Exemplo n.º 1
0
def test_is_valid_for_vcf_warnings(caplog):
    fusion_variant = civic.get_variant_by_id(287)
    fusion_variant.is_valid_for_vcf(emit_warnings=True)
    assert "Variant 287 has a second set of coordinates. Skipping" in caplog.text

    incomplete_coordinates_variant = civic.get_variant_by_id(27)
    incomplete_coordinates_variant.is_valid_for_vcf(emit_warnings=True)
    assert "Incomplete coordinates for variant 27. Skipping." in caplog.text

    unsupported_var_bases_variant = civic.get_variant_by_id(613)
    unsupported_var_bases_variant.is_valid_for_vcf(emit_warnings=True)
    assert "Unsupported variant base(s) for variant 613. Skipping." in caplog.text
Exemplo n.º 2
0
def l158fs():
    return civic.get_variant_by_id(2137)
Exemplo n.º 3
0
def v2444fs():
    return civic.get_variant_by_id(137)
Exemplo n.º 4
0
def v273fs():
    return civic.get_variant_by_id(762)
Exemplo n.º 5
0
def a56fs():
    return civic.get_variant_by_id(1785)
Exemplo n.º 6
0
def v600e():
    return civic.get_variant_by_id(12)
Exemplo n.º 7
0
 def test_properties(self):
     variant = civic.get_variant_by_id(11)
     assert sorted(variant.aliases) == sorted(variant.variant_aliases)
     assert sorted(variant.groups) == sorted(variant.variant_groups)
     assert sorted(variant.types) == sorted(variant.variant_types)
     assert variant.summary == variant.description
Exemplo n.º 8
0
 def test_sanitize_coordinate_bases(self):
     variant1 = civic.get_variant_by_id(2696)
     variant2 = civic.get_variant_by_id(558)
     for v in variant1, variant2:
         assert v.coordinates.reference_bases not in ['', '-']
         assert v.coordinates.variant_bases not in ['', '-']