def ratio_common_kmers_command(p, filename1, filename2, kmers=list_kmers):
"""
Ecrit à l'écran la proportion de k-mers (en fonction de p) du premier
fichier qui sont présents dans le second fichier FASTA.
Le paramètre p peut être une longueur de k-mers ou une graine,
en fonction de la fonction spécifiée.
"""
seq1 = FastaFile(filename1).complete_sequence()
seq2 = FastaFile(filename2).complete_sequence()
kmers_list1 = kmers(p, seq1)
kmers_list2 = kmers(p, seq2)
print ratio_common_kmers(kmers_list1, kmers_list2)
def mapper_windows_kmers(lwin, swin, p, skmer, readseq, genomeseq, kmers=list_kmers):
"""
Retourne la liste de toutes les fenêtres de taille "length"
et de décalage "shift" dont la proportion de k-mers est au moins
égale au seuil "skmer".
Le paramètre p peut être une longueur de k-mers ou une graine,
en fonction de la fonction spécifiée.
"""
genome_windows = windows(lwin, swin, genomeseq)
readseq_kmers_list = kmers(p, readseq)
final_list = list()
for (start, end, seq) in genome_windows:
if ratio_common_kmers(readseq_kmers_list, kmers(p, seq)) >= skmer:
final_list.append((start, end, seq))
return final_list
def list_kmers_command(p, filename, kmers=list_kmers):
"""
Ecrit à l'écran la liste de tous les k-mers (en fonction de p),
un par ligne, dans l'ordre de toutes les séquences du fichier FASTA.
Le paramètre p peut être une longueur de k-mers ou une graine, en fonction
de la fonction spécifiée.
"""
fasta_file = FastaFile(filename)
kmers_list = kmers(p, fasta_file.complete_sequence())
for kmers in kmers_list:
print kmers