Exemplos de genomeToBlock em Python

Exemplo n.º 1

Arquivo: hmmer.py Projeto: PapenfussLab/Mungo

def convertGenomicToBlockCoords(domain,
                                chrLen,
                                blockSize=5000000,
                                delimiter='.'):
    domain.accession, domain.sStart, domain.sEnd = \
        blast.genomeToBlock(
            domain.accession, domain.sStart, domain.sEnd,
            L=chrLen, blockSize=blockSize, delimiter=delimiter)
    return domain

Exemplo n.º 2

Arquivo: hmmer.py Projeto: SiriusShiu/Mungo

def convertGenomicToBlockCoords(domain, chrLen, blockSize=5000000, delimiter='.'):
    domain.accession, domain.sStart, domain.sEnd = \
        blast.genomeToBlock(
            domain.accession, domain.sStart, domain.sEnd, 
            L=chrLen, blockSize=blockSize, delimiter=delimiter)
    return domain

Exemplo n.º 3

Arquivo: hmmer.py Projeto: PapenfussLab/Mungo

 def toBlockCoords(self, L=1e99, blockSize=5000000, delimiter='.'):
     self.accession, self.sStart, self.sEnd = \
         blast.genomeToBlock(
             self.accession, self.sStart, self.sEnd, L=L,
             blockSize=blockSize, delimiter=delimiter)

Exemplo n.º 4

Arquivo: hmmer.py Projeto: SiriusShiu/Mungo

 def toBlockCoords(self, L=1e99, blockSize=5000000, delimiter='.'):
     self.accession, self.sStart, self.sEnd = \
         blast.genomeToBlock(
             self.accession, self.sStart, self.sEnd, L=L, 
             blockSize=blockSize, delimiter=delimiter)