def creation_fiche_medecin(onto):
print('Traitement fichier medecin...')
# Récupérer une liste de toutes les classes de l'onto
classes = list(onto.classes())
individus = list(onto.individuals())
# Lire le fichier qui contient les infos sur les patients
fiche_df = pd.read_csv('Data/rapport_du_medecin.csv')
# On parcourt le fichier qui contient les infos remplies par le médecin sur le patient
for index, row in fiche_df.iterrows():
# Récupérer le code du patient consulté
code_patient = get_num_individu(row['A consulté le patient'], onto)
patient = individus[code_patient]
# Instancier le médecin
medecin = classes[get_num_classe('Medecin', onto)]()
medecin.name = str(row['Nom']) + '_' + str(row['Prénom'])
medecin.ID = str(row['Nom']) + '_' + str(row['Prénom'])
medecin.Nom = row['Nom']
medecin.Prenom.append(row['Prénom'])
medecin.Spécialité.append(row['Spécialité'])
# Ajouter la consultation
medecin.Date_Consultation.append(row['Date consultation'])
# Infos sur le patient
patient.ausculté_par.append(onto.search(iri='*' + medecin.name)[0])
medecin.a_ausculté.append(onto.search(iri='*' + patient.name)[0])
patient.Gravité_symptomes.append(row['Gravité symptomes'])
# Orientation du patient par le medecin
patient.orienté_vers.append(
onto.search(iri='*' + row['Orientation'])[0])
patient.Prise_En_Charge.append(row['Prise en charge'])
patient.Suspicion_Covid = True if row[
'Suspicion Covid'] == 'Oui' else False
# Output vers le fichier .owl
# onto.save(file='ontology_patients.owl', format='ntriples')
return onto
class habite_a(Patient >> classes[get_num_classe('Localisation', onto)]
):
pass
class prend(Patient >> classes[get_num_classe('Traitements', onto)]):
pass
class est_atteint_de(
Patient >> classes[get_num_classe('Maladies', onto)]):
pass
def instancier_patients(onto):
print('Traitement fichier patients...')
# Récupérer une liste de toutes les classes de l'onto
classes = list(onto.classes())
# Lire le fichier qui contient les infos sur les patients
patients_df = pd.read_csv('Data/informations_patient.csv')
# Parcourir le fichier de patient ligne par ligne
for index, row in patients_df.iterrows():
# Récupérer le numéro de la classe Patient
patient = classes[get_num_classe('Patient', onto)]
pat = patient() # Instancier le patient
# Remplir toute les infos du patient selon les donnés du fichier csv
pat.Sexe = row['Sexe']
pat.name = row['ID']
pat.ID = row['ID']
pat.Age = row['Age']
pat.Nom = row['Nom']
pat.Prenom.append(row['Prénom'])
pat.Poids = row['Poids']
pat.Taille = row['Taille']
pat.Temperature = row['Temperature']
pat.Est_Enceinte = True if row['Enceinte'] == 'oui' else False
# Traitement de la localisation
# Récupérer le numéro de la wilaya du patient dans l'ontologie pour l'instancier
num_wilaya = (get_num_classe(str(row['Wilaya']), onto) -
get_num_classe('Adrar', onto) + 1)
commune = onto.search(iri='*' + str(row['Commune']) + '_' +
str(num_wilaya))
pat.habite_a.append(commune[0])
# Récupérer les maladies, symptomes et traitements fournis par le patient
maladies = str(row['Antécédent médical']).split(',')
medics = str(row['Traitements']).split(',')
symptomes = str(row['Symptomes']).split(',')
# Parcourir les symptomes mentionnés par le patient
for sp in symptomes:
# Vérifier que la variable n'est pas vide
if sp != 'nan':
# Si elle est déjà instancié, on la lie à l'object property
if (onto.search(iri='*' + sp) != []):
pat.présente.append(onto.search(iri='*' + sp)[0])
# Sinon on l'instancie
else:
symptome = classes[get_num_classe('Symptomes', onto)]
symp = symptome(sp.replace(' ', ''))
pat.présente.append(symp)
# Récupérer les traitements que prend le patient
for tr in medics:
if tr != 'nan':
if (onto.search(iri='*' + tr) != []):
pat.prend.append(onto.search(iri='*' + tr)[0])
else:
traitement = classes[get_num_classe('Traitements', onto)]
trait = traitement(tr.replace(' ', ''))
pat.prend.append(trait)
# Parcourir les maladies mentionnés par le patient
for md in maladies:
if md != 'nan':
if (onto.search(iri='*' + md) != []):
pat.est_atteint_de.append(onto.search(iri='*' + md)[0])
else:
maladie = classes[get_num_classe('Maladies', onto)]
mld = maladie(md.replace(' ', ''))
pat.est_atteint_de.append(mld)
# Output vers le fichier .owl
# onto.save(file='ontology_patients.owl', format='ntriples')
return onto