Exemplos de load_repertoires em Python

Exemplo n.º 1

import lib_paths

import dataplumbing as dp
import numpy as np
import tensorflow as tf

from model import *

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# Data
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# Load data
#
path_file = 'CMV_TCR_data_min10k_min10reads_50k_suffled.tab'
samples = dp.load_repertoires(path_file)
xs, cs, ys = dp.process_repertoires(samples, snip_size=6)
print(xs.shape)
print(cs.shape)
print(ys.shape)

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# Load parameters
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# Load parameters from trained model
#
weights_bestfit = np.loadtxt('weights.txt')
weights_bestfit = np.expand_dims(weights_bestfit, 1)
bias_bestfit = np.loadtxt('bias.txt')

Exemplo n.º 2

import lib_paths

import dataplumbing as dp
import numpy as np
import tensorflow as tf

from model import *

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# Data
##########################################################################################

# Load data
#
path_dir = 'PATH_TO_YOUR_VALIDATION_DATA'
samples = dp.load_repertoires(path_dir)
xs, cs, ys = dp.process_repertoires(samples, snip_size=6)

##########################################################################################
# Load parameters
##########################################################################################

# Load parameters from trained model
#
weights_bestfit = np.loadtxt('weights.txt')
weights_bestfit = np.expand_dims(weights_bestfit, 1)
bias_bestfit = np.loadtxt('bias.txt')

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# Operators
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