Python g_rms 예제들

예제 #1

파일: max.py 프로젝트: badi/max

def _test_MyFunc(path):
    import gmx
    import numpy as np

    devnull = '/dev/null'
    rmsd = gmx.g_rms(stdout=devnull, stderr=devnull)
    return rmsd(f=path, s='/afs/crc.nd.edu/user/c/cabdulwa/Public/Research/md/ww/folded/14.pdb', n='/afs/crc.nd.edu/user/c/cabdulwa/Public/Research/md/ww/ndx/gmx/14/System.ndx')

예제 #2

파일: example.py 프로젝트: badi/max

def rmsd(path):
    import gmx
    import os

    prefix = '/afs/crc.nd.edu/user/c/cabdulwa/fax.git/max/tests'

    struct = os.path.join(prefix, 'protein.pdb')
    ndx    = os.path.join(prefix, 'System.ndx')

    devnull = '/dev/null'
    fn = gmx.g_rms(stdout=devnull, stderr=devnull)
    return fn(f=path, s=struct, n=ndx)

예제 #3

파일: g_rms.py 프로젝트: badi/gmx

#!/usr/bin/env python

import gmx

results = gmx.g_rms('test.xtc', s='test.pdb', n='test.ndx')
print results