def lancementPipeAnalyseComplete(rep):
repSim = "%s/tblastn" % rep
repGene = "%s/SeqGene" % rep
repProt = "%s/SeqProt" % rep
repAliG = "%s/AliGene" % rep
repAliP = "%s/AliProt" % rep
repGeneFY = "/Users/afutil/Documents/DataJoseph/SaceStrains/FY/Gene"
#db = ssys.DB11STRAINS
#repSeq = ssys.SQ11STRAINS
db = ssys.DB4STRAINS
repSeq = ssys.SQ4STRAINS
if not os.path.isdir(repSim):
os.mkdir(repSim)
if not os.path.isdir(repGene):
os.mkdir(repGene)
if not os.path.isdir(repProt):
os.mkdir(repProt)
if not os.path.isdir(repAliG):
os.mkdir(repAliG)
if not os.path.isdir(repAliP):
os.mkdir(repAliP)
for file in glob.glob("%s/*.tfa" % rep):
suff = files.get_name(file)
print "sim..."
ficSim = lanceRechercheSimInc(file,repSim,db)
print "creation gene..."
creeGeneSelonSim(ficSim,repGene,repSeq)
print "creation prot..."
creeSeqProtSelonSeqGene(suff,repGene,repProt)
# copie la seq proteique dans le bon rep
newF = "%s/%s.tfa" % (repProt,suff)
shutil.copyfile(file, newF)
#seqToAlign = "%s-11strains.fasta" % suff
seqToAlign = "%s-4strains.fasta" % suff
concatSeqAAligner(suff,repProt,seqToAlign)
# copie la seq nucleique dans le bon rep
ficG = "%s/%s.tfa" % (repGeneFY,suff)
newFicG = "%s/%s.tfa" % (repGene,suff)
shutil.copyfile(ficG, newFicG)
#seqGToAlign = "%s-G-11strains.fasta" % suff
seqGToAlign = "%s-G-4strains.fasta" % suff
concatSeqAAligner(suff,repGene,seqGToAlign)
# construction alignement prot
print "seqtoalign est: %s" % seqToAlign
print "alignement..."
ficAliP = "%s/%s" % (repAliP,seqToAlign)
if not os.path.isfile(ficAliP):
#alignement.run_clustalw("%s/%s" % (repProt,seqToAlign),ficAliP,fasta,1)
alignement.run_mafft("%s/%s" % (repProt,seqToAlign),ficAliP)
# reste a tranalign en ali gene. attention : je dois aussi cree le fic du gene de fy et l incorpore dans un fic de gene global
if os.path.isfile(ficAliP):
ficAliG = "%s/%s" % (repAliG,seqGToAlign)
alignement.run_tranalign("%s/%s" % (repGene,seqGToAlign),ficAliP,ficAliG)
def lanceMicroPipe():
if not os.path.isdir("SeqGene"):
os.mkdir("SeqGene")
if not os.path.isdir("SeqProt"):
os.mkdir("SeqProt")
if not os.path.isdir("AliGene"):
os.mkdir("AliGene")
if not os.path.isdir("AliProt"):
os.mkdir("AliProt")
if not os.path.isdir("PairwiseGene"):
os.mkdir("PairwiseGene")
if not os.path.isdir("PairwiseProt"):
os.mkdir("PairwiseProt")
blastDB = "/BlastDB/Nucleic/Sace/1002Genomes.nt"
for gene in glob.glob("*fasta"):
long = len(fasta.seqEnVar("%s" % gene)) * 3
#print long
geneN = files.get_name(gene)
ficOut = "%s.blastn" % (geneN)
cmdBl1 = "blast -query %s -db %s -out %s -seg no -soft_masking false" % (gene, blastDB, ficOut)
cmdBl2 = "blastn -query %s -db %s -out %s-6 -outfmt 6 -seg no m-soft_masking false" % (gene, blastDB, ficOut)
os.system(cmdBl1)
os.system(cmdBl2)
lanceRecupSeq("%s-6" % ficOut, long, geneN)
#
concatSeqAAligner(geneN, "SeqGene", "AliGene/%s_all.fasta" % geneN)
# alignement de ces sequences
alignement.run_mafft("AliGene/%s_all.fasta" % geneN, "AliGene/%s_all-ali.tfa" % geneN)
os.system("rm AliGene/%s_all.fasta" % geneN)
concatPaireSeqAAligner(geneN, "SeqGene", "PairwiseGene/%s.fasta" % geneN)
alignement.run_mafft("PairwiseGene/%s.fasta" % geneN, "PairwiseGene/%s-ali.fasta" % geneN)
lignes = open("PairwiseGene/%s-ali.fasta" % geneN, "r").read().split("\n")
if len(lignes) == 1:
os.system("rm PairwiseGene/%s-ali.fasta" % geneN)
os.system("rm PairwiseGene/%s.fasta" % geneN)
creeSeqProtSelonSeqGene("%s*" % (geneN), "SeqGene", "SeqProt")
concatPaireSeqAAligner(geneN, "SeqProt", "PairwiseProt/%s.fasta" % geneN)
alignement.run_mafft("PairwiseProt/%s.fasta" % geneN, "PairwiseProt/%s-ali.fasta" % geneN)
lignes = open("PairwiseProt/%s-ali.fasta" % geneN, "r").read().split("\n")
if len(lignes) == 1:
os.system("rm PairwiseProt/%s-ali.fasta" % geneN)
os.system("rm PairwiseProt/%s.fasta" % geneN)
concatSeqAAligner(geneN, "SeqProt", "AliProt/%s_all.fasta" % geneN)
# alignement de ces sequences
alignement.run_mafft("AliProt/%s_all.fasta" % geneN, "AliProt/%s_all-ali.tfa" % geneN)
os.system("rm AliProt/%s_all.fasta" % geneN)
