def inicializarBuscador(request):
palabra_clave = ""
data_ncbi = ""
data_array = ""
url_ncbi = ""
url_array = ""
if request.method == "POST":
palabra_clave = request.POST['search']
palabra_clave = palabra_clave.replace(' ', '%20')
url_ncbi = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=gds&term={}&datetype=edat&retmax=10000000&usehistory=y&retmode=json'.format(
palabra_clave)
url_array = 'https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/json/v3/experiments?keywords={}'.format(
palabra_clave)
data_ncbi = obtenerJson.apply_async(kwargs={'url': url_ncbi})
data_array = obtenerJson.apply_async(kwargs={'url': url_array})
cnt = 0
while data_array.status == 'PENDING' and cnt < 3:
time.sleep(0.2)
cnt += 1
if data_ncbi.get()['esearchresult']['retmax'] == '0' and cnt == 3:
return render(request, 'NoResults.html')
else:
context = {
"enlaces_busqueda": [data_ncbi, data_array],
"busqueda": request.POST['search']
}
return render(request, 'loader.html', context)
else:
return render(request, 'index.html')
def setUp(self):
self.c = Client()
self.buscador = views.Buscador()
self.url_ncbi = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=gds&term=mela&datetype=edat&retmax=2&usehistory=y&retmode=json'
self.resultados =[]
self.url_array = 'https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/json/v3/experiments?keywords=mela'
self.data_ncbi=obtenerJson.apply_async(kwargs={'url': self.url_ncbi})
self.expedientes=self.buscador.obtenerExpedientes(self.data_ncbi)
self.data_array = obtenerJson.apply_async(kwargs={'url': self.url_array})
self.tratamientoDatos=views.TratamientosDatos(self.expedientes, self.data_array)
def test_enviarDatos(self):
self.data_ncbi = obtenerJson.apply_async(kwargs={'url': self.url_ncbi})
self.buscador.expedientes = self.buscador.obtenerExpedientes(
self.data_ncbi)
self.buscador.data_array = self.data_array = obtenerJson.apply_async(
kwargs={'url': self.url_array})
request = RequestFactory().get('/buscador/', search='prostata')
self.assertIsNotNone(self.buscador.enviarDatos(request))
self.assertIsInstance(
json.loads(
self.buscador.enviarDatos(request).content.decode('utf-8')),
list)
def buscar(self,request):
if request.method == "POST":
self.palabra_clave=request.POST['search']
self.url_ncbi = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term={}&reldate=60&datetype=edat&retmax=10&usehistory=y&retmode=json'.format(self.palabra_clave)
self.url_array = 'https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/json/v3/experiments?keywords={}&species="h**o%20sapiens"'.format(self.palabra_clave)
self.data_ncbi=obtenerJson.apply_async( kwargs={'url': self.url_ncbi})
self.data_array = obtenerJson.apply_async(kwargs={'url': self.url_array})
##print (data_array)
time.sleep(15)
print obtenerJson.apply_async( kwargs={'url': self.url_ncbi})
#print AsyncResult(data_ncbi).status()
return index(request)
else:
return index(request)
def buscar(self,request):
if request.method == "POST":
self.palabra_clave=request.POST['search']
self.palabra_clave=self.palabra_clave.replace(' ','%20')
self.url_ncbi = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=gds&term={}&datetype=edat&retmax=40&usehistory=y&retmode=json'.format(self.palabra_clave)
self.url_array = 'https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/json/v3/experiments?assaycount=5&keywords={}'.format(self.palabra_clave)
self.data_ncbi=obtenerJson.apply_async(kwargs={'url': self.url_ncbi})
self.data_array = obtenerJson.apply_async(kwargs={'url': self.url_array})
self.historial_busqueda.append(self.data_ncbi)
self.historial_busqueda.append(self.data_array)
self.expedientes=self.obtenerExpedientes(self.data_ncbi)
return render(request,'listarBusqueda.html')
else:
return render(request,'listarBusqueda.html')
def test_obtenerExpedientes(self):
self.data_ncbi = obtenerJson.apply_async(kwargs={'url': self.url_ncbi})
self.assertIsInstance(self.buscador.obtenerExpedientes(self.data_ncbi),
list)
self.resultados = self.buscador.obtenerExpedientes(self.data_ncbi)
self.assertIsNotNone(self.resultados)
self.assertIsInstance(self.resultados.pop(), AsyncResult)
def obtenerExpedientes(self,resultados_busqueda):
resultados=[]
while resultados_busqueda.status == 'PENDING':
time.sleep(2)
for i in range(len(resultados_busqueda.get()['esearchresult']['idlist'])):
identificador=resultados_busqueda.get()['esearchresult']['idlist'][i]
url='https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=gds&id={}&retmode=json'.format(identificador)
resultados.append(obtenerJson.apply_async( kwargs={'url': url}))
return resultados
def obtenerExpedientes(self, resultados_busqueda):
for i in range(
0, int(resultados_busqueda.get()['esearchresult']['count']),
500):
url = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=gds&query_key=1&WebEnv={}&retstart={}&retmax=500&rettype=json&retmode=json'.format(
resultados_busqueda.get()['esearchresult']['webenv'], i)
'''
response = urlopen(url)
ncbi_uids = json.loads(response.read().decode('utf-8'))
'''
ncbi_uids = obtenerJson.apply_async(kwargs={'url': url})
self.resultados.append(ncbi_uids)
return self.resultados
def sendFile(request):
searched_file = json.loads(request.POST['myInput'])
genome = []
if searched_file['file']['bd'] == 'ArrayExpress':
# file=obtenerJson.apply_async(kwargs={'url':'https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/json/v3/experiments/{}'.format(searched_file['accession'])})
muestras = obtenerJson.apply_async(
kwargs={
'url':
'https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/json/v3/experiments/{}/samples/'
.format(searched_file['accession'])
})
archivo = urlopen(searched_file['file']['descarga'] +
searched_file['file']['accession'] +
'.idf.txt').readlines()
for i in archivo:
if i:
if re.findall(regex_hg,
i.decode('utf-8', errors="ignore").lower()):
genome.append(
re.findall(regex_hg,
i.decode('utf-8',
errors="ignore").lower())[0][0])
if re.findall(regex_grch,
i.decode('utf-8', errors="ignore").lower()):
genome.append(
re.findall(regex_grch,
i.decode('utf-8',
errors="ignore").lower())[0][0])
if re.findall(regex_grcm,
i.decode('utf-8', errors="ignore").lower()):
genome.append(
re.findall(regex_grcm,
i.decode('utf-8',
errors="ignore").lower())[0][0])
if genome:
genome = set(genome)
else:
genome.append("Not Available")
searched_file['file'].update(
{'samples': muestras.get()['experiment']['sample']})
searched_file['file'].update(
{'n_samples': len(muestras.get()['experiment']['sample'])})
searched_file['file'].update({'genome': genome})
context = {"file": searched_file['file']}
return render(request, 'expedient.html', context)
else:
if searched_file['file']:
if len(searched_file['file']['samples']) > 0:
archivo = urlopen(
'https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=' +
searched_file['file']['samples'][0]['accession']
).readlines()
for i in archivo:
if i:
if re.findall(
regex_hg,
i.decode('utf-8', errors="ignore").lower()):
genome.append(
re.findall(
regex_hg,
i.decode('utf-8',
errors="ignore").lower())[0][0])
if re.findall(
regex_grch,
i.decode('utf-8', errors="ignore").lower()):
genome.append(
re.findall(
regex_grch,
i.decode('utf-8',
errors="ignore").lower())[0][0])
if re.findall(
regex_grcm,
i.decode('utf-8', errors="ignore").lower()):
genome.append(
re.findall(
regex_grcm,
i.decode('utf-8',
errors="ignore").lower())[0][0])
if genome:
genome = set(genome)
else:
genome.append("Not Available")
else:
genome.append("Not Available")
context = {"file": searched_file['file']}
searched_file['file'].update({'genome': genome})
return render(request, 'expedient.html', context)
def test_task(self):
self.data_ncbi = obtenerJson.apply_async(kwargs={'url': self.url_ncbi})
self.assertIsNotNone(self.data_ncbi)
self.assertIsInstance(self.data_ncbi, AsyncResult)