonis/gimme

    def test_two_single_skipped_exon(self):
        self.ex5 = Exon('chrX', 9000, 10000, 'ex1.1', '+')
        self.exonsDB[str(self.ex5)] = self.ex5

        self.graph.add_path([str(self.ex1), str(self.ex2), str(self.ex3)])
        self.graph.add_path([str(self.ex1), str(self.ex3)])

        self.graph.add_path([str(self.ex3), str(self.ex4), str(self.ex5)])
        self.graph.add_path([str(self.ex3), str(self.ex5)])
        self.events = list(find_SE(self.graph))

        self.assertEqual(len(self.events), 2)  # one skipped exon
        self.assertEqual(len(self.events[0]) + 1, 2)  # two isoforms
        self.assertEqual(len(self.events[1]) + 1, 2)  # two isoforms