def set_arists_on_nodes(self):
for n in range(self.count_nodes()):
c = self.get_node_by_ndx(n) # Acceptor
for t in range(self.count_nodes()):
if t == n:
continue
cc = self.get_node_by_ndx(t) # Donor
if cc.name.find('PRO') == 0:
continue
ch = 1. / mymath.distance(
cc.coord[1], c.coord[3]) # H from donor to C from aceptor
cn = 1. / mymath.distance(
cc.coord[0], c.coord[3]) # N from donor to C from aceptor
oh = 1. / mymath.distance(
cc.coord[1], c.coord[4]) # H from donor to O from aceptor
on = 1. / mymath.distance(
cc.coord[0], c.coord[4]) # N from donor to O from aceptor
const = 27.888 # 0.084 from two charges times 332 kcal/mol. DSSP definition.
energy = const * (on + ch - oh - cn)
n2o = c.coord[4] - cc.coord[0]
n2h = cc.coord[1] - cc.coord[0]
ang = mymath.angle(n2o, n2h) * 180. / np.pi
#if c.name == "ASP_85_A" and cc.name == "GLN_88_A" :
# print c.name,cc.name," ",energy," ",ang
#if energy < -0.5 and ang < 63 and 1./on < 4.0:
if ang <= 30 and 1. / on < 3.5:
cc_name = str(n) + "_" + str(
t) # Accepted from Donor, A[n,t].
cc.conne[str(n)] = energy
#print c.name,cc.name," ",energy," ",ang
self.add_arist(Arist(cc_name, energy))
def get_df_distancias(ref):
"""Funcion para obtener los enlaces de distancias de cada residuo
Dudas en codigo pueden revisar fc.distancia_entre_atomos en ese se basa
esta funcion, la diferencia es que se crea con el objeto residuo"""
# se generan listas con coordenadas y numero de atomo
enlaces = [
[res1.resi, res2.resi] for res1 in ref[1:-1] for res2 in ref[1:-1]
if res2.resi >= res1.resi
if mymath.distance(res2.GetAtom('CA').coord,
res1.GetAtom('CA').coord) < 10
]
return enlaces
def compute_distance(ref, tar, atom_name):
plot_data = []
for i in range(len(tar)): # same size
tar_res = tar[i]
ref_res = ref[i]
#print ref_res.CA.coord
plot_data.append(
Resi_plot(
tar_res.resi, tar_res.resn,
vcts.distance(
getattr(ref_res, atom_name).coord,
getattr(tar_res, atom_name).coord)))
return plot_data
def get_df_distancias(ref):
"""Funcion para obtener los enlaces de distancias de cada residuo
Dudas en codigo pueden revisar fc.distancia_entre_atomos en ese se basa
esta funcion, la diferencia es que se crea con el objeto residuo"""
# se generan listas con coordenadas y numero de atomo
# calcula distancia y regresa dataframe
enlaces = []
for res1 in ref[1:-1]:
for res2 in ref[1:-1]:
if res2.resi >= res1.resi:
if mymath.distance(res2.center_mass, res1.center_mass) < 10:
enlaces.append([res1.resi, res2.resi])
# se genera la matriz de adyacencias para la red
return enlaces