Exemplos de fasta_to_dataframe em Python

Exemplo n.º 1

Arquivo: app.py Projeto: partrita/epitopepredict

def get_sequences(filename, header_sep=None):
    """Determine file type and get sequences"""

    ext = os.path.splitext(filename)[1]
    if ext in ['.fa','.faa','.fasta']:
        seqs = sequtils.fasta_to_dataframe(filename, header_sep=header_sep)
        #print ('found fasta file')
    elif ext in ['.gb','.gbk','.genbank','.gbff']:
        seqs = sequtils.genbank_to_dataframe(filename, cds=True)
    return seqs

Exemplo n.º 2

def get_protein_set():

    syf = os.path.join(datadir, 'SYF_set.fasta')
    return sequtils.fasta_to_dataframe(syf)