def __init__(self):
#Le watchdog
self.observer = Observer()
# Parameters handler
self.path_setter = ParameterHandler.PathSetter(my_debug_level)
self.path_setter.OpenParamFile()
self.path_setter.ParseParamFile()
self.logfile = self.path_setter.GetLogginFile()
# Le repertoire a scanner par le watchdog
self.DIRECTORY_TO_WATCH = self.path_setter.GetMiSeqRootDir()
#print('DIRECTORY_TO_WATCH ', self.DIRECTORY_TO_WATCH)
self.path_setter.CloseParamFile()
def on_created(self, event):
'''
Execute lorsque le watchdog a detecter qu une run MiSeq est terminee
:param event:
:return:
'''
#Lorsqu une run MiSeq est terminee, le fichier CompletedJobInfo.xml est cree dans D:\Illumina\MiSeqOutput\IdDeLaRun
if (isinstance(event, FileCreatedEvent)):
if ((event.src_path.endswith('CompletedJobInfo.xml')) and
(not os.path.dirname(event.src_path).endswith('Alignment'))):
# Parameters handler
self.path_setter = ParameterHandler.PathSetter(my_debug_level)
self.path_setter.OpenParamFile()
self.path_setter.ParseParamFile()
#Modif_20200211
self.file_size_manager = ParameterHandler.FileSizeManager(
my_debug_level)
self.file_size_manager.OpenParamFile()
self.file_size_manager.ParseParamFile()
#path vers la run sur le MiSeq
runpath = os.path.dirname(event.src_path)
#Id de la run
runname = os.path.basename(runpath)
#Un object structure de la run terminee sur le MiSeq
self.MiSeqRunObj = RunOnMiSeq(runpath)
#Modif_20200130
#Object permettant la copie de run sur le disque 8T
self.RunBackuperObj = RunBackuper(
runpath, self.path_setter.GetBackupDiskDir())
# Message affichee dans la console
self.ftl.LogMessage("La run {0} est termine".format(runname))
#Arborescence de la run sur le MiSeq
self.MiSeqRunObj.SetPath()
#On defini le nouveau nom de la run
self.SetNewRunName()
#Un object structure du nouveau repertoire d analyse a cree sur S:\\Partage\LSPQ_MiSeq\
self.LspqMiSeqRunObj = RunOnPartageLspqMiSeq(
self.new_run_name,
self.path_setter.GetPartageLspqMiSeqRootDir(),
self.cartridge_name)
#Arborescence du repertoire d analyse a cree sur le S:\\Partage\LSPQ_MiSeq\
self.LspqMiSeqRunObj.SetPath()
self.ftl.LogMessage(
"Creation de l'arborescence de la run {new_runname} dans S:\Partage\LSPQ_MiSeq"
.format(new_runname=self.LspqMiSeqRunObj.GetRunName()))
# On cree l arborescence du repertoire d analyse sur S:\\Partage\LSPQ_MiSeq\
self.LspqMiSeqRunObj.CreatePath()
self.ftl.LogMessage(
"Export des fichiers du MiSeq run {0} vers {1} en cours".
format(runname, self.LspqMiSeqRunObj.GetRunPath()))
#Export des fichiers vers S:\\Partage\LSPQ_MiSeq\RunName\1_Experimental
self.ExportToLspqMiSeqExperimental()
if self.CheckIfIridaSamplesInRun(
self.MiSeqRunObj.GetSampleSheetPath()):
self.CreateIridaSampleSheet(self.file_size_manager,
self.new_run_name)
#self.MiSeqRunObj.MonitorIridaSamplesTransfer(self.new_run_name)
self.MiSeqRunObj.LaunchIridaUploader(self.new_run_name)
else:
self.ImportIridaUploaderInfoFile()
#Concatener les sample sheet
self.ConcatSampleSheet()
self.ExportToLspqMiSeqMiSeqRunTrace()
#Export des fichiers vers S:\\Partage\LSPQ_MiSeq\RunName\3_SequencesBrutes
#Modif_20200211
self.ExportToLspqMiSeqSequenceBrute()
#Modif_20200306
self.ftl.LogMessage(
"Calcul des statistiques pour {0}".format(runname))
self.MiSeqRunObj.ComputeQualStat(
self.LspqMiSeqRunObj.GetRunPath())
self.ftl.LogMessage(
"Export des fichiers du MiSeq run {0} vers {1} est termine"
.format(runname, self.LspqMiSeqRunObj.GetRunPath()))
# Modif_20200130
self.ftl.LogMessage("Debut Backup run {0}".format(runname))
self.BackupMiSeqRun()
self.ftl.LogMessage(
"Fin Backup run {0}\n ----------------------------------".
format(runname))
self.path_setter.CloseParamFile()
del self.MiSeqRunObj
del self.LspqMiSeqRunObj
del self.path_setter
