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# Pipeline configuration
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from cgatcore import pipeline as P
P.get_parameters([
"%s/pipeline.yml" % os.path.splitext(__file__)[0], "../pipeline.yml",
"pipeline.yml"
],
defaults={'annotations_dir': ""})
PARAMS = P.PARAMS
PARAMS_ANNOTATIONS = P.peek_parameters(PARAMS["annotations_dir"], "genesets")
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# Helper functions mapping tracks to conditions, etc
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# load all tracks - exclude input/control tracks
Sample = tracks.Sample
TRACKS = tracks.Tracks(Sample).loadFromDirectory(glob.glob("*.bed.gz"),
"(\S+).bed.gz")
TRACKS_BEDFILES = ["%s.bed.gz" % x for x in TRACKS]
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# Load options and annotations
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# load options from the config file
PARAMS = P.get_parameters(
["%s/pipeline.yml" % os.path.splitext(__file__)[0],
"../pipeline.yml",
"pipeline.yml"])
# add configuration values from associated pipelines
PARAMS = P.PARAMS
PARAMS.update(P.peek_parameters(
PARAMS["annotations_dir"],
"genesets",
prefix="annotations_",
update_interface=True,
restrict_interface=True)) # add config values from associated pipelines
# The DEXSeq R directory contains important python helper functions
PYTHONSCRIPTSDIR = R('''system.file("python_scripts", package="DEXSeq")''')[0]
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# Utility functions
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def connect():
'''Connect to database (sqlite by default)
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# Load options and annotations
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# load options from the config file
PARAMS = P.get_parameters([
"%s/pipeline.yml" % os.path.splitext(__file__)[0], "../pipeline.yml",
"pipeline.yml"
])
# add configuration values from associated pipelines
PARAMS = P.PARAMS
PARAMS.update(
P.peek_parameters(PARAMS["annotations_dir"],
"genesets",
prefix="annotations_",
update_interface=True,
restrict_interface=True)
) # add config values from associated pipelines
# The DEXSeq R directory contains important python helper functions
PYTHONSCRIPTSDIR = R('''system.file("python_scripts", package="DEXSeq")''')[0]
###################################################################
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###################################################################
# Utility functions
###################################################################
def connect():
# load options from the config file
PARAMS = P.get_parameters([
"%s/pipeline.yml" % os.path.splitext(__file__)[0], "../pipeline.yml",
"pipeline.yml"
])
# add configuration values from associated pipelines
#
# 1. pipeline_genesets: any parameters will be added with the
# prefix "annotations_". The interface will be updated with
# "annotations_dir" to point to the absolute path names.
PARAMS.update(
P.peek_parameters(PARAMS["annotations_dir"],
"pipeline_genesets.py",
"genesets",
on_error_raise=__name__ == "__main__",
prefix="annotations_",
update_interface=True))
# ---------------------------------------------------
# Specific pipeline tasks
@transform(("pipeline.yml", ), regex("(.*)\.(.*)"), r"\1.counts")
def count_words(infile, outfile):
'''count the number of words in the pipeline configuration files.'''
# the command line statement we want to execute
statement = '''awk 'BEGIN { printf("word\\tfreq\\n"); }
{for (i = 1; i <= NF; i++) freq[$i]++}
END { for (word in freq) printf "%%s\\t%%d\\n", word, freq[word] }'
< %(infile)s > %(outfile)s'''
