def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
# Expand infile names..
InfilesNames = MiscUtil.ExpandFileNames(Options["--infiles"], ",")
# Validate file extensions...
for Infile in InfilesNames:
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infiles", Infile)
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infiles", Infile, "pdb cif")
Options["--infilesNames"] = InfilesNames
if not re.match("^auto$", Options["--interfaceResiduesCutoff"], re.I):
MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--interfaceResiduesCutoff",
Options["--interfaceResiduesCutoff"],
{">": 0.0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue(
"--interfaceResiduesMethod", Options["--interfaceResiduesMethod"],
"BySASAChange ByHeavyAtomsDistance ByCAlphaAtomsDistance")
MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--pocketDistanceCutoff",
Options["--pocketDistanceCutoff"],
{">": 0.0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--phiPsiMode", Options["--phiPsiMode"],
"All Categories")
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--phiPsiPrecision",
Options["--phiPsiPrecision"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--surfaceResiduesCutoff",
Options["--surfaceResiduesCutoff"],
{">": 0.0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--surfaceResiduesIDs",
Options["--surfaceResiduesIDs"], "Yes No")
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--figDPI", Options["--figDPI"],
{">": 0})
if not re.match("^auto$", Options["--figSize"], re.I):
MiscUtil.ValidateOptionNumberValues("--figSize", Options["--figSize"],
2, ",", "float", {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"],
"pdb cif")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-g, --greek", Options["--greek"],
"yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--grid", Options["--grid"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--gridLineWidth",
Options["--gridLineWidth"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue(
"--levelsAndColorsScheme", Options["--levelsAndColorsScheme"],
"MuttedColorShades1 MuttedColorShades2 BrightColorShades")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile",
Options["--outfile"],
"--overwrite",
Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--outMode", Options["--outMode"],
"SingleFile MultipleFiles")
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("-p, --precision",
Options["--precision"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--scatterMarkerSize",
Options["--scatterMarkerSize"], {">": 0})
if not re.match("^auto$", Options["--ticksMajorInterval"], re.I):
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--ticksMajorInterval",
Options["--ticksMajorInterval"], {
">": 0,
"<": 360
})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--ticksMinor", Options["--ticksMinor"],
"yes no")
if not re.match("^auto$", Options["--ticksMinorInterval"], re.I):
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--ticksMinorInterval",
Options["--ticksMinorInterval"], {
">": 0,
"<": 360
})
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "sdf sd mol smi csv tsv txt")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"])
if not re.match("^None$", Options["--alignmentSMARTS"], re.I):
PatternMol = Chem.MolFromSmarts(Options["--alignmentSMARTS"])
if PatternMol is None:
MiscUtil.PrintError("The value specified, %s, using option \"--alignmentSMARTS\" is not a valid SMARTS: Failed to create pattern molecule" % Options["--alignmentSMARTS"])
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--atomLabelFontSize", Options["--atomLabelFontSize"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("-b, --bondLineWidth", Options["--bondLineWidth"], {">": 0.0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--compute2DCoords", Options["--compute2DCoords"], "yes no auto")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--counterCol", Options["--counterCol"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--colVisibility", Options["--colVisibility"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--f, -fontBold", Options["--fontBold"], "yes no")
if not re.match("^None$", Options["--highlightSMARTS"], re.I):
PatternMol = Chem.MolFromSmarts(Options["--highlightSMARTS"])
if PatternMol is None:
MiscUtil.PrintError("The value specified, %s, using option \"--highlightSMARTS\" is not a valid SMARTS: Failed to create pattern molecule" % Options["--highlightSMARTS"])
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--kekulize", Options["--kekulize"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-k, --keysNavigation", Options["--keysNavigation"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionNumberValues("-m, --molImageSize", Options["--molImageSize"], 2, ",", "integer", {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--molImageEncoded", Options["--molImageEncoded"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--numOfMolsPerRow", Options["--numOfMolsPerRow"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-p, --paging", Options["--paging"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--pageLength", Options["--pageLength"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--popover", Options["--popover"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--popoverDataCount", Options["--popoverDataCount"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--popoverTextWidth", Options["--popoverTextWidth"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--showMolName", Options["--showMolName"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--scrollX", Options["--scrollX"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--scrollY", Options["--scrollY"], "yes no")
if not re.search("vh$", Options["--scrollYSize"], re.I):
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--scrollYSize", Options["--scrollYSize"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--tableFooter", Options["--tableFooter"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--tableHeader", Options["--tableHeader"], "yes no")
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
# Expand infile names..
InfilesNames = MiscUtil.ExpandFileNames(Options["--infiles"], ",")
# Validate file extensions...
for Infile in InfilesNames:
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infiles", Infile)
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infiles", Infile, "pdb cif")
Options["--infilesNames"] = InfilesNames
MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--pocketDistanceCutoff",
Options["--pocketDistanceCutoff"],
{">": 0.0})
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("-b, --butinaSimilarityCutoff",
Options["--butinaSimilarityCutoff"], {
">": 0.0,
"<=": 1.0
})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--butinaReordering",
Options["--butinaReordering"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue(
"-c, --clusteringMethod", Options["--clusteringMethod"],
"Butina Centroid CLink Gower McQuitty SLink UPGMA Ward")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue(
"-f, --fingerprints", Options["--fingerprints"],
"AtomPairs MACCS166Keys Morgan MorganFeatures PathLength TopologicalTorsions"
)
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--fingerprintsType",
Options["--fingerprintsType"],
"IntVect BitVect auto")
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("-n, --numClusters",
Options["--numClusters"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"],
"sdf sd mol smi csv tsv txt")
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"],
"sdf sd smi csv tsv txt")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile",
Options["--outfile"],
"--overwrite",
Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile",
Options["--infile"],
"-o, --outfile",
Options["--outfile"])
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--outfileMode", Options["--outfileMode"],
"SingleFile MultipleFiles")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue(
"-s, --similarityMetric", Options["--similarityMetric"],
"BraunBlanquet Cosine Dice Kulczynski RogotGoldberg Russel Sokal Tanimoto"
)
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-a, --addHydrogens",
Options["--addHydrogens"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--alignConformers",
Options["--alignConformers"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-c, --conformerGenerator",
Options["--conformerGenerator"],
"SDG ETDG KDG ETKDG")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-f, --forceField",
Options["--forceField"], "UFF MMFF None")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue(" --forceFieldMMFFVariant",
Options["--forceFieldMMFFVariant"],
"MMFF94 MMFF94s")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--energyOut", Options["--energyOut"],
"yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--enforceChirality ",
Options["--enforceChirality"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--energyWindow",
Options["--energyWindow"], {">": 0.0})
if not re.match("^none$", Options["--embedRMSDCutoff"], re.I):
MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--embedRMSDCutoff",
Options["--embedRMSDCutoff"],
{">": 0.0})
if not re.match("^none$", Options["--energyRMSDCutoff"], re.I):
MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--energyRMSDCutoff",
Options["--energyRMSDCutoff"],
{">": 0.0})
# Make sure that the alignConformers option is being used...
if not re.match("^yes$", Options["--alignConformers"], re.I):
MiscUtil.PrintError(
"%s value of \"--alignConformers\" is not allowed for %s value of \"--energyRMSDCutoff\" option "
%
(Options["--alignConformers"], Options["--energyRMSDCutoff"]))
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"],
"sdf sd mol smi txt csv tsv")
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"],
"sdf sd")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile",
Options["--outfile"],
"--overwrite",
Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile",
Options["--infile"],
"-o, --outfile",
Options["--outfile"])
if not re.match("^auto$", Options["--maxConfs"], re.I):
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--maxConfs",
Options["--maxConfs"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--maxIters", Options["--maxIters"],
{">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--mp", Options["--mp"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-q, --quiet", Options["--quiet"],
"yes no")
if not re.match("^auto$", Options["--randomSeed"], re.I):
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--randomSeed",
Options["--randomSeed"], {})
RandomSeed = int(Options["--randomSeed"])
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-r, --removeHydrogens",
Options["--removeHydrogens"], "yes no")
