Python Atoms.__init__ 예제들

예제 #1

 def __init__(self, *args, **kwargs):
     quaternions = None
     if 'quaternions' in kwargs:
         quaternions = np.array(kwargs['quaternions'])
         del kwargs['quaternions']
     Atoms.__init__(self, *args, **kwargs)
     if quaternions is not None:
         self.set_array('quaternions', quaternions, shape=(4, ))
         # set default shapes
         self.set_shapes(np.array([[3, 2, 1]] * len(self)))

예제 #2

파일: opls.py 프로젝트: wes-amat/ase

 def __init__(self, filename=None, *args, **kwargs):
     Atoms.__init__(self, *args, **kwargs)
     if filename:
         self.read_extended_xyz(filename)
     else:
         self.types = []
         for atom in self:
             if atom.symbol not in self.types:
                 self.types.append(atom.symbol)
             atom.tag = self.types.index(atom.symbol)

예제 #3

파일: quaternions.py 프로젝트: rosswhitfield/ase

 def __init__(self, *args, **kwargs):
     quaternions = None
     if 'quaternions' in kwargs:
         quaternions = np.array(kwargs['quaternions'])
         del kwargs['quaternions']
     Atoms.__init__(self, *args, **kwargs)
     if quaternions is not None:
         self.set_array('quaternions', quaternions, shape=(4,))
         # set default shapes
         self.set_shapes(np.array([[3, 2, 1]] * len(self)))

예제 #4

파일: opls.py 프로젝트: rosswhitfield/ase

 def __init__(self, filename=None, *args, **kwargs):
     Atoms.__init__(self, *args, **kwargs)
     if filename:
         self.read_extended_xyz(filename)
     else:
         self.types = []
         for atom in self:
             if atom.symbol not in self.types:
                 self.types.append(atom.symbol)
             atom.tag = self.types.index(atom.symbol)

예제 #5

파일: quaternions.py 프로젝트: JConwayAWT/PGSS14CC

 def __init__(self, *args, **kwargs):
     quaternions = None
     if "quaternions" in kwargs:
         quaternions = np.array(kwargs["quaternions"])
         del kwargs["quaternions"]
     Atoms.__init__(self, *args, **kwargs)
     if quaternions is not None:
         self.set_array("quaternions", quaternions, shape=(4,))
     # set default shapes
     self.set_shapes(np.array([[5, 3, 1]] * len(self)))

예제 #6

파일: opls.py 프로젝트: grhawk/ASE

 def __init__(self, filename=None):
     Atoms.__init__(self)
     if filename:
         self.read_labeled_xyz(filename)

예제 #7

파일: opls.py 프로젝트: alexei-matveev/ase-local

 def __init__(self, filename=None):
     Atoms.__init__(self)
     if filename:
         self.read_labeled_xyz(filename)

예제 #8

파일: point_charges.py 프로젝트: yihsuanliu/gpaw

 def __init__(self, *args, **kwargs):
     self.pc_nc = None
     self.charge_n = None
     Atoms.__init__(self, *args, **kwargs)

예제 #9

파일: Atoms.py 프로젝트: engelund/CalcTroll

 def __init__(self, *args, **kwargs):
     AseAtoms.__init__(self, *args, **kwargs)
     self.__tags = []

예제 #10

파일: point_charges.py 프로젝트: ryancoleman/lotsofcoresbook2code

 def __init__(self, *args, **kwargs):
     self.pc_nc = None
     self.charge_n = None
     Atoms.__init__(self, *args, **kwargs)