Python get_data_dir 예제들

예제 #1

파일: test_run_BLAST.py 프로젝트: YoderLab/MMAP

    def setUp(self):

        CWD = os.getcwd()
        data_dir = path_utils.get_data_dir(CWD)

        self.Blast_dir = data_dir + "BLAST/"
        self.infile = data_dir + "AE014075_subTiny5.fasta"  # "AE014075_subSmall100.fasta"
        self.e_threshold = 1e-15
        self.record_index = SeqIO.index(self.infile, "fasta")

        self.template_set = dict({
                        'S1': set([]),
                        'S2': set(['GO:01', 'GO:02']),
                        'S3': set(['GO:01', 'GO:03', 'GO:04']),
                        'S4': set(['GO:03', 'GO:04', 'GO:05']),
                        'S5': set(['GO:01', 'GO:05', 'GO:06', 'GO:07']),
                        })
        self.template_set_small = dict({
            'S3': set(['GO:01', 'GO:03', 'GO:04']),
            'S4': set(['GO:03', 'GO:04', 'GO:05']),
            })
        self.S1 = self.template_set.get("S1")
        self.S2 = self.template_set.get("S2")
        self.S3 = self.template_set.get("S3")
        self.S4 = self.template_set.get("S4")
        self.S5 = self.template_set.get("S5")

예제 #2

파일: test_run_glimmer.py 프로젝트: YoderLab/MMAP

 def setUp(self):
     """
     TODO: add wdir section
     """
     self.maxDiff = None
     self.long_message = True
     self.data_dir = path_utils.get_data_dir() + "Glimmer/"

예제 #3

파일: test_run_BLAST.py 프로젝트: stevenhwu/autoBLAST

    def setUp(self):
        datadir = get_data_dir()

        self.infile = datadir + "test.fasta"
        self.outfile = datadir + "test_temp.txt"
    #    args = parser.parse_args(["-h"])

        self.BLAST = runBLAST(self.infile, self.outfile)

예제 #4

파일: test_software_assembler.py 프로젝트: YoderLab/MMAP

    def setUp(self):
        self.maxDiff = None
        self.unittest_dir = path_utils.get_data_dir() + "unittest_data/"

        self.genovo_dir = path_utils.get_data_dir() + "Genovo/"
        self.glimmer_dir = path_utils.get_data_dir() + "Glimmer/"
        self.metasim_dir = path_utils.get_data_dir() + "MetaSim/"
        self.mine_dir = path_utils.get_data_dir() + "MINE/"
        self.blast_dir = path_utils.get_data_dir() + "BLAST/"
        self.working_dir = path_utils.get_data_dir() + "test_data/"

예제 #5

파일: test_run_ext_prog.py 프로젝트: YoderLab/MMAP

 def setUp(self):
     self.data_dir = path_utils.get_data_dir() + "/unittest_data/"

예제 #6

파일: test_go_connector.py 프로젝트: YoderLab/MMAP

 def setUp(self):
     CWD = os.getcwd()
     self.data_dir = path_utils.get_data_dir(CWD)
     infile = self.data_dir + "AE014075_subTiny10.fasta"  # "AE014075_subSmall100.fasta"
     self.e_threshold = 1e-15
     self.record_index = SeqIO.index(infile, "fasta")

예제 #7

파일: test_run_component.py 프로젝트: YoderLab/MMAP

 def setUp(self):
     self.longMessage = True
     self.data_dir = path_utils.get_data_dir() + "unittest_data/"
     self.wdir = path_utils.get_data_dir() + "Genovo/test_data/"

예제 #8

파일: test_run_MINE.py 프로젝트: YoderLab/MMAP

 def setUp(self):
     self.long_message = True
     self.data_dir = path_utils.get_data_dir() + "MINE/"
     self.working_dir = path_utils.get_data_dir() + "MINE/test_data/"

예제 #9

파일: test_setting.py 프로젝트: YoderLab/MMAP

 def setUp(self):
     self.data_dir = path_utils.get_data_dir() + "unittest_data/"
     self.wdir = "working_dir"
     self.maxDiff = None