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# run integration
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# integrate the system and report when necessary
if opts.time_integration: ### time integrations: individual steps and total time
import time
to=time.time()
if use_phase:
if (not opts.onward) or (opts.init_time != "none"):
print >>outfile, nm_u.report_func(t, q[:-1], Porb)
if opts.flush:
outfile.flush()
while t < t1:
_to = time.time()
while t < sample_time:
t, h, q = evolve.apply(t, sample_time, h, q) # evolve network and update variables
sample_time += sample_step
print >>outfile, nm_u.report_func(t, q[:-1], Porb) # phase is tacked on the end
print >>outfile, "#dt = ", time.time()-_to
if opts.flush:
outfile.flush()
else:
if (not opts.onward) or (opts.init_time != "none"):
print >>outfile, nm_u.report_func(t, q, Porb)
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# convert current -> target
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if opts.convert:
if opts.verbose: print "converting variable types in time domain : %s -> %s"%(opts.current, opts.target)
converted_t_P, converted_q, converted_current = nm_u.convert(t_P, q, opts.current, opts.target, system, system.Porb)
if opts.convert_outfilename:
if opts.verbose: print "writing converted data to %s" % opts.convert_outfilename
outfile = open(opts.convert_outfilename, "w")
for ind in range(len(converted_t_P)):
print >> outfile, nm_u.report_func(converted_t_P[ind], [ l for Q in converted_q for l in Q[ind] ], P=1., phase=False)
outfile.close()
else:
for ind in range(len(t_P)):
print nm_u.report_func(t_P, [ l for Q in q for l in Q[ind] ], P=1., phase=False)
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# perform forward FFT
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if opts.fft:
