def value_irs(self): b = ir.TrueIR() c = ir.Ref('c') i = ir.I32(5) j = ir.I32(7) st = ir.Str('Hail') a = ir.Ref('a') aa = ir.Ref('aa') da = ir.Ref('da') v = ir.Ref('v') s = ir.Ref('s') t = ir.Ref('t') call = ir.Ref('call') collect_sig = ir.AggSignature('Collect', [], None, [hl.tint32]) call_stats_sig = ir.AggSignature('CallStats', [], [hl.tint32], [hl.tcall]) call_stats_type = hl.tstruct(AC=hl.tarray(hl.tint32), AF=hl.tarray(hl.tfloat64), AN=hl.tint32, homozygote_count=hl.tarray(hl.tint32)) hist_sig = ir.AggSignature( 'Histogram', [hl.tfloat64, hl.tfloat64, hl.tint32], None, [hl.tfloat64]) hist_type = hl.tstruct(bin_edges=hl.tarray(hl.tfloat64), bin_freq=hl.tarray(hl.tint64), n_smaller=hl.tint64, n_larger=hl.tint64) take_by_sig = ir.AggSignature('TakeBy', [hl.tint32], None, [hl.tfloat64, hl.tfloat64]) take_by_type = hl.tarray(hl.tfloat64) value_irs = [ i, ir.I64(5), ir.F32(3.14), ir.F64(3.14), s, ir.TrueIR(), ir.FalseIR(), ir.Void(), ir.Cast(i, hl.tfloat64), ir.NA(hl.tint32), ir.IsNA(i), ir.If(b, i, j), ir.Let('v', i, v), ir.Ref('x'), ir.ApplyBinaryOp('+', i, j), ir.ApplyUnaryOp('-', i), ir.ApplyComparisonOp('EQ', i, j), ir.MakeArray([i, ir.NA(hl.tint32), ir.I32(-3)], hl.tarray(hl.tint32)), ir.ArrayRef(a, i), ir.ArrayLen(a), ir.ArrayRange(ir.I32(0), ir.I32(5), ir.I32(1)), ir.ArraySort(a, b, False), ir.ToSet(a), ir.ToDict(da), ir.ToArray(a), ir.LowerBoundOnOrderedCollection(a, i, True), ir.GroupByKey(da), ir.ArrayMap(a, 'v', v), ir.ArrayFilter(a, 'v', v), ir.ArrayFlatMap(aa, 'v', v), ir.ArrayFold(a, ir.I32(0), 'x', 'v', v), ir.ArrayScan(a, ir.I32(0), 'x', 'v', v), ir.ArrayFor(a, 'v', ir.Void()), ir.AggFilter(ir.TrueIR(), ir.I32(0)), ir.AggExplode(ir.ArrayRange(ir.I32(0), ir.I32(2), ir.I32(1)), 'x', ir.I32(0)), ir.AggGroupBy(ir.TrueIR(), ir.I32(0)), ir.ApplyAggOp([], None, [ir.I32(0)], collect_sig), ir.ApplyScanOp([], None, [ir.I32(0)], collect_sig), ir.ApplyAggOp([ir.F64(-5.0), ir.F64(5.0), ir.I32(100)], None, [ir.F64(-2.11)], hist_sig), ir.ApplyAggOp([], [ir.I32(2)], [call], call_stats_sig), ir.ApplyAggOp([ir.I32(10)], None, [ir.F64(-2.11), ir.F64(-2.11)], take_by_sig), ir.InitOp(ir.I32(0), [ir.I32(2)], call_stats_sig), ir.SeqOp(ir.I32(0), [i], collect_sig), ir.SeqOp(ir.I32(0), [ir.F64(-2.11), ir.I32(17)], take_by_sig), ir.Begin([ir.Void()]), ir.MakeStruct([('x', i)]), ir.SelectFields(s, ['x', 'z']), ir.InsertFields(s, [('x', i)]), ir.GetField(s, 'x'), ir.MakeTuple([i, b]), ir.GetTupleElement(t, 1), ir.StringSlice(st, ir.I32(1), ir.I32(2)), ir.StringLength(st), ir.In(2, hl.tfloat64), ir.Die('mumblefoo', hl.tfloat64), ir.Apply('&&', b, c), ir.Apply('toFloat64', i), ir.Uniroot('x', ir.F64(3.14), ir.F64(-5.0), ir.F64(5.0)), ir.Literal(hl.tarray(hl.tint32), [1, 2, None]), ] return value_irs
def value_irs(self): b = ir.TrueIR() c = ir.Ref('c') i = ir.I32(5) j = ir.I32(7) st = ir.Str('Hail') a = ir.Ref('a') aa = ir.Ref('aa') da = ir.Ref('da') v = ir.Ref('v') s = ir.Ref('s') t = ir.Ref('t') call = ir.Ref('call') table = ir.TableRange(5, 3) matrix_read = ir.MatrixRead(ir.MatrixNativeReader( resource('backward_compatability/1.0.0/matrix_table/0.hmt')), False, False) value_irs = [ i, ir.I64(5), ir.F32(3.14), ir.F64(3.14), s, ir.TrueIR(), ir.FalseIR(), ir.Void(), ir.Cast(i, hl.tfloat64), ir.NA(hl.tint32), ir.IsNA(i), ir.If(b, i, j), ir.Let('v', i, v), ir.Ref('x'), ir.ApplyBinaryOp('+', i, j), ir.ApplyUnaryOp('-', i), ir.ApplyComparisonOp('EQ', i, j), ir.MakeArray([i, ir.NA(hl.tint32), ir.I32(-3)], hl.tarray(hl.tint32)), ir.ArrayRef(a, i), ir.ArrayLen(a), ir.ArrayRange(ir.I32(0), ir.I32(5), ir.I32(1)), ir.ArraySort(a, b, False), ir.ToSet(a), ir.ToDict(da), ir.ToArray(a), ir.LowerBoundOnOrderedCollection(a, i, True), ir.GroupByKey(da), ir.ArrayMap(a, 'v', v), ir.ArrayFilter(a, 'v', v), ir.ArrayFlatMap(aa, 'v', v), ir.ArrayFold(a, ir.I32(0), 'x', 'v', v), ir.ArrayScan(a, ir.I32(0), 'x', 'v', v), ir.ArrayFor(a, 'v', ir.Void()), ir.AggFilter(ir.TrueIR(), ir.I32(0)), ir.AggExplode(ir.ArrayRange(ir.I32(0), ir.I32(2), ir.I32(1)), 'x', ir.I32(0)), ir.AggGroupBy(ir.TrueIR(), ir.I32(0)), ir.ApplyAggOp('Collect', [], None, [ir.I32(0)]), ir.ApplyScanOp('Collect', [], None, [ir.I32(0)]), ir.ApplyAggOp('Histogram', [ir.F64(-5.0), ir.F64(5.0), ir.I32(100)], None, [ir.F64(-2.11)]), ir.ApplyAggOp('CallStats', [], [ir.I32(2)], [call]), ir.ApplyAggOp('TakeBy', [ir.I32(10)], None, [ir.F64(-2.11), ir.F64(-2.11)]), ir.Begin([ir.Void()]), ir.MakeStruct([('x', i)]), ir.SelectFields(s, ['x', 'z']), ir.InsertFields(s, [('x', i)]), ir.GetField(s, 'x'), ir.MakeTuple([i, b]), ir.GetTupleElement(t, 1), ir.StringSlice(st, ir.I32(1), ir.I32(2)), ir.StringLength(st), ir.In(2, hl.tfloat64), ir.Die(ir.Str('mumblefoo'), hl.tfloat64), ir.Apply('&&', b, c), ir.Apply('toFloat64', i), ir.Uniroot('x', ir.F64(3.14), ir.F64(-5.0), ir.F64(5.0)), ir.Literal(hl.tarray(hl.tint32), [1, 2, None]), ir.TableCount(table), ir.TableGetGlobals(table), ir.TableCollect(table), ir.TableAggregate(table, ir.MakeStruct([('foo', ir.ApplyAggOp('Collect', [], None, [ir.I32(0)]))])), ir.TableWrite(table, new_temp_file(), False, True, "fake_codec_spec$$"), ir.MatrixAggregate(matrix_read, ir.MakeStruct([('foo', ir.ApplyAggOp('Collect', [], None, [ir.I32(0)]))])), ir.MatrixWrite(matrix_read, ir.MatrixNativeWriter(new_temp_file(), False, False, "")), ir.MatrixWrite(matrix_read, ir.MatrixVCFWriter(new_temp_file(), None, False, None)), ir.MatrixWrite(matrix_read, ir.MatrixGENWriter(new_temp_file(), 4)), ir.MatrixWrite(matrix_read, ir.MatrixPLINKWriter(new_temp_file())), ] return value_irs
def value_irs(self): b = ir.TrueIR() c = ir.Ref('c', hl.tbool) i = ir.I32(5) j = ir.I32(7) st = ir.Str('Hail') a = ir.Ref('a', hl.tarray(hl.tint32)) aa = ir.Ref('aa', hl.tarray(hl.tarray(hl.tint32))) da = ir.Ref('da', hl.tarray(hl.ttuple(hl.tint32, hl.tstr))) v = ir.Ref('v', hl.tint32) s = ir.Ref('s', hl.tstruct(x=hl.tint32, y=hl.tint64, z=hl.tfloat64)) t = ir.Ref('t', hl.ttuple(hl.tint32, hl.tint64, hl.tfloat64)) call = ir.Ref('call', hl.tcall) collect_sig = ir.AggSignature('Collect', [], None, [hl.tint32]) call_stats_sig = ir.AggSignature('CallStats', [], [hl.tint32], [hl.tcall]) hist_sig = ir.AggSignature('Histogram', [hl.tfloat64, hl.tfloat64, hl.tint32], None, [hl.tfloat64]) take_by_sig = ir.AggSignature('TakeBy', [hl.tint32], None, [hl.tfloat64, hl.tfloat64]) value_irs = [ i, ir.I64(5), ir.F32(3.14), ir.F64(3.14), s, ir.TrueIR(), ir.FalseIR(), ir.Void(), ir.Cast(i, hl.tfloat64), ir.NA(hl.tint32), ir.IsNA(i), ir.If(b, i, j), ir.Let('v', i, v), ir.Ref('x', hl.tint32), ir.ApplyBinaryOp('+', i, j), ir.ApplyUnaryOp('-', i), ir.ApplyComparisonOp('EQ', i, j), ir.MakeArray([i, ir.NA(hl.tint32), ir.I32(-3)], hl.tarray(hl.tint32)), ir.ArrayRef(a, i), ir.ArrayLen(a), ir.ArrayRange(ir.I32(0), ir.I32(5), ir.I32(1)), ir.ArraySort(a, b, False), ir.ToSet(a), ir.ToDict(da), ir.ToArray(a), ir.LowerBoundOnOrderedCollection(a, i, True), ir.GroupByKey(da), ir.ArrayMap(a, 'v', v), ir.ArrayFilter(a, 'v', v), ir.ArrayFlatMap(aa, 'v', v), ir.ArrayFold(a, ir.I32(0), 'x', 'v', v), ir.ArrayFor(a, 'v', ir.Void()), ir.ApplyAggOp(ir.I32(0), [], None, collect_sig), ir.ApplyScanOp(ir.I32(0), [], None, collect_sig), ir.ApplyAggOp(ir.F64(-2.11), [ir.F64(-5.0), ir.F64(5.0), ir.I32(100)], None, hist_sig), ir.ApplyAggOp(call, [], [ir.I32(2)], call_stats_sig), ir.ApplyAggOp(ir.F64(-2.11), [ir.I32(10)], None, take_by_sig), ir.InitOp(ir.I32(0), [ir.I32(2)], call_stats_sig), ir.SeqOp(ir.I32(0), [i], collect_sig), ir.SeqOp(ir.I32(0), [ir.F64(-2.11), ir.I32(17)], take_by_sig), ir.Begin([ir.Void()]), ir.MakeStruct([('x', i)]), ir.SelectFields(s, ['x', 'z']), ir.InsertFields(s, [('x', i)]), ir.GetField(s, 'x'), ir.MakeTuple([i, b]), ir.GetTupleElement(t, 1), ir.StringSlice(st, ir.I32(1), ir.I32(2)), ir.StringLength(st), ir.In(2, hl.tfloat64), ir.Die('mumblefoo', hl.tfloat64), ir.Apply('&&', b, c), ir.Apply('toFloat64', i), ir.Apply('isDefined', s), ir.Uniroot('x', ir.F64(3.14), ir.F64(-5.0), ir.F64(5.0)) ] return value_irs