def ecp_ano_det_ovlp(atm_ecp, atm_ano, ecpcore):
ecp_ao_loc = atm_ecp.ao_loc_nr()
ano_ao_loc = atm_ano.ao_loc_nr()
ecp_ao_dim = ecp_ao_loc[1:] - ecp_ao_loc[:-1]
ano_ao_dim = ano_ao_loc[1:] - ano_ao_loc[:-1]
ecp_bas_l = [[atm_ecp.bas_angular(i)] * d
for i, d in enumerate(ecp_ao_dim)]
ano_bas_l = [[atm_ano.bas_angular(i)] * d
for i, d in enumerate(ano_ao_dim)]
ecp_bas_l = numpy.hstack(ecp_bas_l)
ano_bas_l = numpy.hstack(ano_bas_l)
ecp_idx = []
ano_idx = []
for l in range(4):
nocc, nfrac = atom_hf.frac_occ(stdsymb, l)
if nfrac > 1e-15:
nocc += 1
if nocc == 0:
break
i0 = ecpcore[l] * (2 * l + 1)
i1 = nocc * (2 * l + 1)
ecp_idx.append(numpy.where(ecp_bas_l == l)[0][:i1 - i0])
ano_idx.append(numpy.where(ano_bas_l == l)[0][i0:i1])
ecp_idx = numpy.hstack(ecp_idx)
ano_idx = numpy.hstack(ano_idx)
s12 = gto.intor_cross('int1e_ovlp', atm_ecp, atm_ano)[ecp_idx][:,
ano_idx]
return numpy.linalg.det(s12)
def minao_basis(symb):
basis_add = pyscf.gto.basis.load('ano', symb)
occ = []
basis_new = []
for l in range(4):
ndocc, nfrac = atom_hf.frac_occ(symb, l)
if ndocc > 0:
occ.extend([2]*ndocc*(2*l+1))
if nfrac > 1e-15:
occ.extend([nfrac]*(2*l+1))
ndocc += 1
if ndocc > 0:
basis_new.append([l] + [b[:ndocc+1] for b in basis_add[l][1:]])
return occ, basis_new
def ecp_ano_det_ovlp(atm_ecp, atm_ano, ecpcore):
ecp_ao_loc = atm_ecp.ao_loc_nr()
ano_ao_loc = atm_ano.ao_loc_nr()
ecp_ao_dim = ecp_ao_loc[1:] - ecp_ao_loc[:-1]
ano_ao_dim = ano_ao_loc[1:] - ano_ao_loc[:-1]
ecp_bas_l = [[atm_ecp.bas_angular(i)] * d
for i, d in enumerate(ecp_ao_dim)]
ano_bas_l = [[atm_ano.bas_angular(i)] * d
for i, d in enumerate(ano_ao_dim)]
ecp_bas_l = numpy.hstack(ecp_bas_l)
ano_bas_l = numpy.hstack(ano_bas_l)
nelec_core = 0
ecp_occ_tmp = []
ecp_idx = []
ano_idx = []
for l in range(4):
nocc, frac = atom_hf.frac_occ(stdsymb, l)
l_occ = [2] * ((nocc - ecpcore[l]) * (2 * l + 1))
if frac > 1e-15:
l_occ.extend([frac] * (2 * l + 1))
nocc += 1
if nocc == 0:
break
nelec_core += 2 * ecpcore[l] * (2 * l + 1)
i0 = ecpcore[l] * (2 * l + 1)
i1 = nocc * (2 * l + 1)
ecp_idx.append(numpy.where(ecp_bas_l == l)[0][:i1 - i0])
ano_idx.append(numpy.where(ano_bas_l == l)[0][i0:i1])
ecp_occ_tmp.append(l_occ[:i1 - i0])
ecp_idx = numpy.hstack(ecp_idx)
ano_idx = numpy.hstack(ano_idx)
ecp_occ = numpy.zeros(atm_ecp.nao_nr())
ecp_occ[ecp_idx] = numpy.hstack(ecp_occ_tmp)
nelec_valence_left = int(
gto.charge(stdsymb) - nelec_core - sum(ecp_occ[ecp_idx]))
if nelec_valence_left > 0:
logger.warn(
mol, 'Characters of %d valence electrons are not identified.\n'
'It can affect the "meta-lowdin" localization method '
'and the population analysis of SCF method.\n'
'Adjustment to the core/valence partition may be needed '
'(see function lo.nao.set_atom_conf)\nto get reasonable '
'local orbitals or Mulliken population.\n', nelec_valence_left)
# Return 0 to force the projection to ANO basis
return 0
else:
s12 = gto.intor_cross('int1e_ovlp', atm_ecp,
atm_ano)[ecp_idx][:, ano_idx]
return numpy.linalg.det(s12)
def ecp_ano_det_ovlp(atm_ecp, atm_ano, ecpcore):
ecp_ao_loc = atm_ecp.ao_loc_nr()
ano_ao_loc = atm_ano.ao_loc_nr()
ecp_ao_dim = ecp_ao_loc[1:] - ecp_ao_loc[:-1]
ano_ao_dim = ano_ao_loc[1:] - ano_ao_loc[:-1]
ecp_bas_l = [[atm_ecp.bas_angular(i)]*d for i,d in enumerate(ecp_ao_dim)]
ano_bas_l = [[atm_ano.bas_angular(i)]*d for i,d in enumerate(ano_ao_dim)]
ecp_bas_l = numpy.hstack(ecp_bas_l)
ano_bas_l = numpy.hstack(ano_bas_l)
nelec_core = 0
ecp_occ_tmp = []
ecp_idx = []
ano_idx = []
for l in range(4):
nocc, frac = atom_hf.frac_occ(stdsymb, l)
l_occ = [2] * ((nocc-ecpcore[l])*(2*l+1))
if frac > 1e-15:
l_occ.extend([frac] * (2*l+1))
nocc += 1
if nocc == 0:
break
nelec_core += 2 * ecpcore[l] * (2*l+1)
i0 = ecpcore[l] * (2*l+1)
i1 = nocc * (2*l+1)
ecp_idx.append(numpy.where(ecp_bas_l==l)[0][:i1-i0])
ano_idx.append(numpy.where(ano_bas_l==l)[0][i0:i1])
ecp_occ_tmp.append(l_occ[:i1-i0])
ecp_idx = numpy.hstack(ecp_idx)
ano_idx = numpy.hstack(ano_idx)
ecp_occ = numpy.zeros(atm_ecp.nao_nr())
ecp_occ[ecp_idx] = numpy.hstack(ecp_occ_tmp)
nelec_valence_left = int(gto.mole.charge(stdsymb) - nelec_core
- sum(ecp_occ[ecp_idx]))
if nelec_valence_left > 0:
logger.warn(mol, 'Characters of %d valence electrons are not identified.\n'
'It can affect the "meta-lowdin" localization method '
'and the population analysis of SCF method.\n'
'Adjustment to the core/valence partition may be needed '
'(see function lo.nao.set_atom_conf)\nto get reasonable '
'local orbitals or Mulliken population.\n',
nelec_valence_left)
# Return 0 to force the projection to ANO basis
return 0
else:
s12 = gto.intor_cross('int1e_ovlp', atm_ecp, atm_ano)[ecp_idx][:,ano_idx]
return numpy.linalg.det(s12)
def minao_basis(symb, nelec_ecp):
basis_add = pyscf.gto.basis.load('ano', symb)
occ = []
basis_new = []
coreshl = pyscf.gto.ecp.core_configuration(nelec_ecp)
#coreshl = (0,0,0,0)
for l in range(4):
ndocc, nfrac = atom_hf.frac_occ(symb, l)
if coreshl[l] > 0:
occ.extend([0]*coreshl[l]*(2*l+1))
if ndocc > coreshl[l]:
occ.extend([2]*(ndocc-coreshl[l])*(2*l+1))
if nfrac > 1e-15:
occ.extend([nfrac]*(2*l+1))
ndocc += 1
if ndocc > 0:
basis_new.append([l] + [b[:ndocc+1] for b in basis_add[l][1:]])
return occ, basis_new
def minao_basis(symb, nelec_ecp):
basis_add = pyscf.gto.basis.load('ano', symb)
occ = []
basis_new = []
# coreshl defines the core shells to be removed in the initial guess
coreshl = pyscf.gto.ecp.core_configuration(nelec_ecp)
#coreshl = (0,0,0,0) # it keeps all core electrons in the initial guess
for l in range(4):
ndocc, nfrac = atom_hf.frac_occ(symb, l)
if coreshl[l] > 0:
occ.extend([0]*coreshl[l]*(2*l+1))
if ndocc > coreshl[l]:
occ.extend([2]*(ndocc-coreshl[l])*(2*l+1))
if nfrac > 1e-15:
occ.extend([nfrac]*(2*l+1))
ndocc += 1
if ndocc > 0:
basis_new.append([l] + [b[:ndocc+1] for b in basis_add[l][1:]])
return occ, basis_new
def minao_basis(symb, nelec_ecp):
basis_add = gto.basis.load('ano', symb)
occ = []
basis_new = []
# coreshl defines the core shells to be removed in the initial guess
coreshl = gto.ecp.core_configuration(nelec_ecp)
#coreshl = (0,0,0,0) # it keeps all core electrons in the initial guess
for l in range(4):
ndocc, nfrac = atom_hf.frac_occ(symb, l)
if coreshl[l] > 0:
occ.extend([0]*coreshl[l]*(2*l+1))
if ndocc > coreshl[l]:
occ.extend([2]*(ndocc-coreshl[l])*(2*l+1))
if nfrac > 1e-15:
occ.extend([nfrac]*(2*l+1))
ndocc += 1
if ndocc > 0:
basis_new.append([l] + [b[:ndocc+1] for b in basis_add[l][1:]])
return occ, basis_new
