def __generate_yaml(entry):
scans = []
assessors = []
for input in entry['yaml_inputs']:
resources = []
for r in input['resources']:
resources.append({
'type': r.restype,
'name': r.varname,
'required': r.required
})
if input['category'] == 'scan':
scans.append({
'name': input['label'],
'types': input['type'],
'select': input['select'],
'select-session': input['select-session'],
'qc': input['needs_qc'],
'resources': resources
})
if input['category'] == 'assessor':
assessors.append({
'name': input['label'],
'types': input['type'],
'select': input['select'],
'select-session': input['select-session'],
'qc': input['needs_qc'],
'resources': resources
})
yaml_src = yamls.generate_yaml(scans=scans)
return yaml_doc.YamlDoc().from_string(yaml_src)
def _make_yaml_source(resource):
return yaml_doc.YamlDoc().from_string(resource)
def test_new_processor(self):
yd = yaml_doc.YamlDoc().from_string(scan_gif_parcellation_yaml)
ap = AutoProcessor(common.FakeXnat, yd)
def __getabcdscenario():
proc_a = yamls.generate_yaml(procname="Proc_A",
scans=[{
'name':
'scan1',
'types':
'T1',
'resources': [{
'type': 'NIFTI',
'name': 't1'
}]
}])
proc_b = yamls.generate_yaml(procname="Proc_B",
scans=[{
'name':
'scan1',
'types':
'T1',
'resources': [{
'type': 'NIFTI',
'name': 't1'
}]
}])
proc_c = yamls.generate_yaml(procname="Proc_C",
assessors=[{
'name':
'proc1',
'types':
'Proc_A_v1',
'resources': [{
'type': 'SEG',
'name': 'proc_a'
}]
}, {
'name':
'proc2',
'types':
'Proc_B_v1',
'resources': [{
'type': 'SEG2',
'name': 'proc_b'
}]
}])
proc_d = yamls.generate_yaml(procname="Proc_D",
assessors=[{
'name':
'proc1',
'types':
'Proc_C_v1',
'resources': [{
'type': 'THING',
'name': 'proc_c'
}]
}, {
'name':
'proc2',
'types':
'Proc_B_v1',
'resources': [{
'type': 'SEG2',
'name': 'proc_b'
}]
}])
return [('Proc_A_v1', yaml_doc.YamlDoc().from_string(proc_a)),
('Proc_B_v1', yaml_doc.YamlDoc().from_string(proc_b)),
('Proc_C_v1', yaml_doc.YamlDoc().from_string(proc_c)),
('Proc_D_v1', yaml_doc.YamlDoc().from_string(proc_d))]