Python checkURL 예제들

예제 #1

파일: tabix_test.py 프로젝트: cwt1/pysam

    def setUp(self):
        if not pysam.config.HAVE_LIBCURL or not checkURL(self.url):
            self.remote_file = None
        else:
            self.remote_file = pysam.TabixFile(self.url, "r")

        self.local_file = pysam.TabixFile(self.local, "r")

예제 #2

파일: tabix_test.py 프로젝트: zzygyx9119/pysam

    def setUp(self):
        if not checkURL(self.url):
            self.remote_file = None
            return

        self.remote_file = pysam.TabixFile(self.url, "r")
        self.local_file = pysam.TabixFile(self.local, "r")

예제 #3

파일: faidx_test.py 프로젝트: Bratdaking/pysam

 def testFTPView(self):
     if not checkURL(self.url):
         return
     with pysam.Fastafile(self.url) as f:
         self.assertEqual(
             len(f.fetch("chr1", 0, 1000)),
             1000)

예제 #4

파일: tabix_test.py 프로젝트: Bratdaking/pysam

    def setUp(self):
        if not checkURL(self.url):
            self.remote_file = None
            return

        self.remote_file = pysam.TabixFile(self.url, "r")
        self.local_file = pysam.TabixFile(self.local, "r")

예제 #5

파일: tabix_test.py 프로젝트: msto/pysam

    def setUp(self):
        if not pysam.config.HAVE_LIBCURL or not checkURL(self.url):
            self.remote_file = None
        else:
            self.remote_file = pysam.TabixFile(self.url, "r")

        self.local_file = pysam.TabixFile(self.local, "r")

예제 #6

 def testFTPView(self):
     if not checkURL(self.url):
         return
     f = pysam.Fastafile(self.url)
     self.assertEqual(
         len(f.fetch("chr1", 0, 1000)),
         1000)

예제 #7

    def test_sequence_lengths_are_available(self):
        if not checkURL(self.url):
            return

        with pysam.Fastafile(self.url) as f:
            self.assertEqual(len(f.references), 3366)
            self.assertTrue("chr1" in f.references)
            self.assertEqual(f.lengths[0], 248956422)
            self.assertEqual(f.get_reference_length("chr1"), 248956422)

예제 #8

    def testFetchAll(self):
        if not checkURL(self.url):
            return

        remote_result = list(self.remote_file.fetch())
        local_result = list(self.local_file.fetch())

        self.assertEqual(len(remote_result), len(local_result))
        for x, y in zip(remote_result, local_result):
            self.assertEqual(x, y)

예제 #9

파일: tabix_test.py 프로젝트: humburg/pysam

    def testFetchAll(self):
        if not checkURL(self.url):
            return

        remote_result = list(self.remote_file.fetch())
        local_result = list(self.local_file.fetch())

        self.assertEqual(len(remote_result), len(local_result))
        for x, y in zip(remote_result, local_result):
            self.assertEqual(x, y)

예제 #10

파일: faidx_test.py 프로젝트: msto/pysam

    def test_sequence_lengths_are_available(self):
        if not checkURL(self.url):
            return

        with pysam.Fastafile(self.url) as f:
            self.assertEqual(len(f.references), 3366)
            self.assertTrue("chr1" in f.references)
            self.assertEqual(f.lengths[0],
                             248956422)
            self.assertEqual(f.get_reference_length("chr1"),
                             248956422)