Python fromvcfcalldataの例

コード例 #1

ファイル: test_vcfarray.py プロジェクト: alimanfoo/pyvcfarray

def test_fromvcfcalldata_default():
    
    # default array
    a = vcfarray.fromvcfcalldata('fixture/example-4.1.vcf')
    
    # check FORMAT fields
    eq_('0|0', a['NA00001']['GT'][0])
    eq_(48, a['NA00001']['GQ'][0])
    eq_(1, a['NA00001']['DP'][0])
    eq_(51, a['NA00001']['HQ'][0][0])
    eq_(51, a['NA00001']['HQ'][0][1])
    
    # check other attributes
    eq_(True, a['NA00001']['called'][0])
    eq_(0, a['NA00001']['gt_type'][0])
    eq_(False, a['NA00001']['is_het'][0])
    eq_(False, a['NA00001']['is_variant'][0])

コード例 #2

ファイル: test_vcfarray.py プロジェクト: ahalfpen727/Genomic-Analyses-w-Python

def test_fromvcfcalldata_default():

    # default array
    a = vcfarray.fromvcfcalldata('fixture/example-4.1.vcf')

    # check FORMAT fields
    eq_('0|0', a['NA00001']['GT'][0])
    eq_(48, a['NA00001']['GQ'][0])
    eq_(1, a['NA00001']['DP'][0])
    eq_(51, a['NA00001']['HQ'][0][0])
    eq_(51, a['NA00001']['HQ'][0][1])

    # check other attributes
    eq_(True, a['NA00001']['called'][0])
    eq_(0, a['NA00001']['gt_type'][0])
    eq_(False, a['NA00001']['is_het'][0])
    eq_(False, a['NA00001']['is_variant'][0])

コード例 #3

ファイル: test_vcfarray.py プロジェクト: alimanfoo/pyvcfarray

def test_fromvcfcalldata_view2d():

    # default array
    a = vcfarray.fromvcfcalldata('fixture/example-4.1.vcf')
    a = vcfarray.view2d(a).view(np.recarray)

    # check FORMAT fields
    eq_('0|0', a.GT[0,0])
    eq_(48, a.GQ[0,0])
    eq_(1, a.DP[0,0])
    eq_(51, a.HQ[0,0][0])
    eq_(51, a.HQ[0,0][1])
    
    # check other attributes
    eq_(True, a.called[0,0])
    eq_(0, a.gt_type[0,0])
    eq_(False, a.is_het[0,0])
    eq_(False, a.is_variant[0,0])

コード例 #4

ファイル: test_vcfarray.py プロジェクト: ahalfpen727/Genomic-Analyses-w-Python

def test_fromvcfcalldata_view2d():

    # default array
    a = vcfarray.fromvcfcalldata('fixture/example-4.1.vcf')
    a = vcfarray.view2d(a).view(np.recarray)

    # check FORMAT fields
    eq_('0|0', a.GT[0, 0])
    eq_(48, a.GQ[0, 0])
    eq_(1, a.DP[0, 0])
    eq_(51, a.HQ[0, 0][0])
    eq_(51, a.HQ[0, 0][1])

    # check other attributes
    eq_(True, a.called[0, 0])
    eq_(0, a.gt_type[0, 0])
    eq_(False, a.is_het[0, 0])
    eq_(False, a.is_variant[0, 0])