def compareModels(sbmlModel, antModel):
'''
This code needs to be rewritten.
'''
import roadrunner, pylab, antimony
sbmlModel = "00001-sbml-l2v4.xml"
antModel = sbmlModel.replace(sbmlModel[-3:], "ant")
# Make a round trip to and from Antimony
antimony.loadSBMLFile(sbmlModel)
antimony.writeAntimonyFile(antModel, antimony.getModuleNames()[1])
antimony.loadAntimonyFile(antModel)
antimony.writeSBMLFile("test.xml", antimony.getModuleNames()[1])
rr1 = roadrunner.RoadRunner(sbmlModel)
rr2 = roadrunner.RoadRunner("test.xml")
result1 = rr1.simulate(0, 10, 101)
result2 = rr2.simulate(0, 10, 101)
result = result1 - result2
pylab.plot(result[:, 0], result[:, 1:])
pylab.show()
def convertSBML2Antimony(filename):
if filename[-3:] == "xml":
model_name = filename.replace(filename[-3:], "ant")
antimony.loadSBMLFile(filename)
antimony.writeAntimonyFile(model_name, antimony.getMainModuleName())
elif filename[-3:] == "ant":
model_name = filename.replace(filename[-3:], "xml")
antimony.loadAntimonyFile(filename)
antimony.writeSBMLFile(model_name, antimony.getMainModuleName())
else:
print("Error, input file not SBML '*.xml' or Antimony '*.ant' ")
def __antimony_to_sbml(ant):
try:
isfile = os.path.isfile(ant)
except ValueError:
isfile = False
if isfile:
code = antimony.loadAntimonyFile(ant)
else:
code = antimony.loadAntimonyString(ant)
__check_antimony_return_code(code)
mid = antimony.getMainModuleName()
return antimony.getSBMLString(mid)
def antimonyToCellML(ant):
""" Convert Antimony to CellML string.
:param ant: Antimony string or file
:type ant: str | file
:return: CellML
:rtype: str
"""
if os.path.isfile(ant):
code = antimony.loadAntimonyFile(ant)
else:
code = antimony.loadAntimonyString(ant)
_checkAntimonyReturnCode(code)
mid = antimony.getMainModuleName()
return antimony.getCellMLString(mid)
def antimonyToCellML(ant):
""" Convert Antimony to CellML string.
:param ant: Antimony string or file
:type ant: str | file
:return: CellML
:rtype: str
"""
if os.path.isfile(ant):
code = antimony.loadAntimonyFile(ant)
else:
code = antimony.loadAntimonyString(ant)
_checkAntimonyReturnCode(code)
mid = antimony.getMainModuleName()
return antimony.getCellMLString(mid)
def __init__(self, model_contents: str, content_type: str) -> None:
if content_type == "ModelString":
er_code = sb.loadAntimonyString(model_contents)
elif content_type == "ModelFile":
er_code = sb.loadAntimonyFile(model_contents)
else:
raise KeyError(f"Unsupported content_type: {content_type}")
self.er_code = er_code
if self.er_code == -1:
error_msg = "Error while parsing model. Model variable names "
error_msg += "might be antimony keywords (see docs at https://"
error_msg += "cayenne.readthedocs.io/en/latest/tutorial.html)."
raise ModelError(error_msg)
self.sb_module = sb.getMainModuleName()
self._parse_model()
def antimonyToSBML(ant):
""" Convert Antimony to SBML string.
:param ant: Antimony string or file
:type ant: str | file
:return: SBML
:rtype: str
"""
try:
isfile = os.path.isfile(ant)
except ValueError:
isfile = False
if isfile:
code = antimony.loadAntimonyFile(ant)
else:
code = antimony.loadAntimonyString(ant)
_checkAntimonyReturnCode(code)
mid = antimony.getMainModuleName()
return antimony.getSBMLString(mid)
def antimonyToSBML(ant):
""" Convert Antimony to SBML string.
:param ant: Antimony string or file
:type ant: str | file
:return: SBML
:rtype: str
"""
try:
isfile = os.path.isfile(ant)
except ValueError:
isfile = False
if isfile:
code = antimony.loadAntimonyFile(ant)
else:
code = antimony.loadAntimonyString(ant)
_checkAntimonyReturnCode(code)
mid = antimony.getMainModuleName()
return antimony.getSBMLString(mid)
] #zu welchen Zeitpunkten soll die Konfiguration gespeichert werden?
tStart = 0 #Start- und Endzeit der Simulation
tEnd = 3.01
doplot = True #plotten?
plotlegend = True #Legende plotten?
verbose = 2 #Verbose level: 0 = garnicht, 1 = Statistik 1x je outerLoop, 2 = Statistik nach jedem N, 3 = +Schleifenzaehler (Haengt sich die Simulation auf?)
Nscale = 100
#Produkt der naechsten 3 Variablen ist die Anzahl der insg. simulierten Pfade
outerLoop = 1 #Anzahl Wiederholungen festlegen (multipliziert sich mit AnzahlPfade zur Anzahl der simulierten Pfade je N)
Nrange = range(
3
) #Bereich von N festlegen. range(5) == 0,1,2,3,4. Daher Multiplikator N = (N+1)*Nscale
AnzahlPfade = 40 #Anzahl Wiederholungen festlegen (multipliziert sich mit outerLoop). Fuer schoene Plots hier Wert 40-100. Fuer grosse N: doplot=False, hier 1, dafuer bei outerLoop gewuenschte Werte eintragen.
#--------------stay-above-this-line----- #Modell laden, kann auch URL sein z.B. von www.biomodels.net---------
if os.path.isfile(antStr): #----------- start copy&paste from tellurium.py
code = antimony.loadAntimonyFile(antStr)
else:
code = antimony.loadAntimonyString(antStr)
if code < 0:
raise Exception('Antimony: {}'.format(antimony.getLastError()))
mid = antimony.getMainModuleName()
sbml = antimony.getSBMLString(mid)
r = roadrunner.RoadRunner(sbml) #----------- end copy&paste from tellurium.py
#----------------the-next-three-lines-should-be-user-adapted--------
r.setIntegrator(
'gillespie') #Integrator auswaehlen. Andere unterstuetzen z.B. ODEs
r.getIntegrator().setValue(
'variable_step_size', True
) #Parameter fuer Integrator setzen, anderer Integrator unterstuetzt andere Parameter
Config.setValue(Config.MAX_OUTPUT_ROWS, pow(
10, 7)) #bei 64-bit pow(10,11) oder weniger bei wenig Arbeitsspeicher
path='W:\Sim\\' #Dateipfad festlegen
selectToPlot = ['time','Rn','Pn','Hn'] #welche Variablen sind von Interesse?
timePoints = [1.0, 2.0, 3.0] #zu welchen Zeitpunkten soll die Konfiguration gespeichert werden?
tStart = 0 #Start- und Endzeit der Simulation
tEnd = 3.01
doplot = True #plotten?
plotlegend = True #Legende plotten?
verbose = 2 #Verbose level: 0 = garnicht, 1 = Statistik 1x je outerLoop, 2 = Statistik nach jedem N, 3 = +Schleifenzaehler (Haengt sich die Simulation auf?)
Nscale=100
#Produkt der naechsten 3 Variablen ist die Anzahl der insg. simulierten Pfade
outerLoop = 1 #Anzahl Wiederholungen festlegen (multipliziert sich mit AnzahlPfade zur Anzahl der simulierten Pfade je N)
Nrange= range(3) #Bereich von N festlegen. range(5) == 0,1,2,3,4. Daher Multiplikator N = (N+1)*Nscale
AnzahlPfade = 40 #Anzahl Wiederholungen festlegen (multipliziert sich mit outerLoop). Fuer schoene Plots hier Wert 40-100. Fuer grosse N: doplot=False, hier 1, dafuer bei outerLoop gewuenschte Werte eintragen.
#--------------stay-above-this-line----- #Modell laden, kann auch URL sein z.B. von www.biomodels.net---------
if os.path.isfile(antStr): #----------- start copy&paste from tellurium.py
code = antimony.loadAntimonyFile(antStr)
else:
code = antimony.loadAntimonyString(antStr)
if code < 0:
raise Exception('Antimony: {}'.format(antimony.getLastError()))
mid = antimony.getMainModuleName()
sbml = antimony.getSBMLString(mid)
r = roadrunner.RoadRunner(sbml) #----------- end copy&paste from tellurium.py
#----------------the-next-three-lines-should-be-user-adapted--------
r.setIntegrator('gillespie') #Integrator auswaehlen. Andere unterstuetzen z.B. ODEs
r.getIntegrator().setValue('variable_step_size', True) #Parameter fuer Integrator setzen, anderer Integrator unterstuetzt andere Parameter
Config.setValue(Config.MAX_OUTPUT_ROWS,pow(10,7)) #bei 64-bit pow(10,11) oder weniger bei wenig Arbeitsspeicher
#-----------end-user-parameters-----------
Reactions = 0
start_time = time.time()
selectToSave = ['N'] + selectToPlot