def init_argparser(p=None):
p = grpparser.init_argparser(p)
p.add_argument('-o', '--outfile', default='outfile')
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser():
p = arg_parser("Create PCoA plot based on distance matrix file")
p = grpparser.init_argparser(p)
p.add_argument('--dpi', type=int, default=600)
p.add_argument('--dotsize', type=float, default=0.25)
p.add_argument('-o', '--outfile', default="outplot.pcoa.png")
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser(p=None):
if p is None:
p = arg_parser('seq2pi.py - calculate nucleotide diversity (pi)')
p = grpparser.init_argparser(p)
p.add_argument('-o', '--outfile', default='outfile.pi.txt')
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser(p=None):
if p is None:
p = arg_parser('groupinfo.py - provide group information')
p = grpparser.init_argparser(p)
p.add_argument('--fmt',
default='text',
choices=['pickle', 'npy', 'text', 'list'])
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser(p=None):
if p is None:
p = arg_parser('Genotype file parser')
p = grpparser.init_argparser(p)
p.add_argument('--posfile', default=None)
p.add_argument('--includepos', default='')
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser(p=None):
if p is None:
p = arg_parser('seq2pi.py - calculate nucleotide diversity (pi)')
p = grpparser.init_argparser(p)
p.add_argument('-o', '--outfile', default='outfile.fst.txt')
p.add_argument('--sitefile', default='')
p.add_argument('--nantozero', action='store_true', default=False)
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser():
p = arg_parser("Create colour annotation based on header of a file")
p = grpparser.init_argparser(p)
p.add_argument('--delimiter', default='\t')
p.add_argument('-s',
default=False,
action='store_true',
help='include sample size of each group')
p.add_argument('-o', '--outfile', default="outfile.anno")
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser(p=None):
if p is None:
p = arg_parser('consolidate_predictions')
p = grpparser.init_argparser(p)
p.add_argument('--fmt',
default='text',
choices=['pickle', 'npy', 'text', 'list'])
p.add_argument('--samplefile', default='')
p.add_argument('--threshold', type=float, default=1.0)
p.add_argument('--outreport', default='')
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser(p=None, with_group=True, with_position=True):
if p is None:
p = arg_parser('Genotype file parser')
if with_group:
p = grpparser.init_argparser(p)
if with_position:
p.add_argument('--posfile', default=None)
#p.add_argument('--includepos', default='')
p.add_argument('-n', type=int, default=-1)
p.add_argument('--fmt', default='tab', choices=['tab', 'pickle', 'npy'])
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser():
p = arg_parser("Create a ped and map file suitable for isoRelate from VCF and metafile")
p = grpparser.init_argparser( p )
p.add_argument('-o', '--outprefix', default='outdata')
p.add_argument('infile')
return p