コード例 #1
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ファイル: test_phylip_io.py プロジェクト: cthyge/weblogo
 def test_parse_phylip_test_4(self):
     f = data_stream("phylip_test_4.phy")
     seqs = phylip_io.read(f)
     self.assertEqual(len(seqs), 6)
     self.assertEqual(len(seqs[0]), 25)
     self.assertEqual(str(seqs[1]), "GTGGTGGTGGGCGCCGGCCGTGTGG")
     self.assertEqual(seqs[2].name, "ddrasa")
     f.close()
コード例 #2
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ファイル: test_phylip_io.py プロジェクト: cthyge/weblogo
 def test_read(self):
     f = data_stream("phylip_test_1.phy")
     seqs = phylip_io.read(f)
     # print seqs
     self.assertEqual(len(seqs), 10)
     self.assertEqual(seqs[0].name, "Cow")
     self.assertEqual(len(seqs[1]), 234)
     f.close()
コード例 #3
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ファイル: test_phylip_io.py プロジェクト: cthyge/weblogo
 def test_parse_phylip_test_3(self):
     f = data_stream("phylip_test_3.phy")
     seqs = phylip_io.read(f)
     self.assertEqual(len(seqs), 6)
     self.assertEqual(len(seqs[0]), 20)
     self.assertEqual(str(seqs[1]), "CGTTACTCGTTGTCGTTACT")
     self.assertEqual(seqs[1].name, "Hesperorni")
     f.close()
コード例 #4
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ファイル: test_phylip_io.py プロジェクト: cthyge/weblogo
 def test_parse_phylip_dna(self):
     f = data_stream("dna.phy")
     seqs = phylip_io.read(f)
     self.assertEqual(len(seqs), 10)
     self.assertEqual(len(seqs[0]), 705)
     self.assertEqual(str(seqs[1][0:10]), "ATGGCACACC")
     self.assertEqual(seqs[2].name, "Chicken")
     f.close()