def __init__(self, frags, reps=True):
MyGraph.__init__(self, {})
if reps:
self.create_overlap_graph_with_reps(frags)
else:
self.create_overlap_graph(frags)
self.reps = reps
def __init__(self, network_type="metabolite-reaction", split_rev=False):
MyGraph.__init__(self, {})
self.net_type = network_type
self.node_types = {}
if network_type == "metabolite-reaction":
self.node_types["metabolite"] = []
self.node_types["reaction"] = []
self.split_rev = split_rev
def __init__(self, network_type = "metabolite-reaction", split_rev = False): #split_rev diz se apresenta reações reversiveis ou não
MyGraph.__init__(self, {})
self.net_type = network_type #pode ser metabolite reaction, metabolitee reaction
self.node_types = {}
if network_type == "metabolite-reaction": # se for metabolite reaction vou ter nodes de metabolite e de reaction no grafo
self.node_types["metabolite"] = []
self.node_types["reaction"] = []
self.split_rev = split_rev
def __init__(self, network_type="metabolite-reaction", split_rev=False):
#split_rev-> indica se as reações são ou não reversíveis, isto é, se nos mostra as reações reversiveis através do grafo
#Indica se se consideram as reações reversíveis como duas reações distintas, uma para cada direção (True) ou não (False)
#Tipo de rede-> é o que lhe passarmos
MyGraph.__init__(
self, {}
) #Construtor da classe MyGraph - cria o self.graph (podia pôr-se self.graph = {})
self.net_type = network_type #Tipo de rede
self.node_types = {} #Tipos de nós
if network_type == "metabolite-reaction":
self.node_types["metabolite"] = [] #Tipo de nó - metabolitos
self.node_types["reaction"] = [] #Tipo de nó - reações
self.split_rev = split_rev #flag
def __init__(self, network_type="metabolite-reaction", split_rev=False):
#split_rev-> diz se representa reações reversiveis ou não, ou seja, se nos mostra as reações reversiveis atraves do grafo
#indica se se consideram as reações reversíveis como duas reações distintas, uma para cada direção (True) ou não (False)
#Tipo de rede-> é o que lhe passarmos
MyGraph.__init__(
self, {}
) #chamar o construtor da classe MyGraph (classe maior) -> estamos a chama-lo com o dicionario vazio para construir o grafo
self.net_type = network_type #tipo de rede: “metabolite-reaction”, “reaction”, “metabolite”
self.node_types = {
} ##guarda dicionário indicando listas de nós de cada tipo (no caso de ser uma rede “metabolite-reaction” – grafo bipartido)
if network_type == "metabolite-reaction": #se for do tipo metabolito-reacao
self.node_types["metabolite"] = [
] #estou a dizer que tenho nós deste tipo dentro da network
self.node_types["reaction"] = [
] #estou a dizer que tenho nós deste tipo dentro da network
self.split_rev = split_rev
def __init__(self, frags):
MyGraph.__init__(self, {})
self.create_overlap_graph(frags)
def __init__(self, modules, organism="hsa"):
MyGraph.__init__(self,{})
self.gr=MyGraph()
self.modules=modules
self.s = KEGG()
self.s.organism = organism # H**o sapiens as default
def __init__(self, networktype='metabolite-reaction', graph={}):
MyGraph.__init__(self, graph)
self.net_type = networktype
def __init__(self, frags):
MyGraph.__init__(self, {})
self.create_deBruijn_graph(frags)
