Exemplos de Needelman_Wunch.read_fasta_file em Python

Exemplo n.º 1

Arquivo: NW_tests.py Projeto: MichalTurski/Bioinformatics

 def test_valid_fasta(self):
     file_mock = StringIO(
         'first line \n TEITAAMVKELREST GAGMMDCKN\nALSETNGDFDKAVQLLR EKGLGKAAKKAD'
     )
     seq = Needelman_Wunch.read_fasta_file(file_mock, 100)
     self.assertEqual(
         seq, 'TEITAAMVKELRESTGAGMMDCKNALSETNGDFDKAVQLLREKGLGKAAKKAD')

Exemplo n.º 2

Arquivo: NW_tests.py Projeto: MichalTurski/Bioinformatics

 def test_small_case(self):
     file_mock = StringIO('first line \n teitAAMVKELreST')
     seq = Needelman_Wunch.read_fasta_file(file_mock, 100)
     self.assertEqual(seq, 'TEITAAMVKELREST')

Exemplo n.º 3

Arquivo: NW_tests.py Projeto: MichalTurski/Bioinformatics

 def test_file_too_long(self):
     file_mock = StringIO(
         'first line \n TEITAAMVKELRESTGAGMMDCKNALSETNGDFDKAVQLLREKGLGKAAKKAD'
     )
     with self.assertRaises(Needelman_Wunch.InputError):
         Needelman_Wunch.read_fasta_file(file_mock, 10)

Exemplo n.º 4

Arquivo: NW_tests.py Projeto: MichalTurski/Bioinformatics

 def test_almost_empty_fasta(self):
     file_mock = StringIO('first line \n')
     with self.assertRaises(Needelman_Wunch.InputError):
         Needelman_Wunch.read_fasta_file(file_mock, 100)