def parse_console():
if len(
sys.argv
) > 1: #wenn ich einen filename eingegeben habe, ist er in sys.argv[1]
filename = io.open(sys.argv[1], mode="rb") #oeffne file als bytes.IO
file = ws.fasta_parser(filename) #Aufruf des Parsers
print(file) #Ausgabe der Ausgabe vom Fasta Parser
filename.close() #Schliessen des Streams
def parse_console():
if len(sys.argv) > 1:
filename = io.open(sys.argv[1], mode="rb")
file = ws.fasta_parser(filename)
print(file)
filename.close()
def parse_console(args):
filename = args.input # Die Eingabedatei
file = ws.fasta_parser(filename) #Aufruf des Parsers
if args.output == "-": # Abfrage ob output angegeben wurde
print(file, file=sys.stdout
) #Ausgabe der Ausgabe vom Fasta Parser in sys.stdout
else:
print(file, file=args.output) # oder Ausgabe in der angegebenen Datei.
filename.close() #Schliessen des Streams
import ws2016
import sys
file = open(sys.argv[1], 'rb')
data = ws2016.fasta_parser(file.read())
try:
index = int(sys.argv[2])
except:
index = 0
print('{}: {}'.format(ws2016.get_id(data, index),
ws2016.get_gc_content(data, index)))
#!/usr/bin/env python3
## Date: 19.10.2016
## Author: Anna Majewski
## Description: Fasta Parser
import ws2016 as ws
import sys, io
def parse_console():
if len(
sys.argv
) > 1: #wenn ich einen filename eingegeben habe, ist er in sys.argv[1]
filename = io.open(sys.argv[1], mode="rb") #oeffne file als bytes.IO
file = ws.fasta_parser(filename) #Aufruf des Parsers
print(file) #Ausgabe der Ausgabe vom Fasta Parser
filename.close() #Schliessen des Streams
stream = io.open("../examples/long.fasta", mode="rb")
ws.fasta_parser(stream)
#BSP 11?
import ws2016 as ws
import sys
if len(sys.argv) > 1:
f = open(sys.argv[1], "rb")
data = ws.fasta_parser(f)
f.close()