def fit(self):
# initializing the classifier
self.__classifier = KNNClassifier(self.__nn, self.__metric)
# relative bow-matrices by category (weighted)
rel_category_bow_dict = {
cat: self.__wght(self.category_bow_dict[cat])
for cat in self.category_bow_dict
}
# initializing the cross-validator (5 folds as in main)
n_folds = 4
self.__cross_validator = CrossValidation(
category_bow_dict=rel_category_bow_dict, n_folds=n_folds)
def test_cross_validation(self):
cfg = Config()
axi = xapian.Database(cfg.axi)
packages = ["gimp","aaphoto","eog","emacs","dia","ferret",
"festival","file","inkscape","xpdf"]
path = "test_data/.sample_axi"
sample_axi = SampleAptXapianIndex(packages,axi,path)
rec = Recommender(cfg)
rec.items_repository = sample_axi
user = User({"gimp":1,"aaphoto":1,"eog":1,"emacs":1})
metrics = []
metrics.append(Precision())
metrics.append(Recall())
metrics.append(F1())
validation = CrossValidation(0.3,5,rec,metrics,0.5)
validation.run(user)
print validation
def aufgabe2():
# Laden des Brown Corpus
CorpusLoader.load()
brown = CorpusLoader.brown_corpus()
brown_categories = brown.categories()
# In dieser Aufgabe sollen unbekannte Dokumente zu bekannten Kategorien
# automatisch zugeordnet werden.
#
# Die dabei erforderlichen numerischen Berechnungen lassen sich im Vergleich
# zu einer direkten Implementierung in Python erheblich einfacher mit
# NumPy / SciPy durchfuehren. Die folgende Aufgabe soll Ihnen die Unterschiede
# anhand eines kleinen Beispiels verdeutlichen.
#
# Geben Sie fuer jede Katgorie des Brown Corpus die durchschnittliche Anzahl
# von Woertern pro Dokument aus. Bestimmen Sie auch die Standardabweichung.
# Stellen Sie diese Statistik mit einem bar plot dar. Verwenden Sie dabei
# auch Fehlerbalken (siehe visualization.hbar_plot)
#
# Berechnen Sie Mittelwert und Standardabweichung jeweils:
#
# - nur mit Python Funktion
# hilfreiche Funktionen: sum, float, math.sqrt, math.pow
#
# - mit NumPy
# hilfreiche Funktionen: np.array, np.mean, np.std
#
# http://docs.python.org/2/library/math.html
# http://wiki.scipy.org/Tentative_NumPy_Tutorial
# http://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/generated/numpy.mean.html
# http://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/generated/numpy.std.html
####### +++++ Python Implementierung ++++
print 'Python Implementierung'
liste = []
for i in brown_categories:
a = len(brown.words(categories=i))/len(brown.fileids(categories=i))
print i
print a
liste.append(a)
mittelwert = sum(liste)/len(brown_categories)
print 'Mittelwert:' + str(mittelwert)
summe = 0
for i in liste:
summe +=math.pow(i-mittelwert,2)
standard = math.sqrt(summe/len(brown_categories))
#standard = math.sqrt(sum(list)/len(brown_categories))
print 'Standardabweichung:'+str(standard)
####### +++++ Numpy Implementierung ++++
print 'NumPy Implementierung'
liste2 = np.array(liste)
mittelwert2 = np.mean(liste2, axis=0)
print 'Mittelwert:' + str(mittelwert2)
standard2 = np.std(liste2, axis=0)
print 'Standardabweichung:'+ str(standard2)
hbar_plot(liste2, brown_categories, x_err=standard2, title="Words per document")
# ********************************** ACHTUNG **************************************
# Die nun zu implementierenden Funktionen spielen eine zentrale Rolle im weiteren
# Verlauf des Fachprojekts. Achten Sie auf eine effiziente und 'saubere' Umsetzung.
# Verwenden Sie geeignete Datenstrukturen und passende Python Funktionen.
# Wenn Ihnen Ihr Ansatz sehr aufwaendig vorkommt, haben Sie vermutlich nicht die
# passenden Datenstrukturen / Algorithmen / (highlevel) Python / NumPy Funktionen
# verwendet. Fragen Sie in diesem Fall!
#
# Schauen Sie sich jetzt schon gruendlich die Klassen und deren Interfaces in den
# mitgelieferten Modulen an. Wenn Sie Ihre Datenstrukturen von Anfang an dazu
# passend waehlen, erleichtert dies deren spaetere Benutzung. Zusaetzlich bieten
# diese Klassen bereits etwas Inspiration fuer Python-typisches Design, wie zum
# Beispiel Duck-Typing.
#
# Zu einigen der vorgebenen Intefaces finden Sie Unit Tests in dem Paket 'test'.
# Diese sind sehr hilfreich um zu ueberpruefen, ob ihre Implementierung zusammen
# mit anderen mitgelieferten Implementierungen / Interfaces funktionieren wird.
# Stellen Sie immer sicher, dass die Unit tests fuer die von Ihnen verwendeten
# Funktionen erfolgreich sind.
# Hinweis: Im Verlauf des Fachprojekts werden die Unit Tests nach und nach erfolg-
# reich sein. Falls es sie zu Beginn stoert, wenn einzelne Unit Tests fehlschlagen
# koennen Sie diese durch einen 'decorator' vor der Methodendefinition voruebergehend
# abschalten: @unittest.skip('')
# https://docs.python.org/2/library/unittest.html#skipping-tests-and-expected-failures
# Denken Sie aber daran sie spaeter wieder zu aktivieren.
#
# Wenn etwas unklar ist, fragen Sie!
# *********************************************************************************
#
# Klassifikation von Dokumenten
#
# Nachdem Sie sich nun mit der Struktur und den Eigenschaften des Brown
# Corpus vertraut gemacht haben, soll er die Datengrundlage fuer die
# Evaluierung von Algorithmen zur automatischen Klassifikation von
# Dokumenten bilden.
# In der Regel bestehen diese Algorithmen aus drei Schritten:
# - Vorverarbeitung
# - Merkmalsberechnung
# - Klassifikation
#
# Bei der Anwendung auf Dokumente (Texte) werden diese Schritte wie folgt
# umgesetzt:
# - Vorverarbeitung: Filterung von stopwords und Abbildung von Woertern auf
# Wortstaemme.
# - Merkmalsberechnung: Jedes Dokument wird numerisch durch einen Vektor
# repraesentiert (--> NumPy), der moeglichst die
# bzgl. der Klassifikation bedeutungsunterscheidenden
# Informationen enthaehlt.
# - Klassifikation: Jedem Merkmalsvektor (Dokument) wird ein Klassenindex
# (Kategorie) zugeordnet.
#
# Details finden Sie zum Beispiel in:
# http://www5.informatik.uni-erlangen.de/fileadmin/Persons/NiemannHeinrich/klassifikation-von-mustern/m00-www.pdf (section 1.3)
#
# Eine sehr verbreitete Merkmalsrepraesentation fuer (textuelle) Dokumente sind
# sogenannte Bag-of-Words.
# Dabei wird jedes Dokument durch ein Histogram (Verteilung) ueber Wortfrequenzen
# repraesentiert. Man betrachtet dazu das Vorkommen von 'typischen' Woertern, die
# durch ein Vokabular gegeben sind.
#
# Bestimmen Sie ein Vokabular, also die typischen Woerter, fuer den Brown Corpus.
# Berechnen Sie dazu die 500 haeufigsten Woerter (nach stemming und Filterung von
# stopwords und Satzzeichen)
normalized_words = WordListNormalizer().normalize_words(brown.words())[1]
vocab = BagOfWords.most_freq_words(normalized_words, 500)
# Berechnen Sie Bag-of-Words Repraesentationen fuer jedes Dokument des Brown Corpus.
# Verwenden Sie absolute Frequenzen.
# Speichern Sie die Bag-of-Word Repraesentationen fuer jede Kategorie in einem
# 2-D NumPy Array. Speichern Sie den Bag-of-Words Vektor fuer jedes Dokument in
# einer Zeile, so dass das Array (ndarray) folgende Dimension hat:
# |Dokument_kat| X |Vokabular|
#
# |Dokument_kat| entspricht der Anzahl Dokumente einer Kategorie.
# |Vokabular| entspricht der Anzahl Woerter im Vokabular (hier 500).
#
# Eine einfache Zuordnung von Kategorie und Bag-of-Words Matrix ist durch ein
# Dictionary moeglich.
#
# Implementieren Sie die Funktion BagOfWords.category_bow_dict im Modul features.
bow_list = {}
for cat in brown_categories:
bow_list[cat] = [WordListNormalizer().normalize_words(brown.words(fileids=doc))[1] for doc in brown.fileids(categories=cat)]
a = BagOfWords(vocab)
print "Merkmalsvektoren erstellt"
# Um einen Klassifikator statistisch zu evaluieren, benoetigt man eine Trainingsstichprobe
# und eine Teststichprobe der Daten die klassifiziert werden sollen.
# Die Trainingsstichprobe benoetigt man zum Erstellen oder Trainieren des Klassifikators.
# Dabei werden in der Regel die Modellparameter des Klassifikators statistisch aus den
# Daten der Traingingsstichprobe geschaetzt. Die Klassenzugehoerigkeiten sind fuer die
# Beispiele aus der Trainingsstichprobe durch so genannte Klassenlabels gegeben.
#
# Nachdem man den Klassifikator trainiert hat, interessiert man sich normalerweise dafuer
# wie gut er sich unter realen Bedingung verhaelt. Das heisst, dass der Klassifikator bei
# der Klassifikation zuvor unbekannter Daten moeglichst wenige Fehler machen soll.
# Dies simuliert man mit der Teststichprobe. Da auch fuer jedes Beispiel aus der Teststichprobe
# die Klassenzugehoerigkeit bekannt ist, kann man am Ende die Klassifikationsergebnisse mit
# den wahren Klassenlabels (aus der Teststichprobe) vergleichen und eine Fehlerrate angeben.
# In dem gegebenen Brown Corpus ist keine Aufteilung in Trainings und Testdaten vorgegeben.
#
# Waehlen Sie daher die ersten 80% der Dokumente UEBER ALLE KATEGORIEN als Trainingstichprobe
# und die letzten 20% der Dokumente UEBER ALLE KATEGORIEN als Teststichprobe.
#
# Erklaeren Sie, warum Sie die Stichproben ueber alle Kategorien zusammenstellen MUESSEN.
#
# Bitte beachten Sie, dass wir im Rahmen des Fachprojekts keinen Test auf unbekannten Testdaten
# simulieren. Wir haben ja bereits fuer die Erstellung der Vokabulars (haeufigste Woerter,
# siehe oben) den kompletten Datensatz verwendet.
# Stattdessen betrachten wir hier ein so genanntes Validierungsszenario, in dem wir die
# Klassifikationsleistung auf dem Brown Corpus optimieren. Die Ergebnisse lassen sich somit
# nur sehr bedingt auf unbekannte Daten uebertragen.
#
# Erstellen Sie nun die NumPy Arrays train_samples, train_labels, test_samples und test_labels,
# so dass diese mit den estimate und classify Methoden der Klassen im classificaton Modul
# verwendet werden koennen. Teilen Sie die Daten wie oben angegeben zu 80% in
# Trainingsdaten und 20% in Testdaten auf.
#
# Hinweis: Vollziehen Sie nach, wie die Klasse CrossValidation im evaluation Modul
# funktioniert. Wenn Sie moechten, koennen die Klasse zur Aufteilung der Daten
# verwenden.
print "Arrays sind generiert"
train_labels = np.array(brown_categories).reshape(len(brown_categories), 1)
test_labels =np.array(brown_categories).reshape(len(brown_categories), 1)
print "Reshaped"
cv = CrossValidation(a.category_bow_dict(bow_list), 5)
cv2 = cv.corpus_fold(1)
train_samples = cv2[0]
test_samples = cv2[2]
train_labels = cv2[1]
test_labels = cv2[3]
# Klassifizieren Sie nun alle Dokumente der Teststichprobe nach dem Prinzip des k-naechste-
# Nachbarn Klassifikators. Dabei wird die Distanz zwischen dem Merkmalsvektors eines
# Testbeispiels und allen Merkmalsvektoren aus der Trainingstichprobe berechnet. Das
# Klassenlabel des Testbeispiels wird dann ueber einen Mehrheitsentscheid der Klassenlabels
# der k aehnlichsten Merkmalsvektoren aus der Trainingsstichprobe bestimmt.
# http://www5.informatik.uni-erlangen.de/fileadmin/Persons/NiemannHeinrich/klassifikation-von-mustern/m00-www.pdf (Abschnitt 4.2.7)
#
# Verwenden Sie die Euklidische Distanz und betrachten Sie nur den naechsten Nachbarn (k=1).
# http://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.spatial.distance.cdist.html
#
# Implementieren Sie die Funktionen estimate und classify in der Klasse KNNClassifier
# im Modul classification.
classification = KNNClassifier(1, 'euclidean')
classification.estimate(train_samples, train_labels)
result_knnk = classification.classify(test_samples)
# Nachdem Sie mit dem KNNClassifier fuer jedes Testbeispiel ein Klassenlabel geschaetzt haben,
# koennen Sie dieses mit dem tatsaechlichen Klassenlabel vergleichen. Dieses koennen Sie wie
# bei den Traingingsdaten dem Corpus entnehmen.
#
# Ermitteln Sie eine Gesamtfehlerrate und je eine Fehlerrate pro Kategorie.
# Implementieren Sie dazu die Klasse ClassificationEvaluator im evaluation Modul.
#
# Warum ist diese Aufteilung der Daten in Training und Test problematisch? Was sagen die Ergebnisse aus?
eval = ClassificationEvaluator(result_knnk, test_labels)
error_overall = eval.error_rate()[0]
error_cat_list = eval.category_error_rates()
print "Error Overall"
print error_overall
print "Error Catlist"
print error_cat_list
def aufgabe2():
# Laden des Brown Corpus
CorpusLoader.load()
brown = CorpusLoader.brown_corpus()
brown_categories = brown.categories()
# In dieser Aufgabe sollen unbekannte Dokumente zu bekannten Kategorien
# automatisch zugeordnet werden.
#
# Die dabei erforderlichen numerischen Berechnungen lassen sich im Vergleich
# zu einer direkten Implementierung in Python erheblich einfacher mit
# NumPy / SciPy durchfuehren. Die folgende Aufgabe soll Ihnen die Unterschiede
# anhand eines kleinen Beispiels verdeutlichen.
#
# Geben Sie fuer jede Katgorie des Brown Corpus die durchschnittliche Anzahl
# von Woertern pro Dokument aus. Bestimmen Sie auch die Standardabweichung.
# Stellen Sie diese Statistik mit einem bar plot dar. Verwenden Sie dabei
# auch Fehlerbalken (siehe visualization.hbar_plot)
#
# Berechnen Sie Mittelwert und Standardabweichung jeweils:
#
# - nur mit Python Funktion
# hilfreiche Funktionen: sum, float, math.sqrt, math.pow
#
# - mit NumPy
# hilfreiche Funktionen: np.array, np.mean, np.std
#
# http://docs.python.org/2/library/math.html
# http://wiki.scipy.org/Tentative_NumPy_Tutorial
# http://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/generated/numpy.mean.html
# http://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/generated/numpy.std.html
for cat in brown_categories:
# python standard libs only
# calculating the mean
doc_words = 0
docs = brown.fileids(categories=cat)
n = float(len(docs))
for doc in docs:
doc_words += len(brown.words(doc))
mean = float(doc_words) / n
# claculating the std
std = 0.
for doc in docs:
std += math.pow(float(len(brown.words(doc))) - mean, 2)
std = math.sqrt(std / n)
# using numpy
arr_doc_words = np.array([
len(brown.words(doc)) for doc in brown.fileids(categories=cat)
]).astype(float)
np_std = np.std(arr_doc_words)
# printing the std for each category
print("{}\npython: {}, mean={}\nnp:{}, mean={}".format(
cat, std, mean, np_std, np.mean(arr_doc_words)))
# ********************************** ACHTUNG **************************************
# Die nun zu implementierenden Funktionen spielen eine zentrale Rolle im weiteren
# Verlauf des Fachprojekts. Achten Sie auf eine effiziente und 'saubere' Umsetzung.
# Verwenden Sie geeignete Datenstrukturen und passende Python Funktionen.
# Wenn Ihnen Ihr Ansatz sehr aufwaendig vorkommt, haben Sie vermutlich nicht die
# passenden Datenstrukturen / Algorithmen / (highlevel) Python / NumPy Funktionen
# verwendet. Fragen Sie in diesem Fall!
#
# Schauen Sie sich jetzt schon gruendlich die Klassen und deren Interfaces in den
# mitgelieferten Modulen an. Wenn Sie Ihre Datenstrukturen von Anfang an dazu
# passend waehlen, erleichtert dies deren spaetere Benutzung. Zusaetzlich bieten
# diese Klassen bereits etwas Inspiration fuer Python-typisches Design, wie zum
# Beispiel Duck-Typing.
#
# Zu einigen der vorgebenen Intefaces finden Sie Unit Tests in dem Paket 'test'.
# Diese sind sehr hilfreich um zu ueberpruefen, ob ihre Implementierung zusammen
# mit anderen mitgelieferten Implementierungen / Interfaces funktionieren wird.
# Stellen Sie immer sicher, dass die Unit tests fuer die von Ihnen verwendeten
# Funktionen erfolgreich sind.
# Hinweis: Im Verlauf des Fachprojekts werden die Unit Tests nach und nach erfolg-
# reich sein. Falls es sie zu Beginn stoert, wenn einzelne Unit Tests fehlschlagen
# koennen Sie diese durch einen 'decorator' vor der Methodendefinition voruebergehend
# abschalten: @unittest.skip('')
# https://docs.python.org/2/library/unittest.html#skipping-tests-and-expected-failures
# Denken Sie aber daran sie spaeter wieder zu aktivieren.
#
# Wenn etwas unklar ist, fragen Sie!
# *********************************************************************************
#
# Klassifikation von Dokumenten
#
# Nachdem Sie sich nun mit der Struktur und den Eigenschaften des Brown
# Corpus vertraut gemacht haben, soll er die Datengrundlage fuer die
# Evaluierung von Algorithmen zur automatischen Klassifikation von
# Dokumenten bilden.
# In der Regel bestehen diese Algorithmen aus drei Schritten:
# - Vorverarbeitung
# - Merkmalsberechnung
# - Klassifikation
#
# Bei der Anwendung auf Dokumente (Texte) werden diese Schritte wie folgt
# umgesetzt:
# - Vorverarbeitung: Filterung von stopwords und Abbildung von Woertern auf
# Wortstaemme.
# - Merkmalsberechnung: Jedes Dokument wird numerisch durch einen Vektor
# repraesentiert (--> NumPy), der moeglichst die
# bzgl. der Klassifikation bedeutungsunterscheidenden
# Informationen enthaehlt.
# - Klassifikation: Jedem Merkmalsvektor (Dokument) wird ein Klassenindex
# (Kategorie) zugeordnet.
#
# Details finden Sie zum Beispiel in:
# http://www5.informatik.uni-erlangen.de/fileadmin/Persons/NiemannHeinrich/klassifikation-von-mustern/m00-www.pdf (section 1.3)
#
# Eine sehr verbreitete Merkmalsrepraesentation fuer (textuelle) Dokumente sind
# sogenannte Bag-of-Words.
# Dabei wird jedes Dokument durch ein Histogram (Verteilung) ueber Wortfrequenzen
# repraesentiert. Man betrachtet dazu das Vorkommen von 'typischen' Woertern, die
# durch ein Vokabular gegeben sind.
#
# Bestimmen Sie ein Vokabular, also die typischen Woerter, fuer den Brown Corpus.
# Berechnen Sie dazu die 500 haeufigsten Woerter (nach stemming und Filterung von
# stopwords und Satzzeichen)
normalizer = WordListNormalizer()
normalized_words = normalizer.normalize_words(brown.words())
vocabulary = BagOfWords.most_freq_words(normalized_words[1], 500)
print(vocabulary)
print('finished vocab')
# Berechnen Sie Bag-of-Words Repraesentationen fuer jedes Dokument des Brown Corpus.
# Verwenden Sie absolute Frequenzen.
# Speichern Sie die Bag-of-Word Repraesentationen fuer jede Kategorie in einem
# 2-D NumPy Array. Speichern Sie den Bag-of-Words Vektor fuer jedes Dokument in
# einer Zeile, so dass das Array (ndarray) folgende Dimension hat:
# |Dokument_kat| X |Vokabular|
#
# |Dokument_kat| entspricht der Anzahl Dokumente einer Kategorie.
# |Vokabular| entspricht der Anzahl Woerter im Vokabular (hier 500).
#
# Eine einfache Zuordnung von Kategorie und Bag-of-Words Matrix ist durch ein
# Dictionary moeglich.
#
# Implementieren Sie die Funktion BagOfWords.category_bow_dict im Modul features.
bow = BagOfWords(vocabulary)
cat_word_dict = {
cat: [brown.words(doc) for doc in brown.fileids(categories=cat)]
for cat in brown_categories
}
print('calculating cat_to_bow')
cat_to_bow = bow.category_bow_dict(cat_word_dict)
print(cat_to_bow)
# Um einen Klassifikator statistisch zu evaluieren, benoetigt man eine Trainingsstichprobe
# und eine Teststichprobe der Daten die klassifiziert werden sollen.
# Die Trainingsstichprobe benoetigt man zum Erstellen oder Trainieren des Klassifikators.
# Dabei werden in der Regel die Modellparameter des Klassifikators statistisch aus den
# Daten der Traingingsstichprobe geschaetzt. Die Klassenzugehoerigkeiten sind fuer die
# Beispiele aus der Trainingsstichprobe durch so genannte Klassenlabels gegeben.
#
# Nachdem man den Klassifikator trainiert hat, interessiert man sich normalerweise dafuer
# wie gut er sich unter realen Bedingung verhaelt. Das heisst, dass der Klassifikator bei
# der Klassifikation zuvor unbekannter Daten moeglichst wenige Fehler machen soll.
# Dies simuliert man mit der Teststichprobe. Da auch fuer jedes Beispiel aus der Teststichprobe
# die Klassenzugehoerigkeit bekannt ist, kann man am Ende die Klassifikationsergebnisse mit
# den wahren Klassenlabels (aus der Teststichprobe) vergleichen und eine Fehlerrate angeben.
# In dem gegebenen Brown Corpus ist keine Aufteilung in Trainings und Testdaten vorgegeben.
#
# Waehlen Sie daher die ersten 80% der Dokumente UEBER ALLE KATEGORIEN als Trainingstichprobe
# und die letzten 20% der Dokumente UEBER ALLE KATEGORIEN als Teststichprobe.
#
# Erklaeren Sie, warum Sie die Stichproben ueber alle Kategorien zusammenstellen MUESSEN.
#
# Bitte beachten Sie, dass wir im Rahmen des Fachprojekts keinen Test auf unbekannten Testdaten
# simulieren. Wir haben ja bereits fuer die Erstellung der Vokabulars (haeufigste Woerter,
# siehe oben) den kompletten Datensatz verwendet.
# Stattdessen betrachten wir hier ein so genanntes Validierungsszenario, in dem wir die
# Klassifikationsleistung auf dem Brown Corpus optimieren. Die Ergebnisse lassen sich somit
# nur sehr bedingt auf unbekannte Daten uebertragen.
#
# Erstellen Sie nun die NumPy Arrays train_samples, train_labels, test_samples und test_labels,
# so dass diese mit den estimate und classify Methoden der Klassen im classificaton Modul
# verwendet werden koennen. Teilen Sie die Daten wie oben angegeben zu 80% in
# Trainingsdaten und 20% in Testdaten auf.
#
# Hinweis: Vollziehen Sie nach, wie die Klasse CrossValidation im evaluation Modul
# funktioniert. Wenn Sie moechten, koennen die Klasse zur Aufteilung der Daten
# verwenden.
cross_validator = CrossValidation(cat_to_bow, 5)
train_samples, train_labels, test_samples, test_labels = cross_validator.corpus_fold(
0)
print('finished cross validation')
# Klassifizieren Sie nun alle Dokumente der Teststichprobe nach dem Prinzip des k-naechste-
# Nachbarn Klassifikators. Dabei wird die Distanz zwischen dem Merkmalsvektors eines
# Testbeispiels und allen Merkmalsvektoren aus der Trainingstichprobe berechnet. Das
# Klassenlabel des Testbeispiels wird dann ueber einen Mehrheitsentscheid der Klassenlabels
# der k aehnlichsten Merkmalsvektoren aus der Trainingsstichprobe bestimmt.
# http://www5.informatik.uni-erlangen.de/fileadmin/Persons/NiemannHeinrich/klassifikation-von-mustern/m00-www.pdf (Abschnitt 4.2.7)
#
# Bestimmen Sie die Distanzen von Testdaten zu Trainingsdaten mit cdist:
# http://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.spatial.distance.cdist.html
# Bestimmen Sie die k-naechsten Nachbarn auf Grundlage der zuvor berechneten
# Distanzen mit argsort:
# http://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/generated/numpy.argsort.html
# Ueberlegen Sie, welche zuvor von Ihnen implementierte Funktion Sie wiederverwenden
# koennen, um den Mehrheitsentscheid umzusetzen.
#
# Implementieren Sie die Funktionen estimate und classify in der Klasse KNNClassifier
# im Modul classification.
#
# Verwenden Sie die Euklidische Distanz und betrachten Sie zunaechst nur
# den naechsten Nachbarn (k=1).
#
# HINWEIS: Hier ist zunaechst nur die Implementierung eines naechster Nachbar
# Klassifikators erforderlich. Diese soll aber in der naechsten Aufgabe zu einer
# Implementierung eines k-naechste Nachbarn Klassifikators erweitert werden.
# Beruechsichtigen Sie das in ihrer Implementierung. Um die beiden Varianten
# zu testen, finden Sie zwei Unit-Test Methoden test_nn und test_knn in dem Modul
# test.classification_test
#
knn_1 = KNNClassifier(1, 'euclidean')
knn_1.estimate(train_samples, train_labels)
nearest_1 = knn_1.classify(test_samples)
print(nearest_1)
print('finished classification')
# Nachdem Sie mit dem KNNClassifier fuer jedes Testbeispiel ein Klassenlabel geschaetzt haben,
# koennen Sie dieses mit dem tatsaechlichen Klassenlabel vergleichen. Dieses koennen Sie wie
# bei den Traingingsdaten dem Corpus entnehmen.
#
# Ermitteln Sie eine Gesamtfehlerrate und je eine Fehlerrate pro Kategorie.
# Implementieren Sie dazu die Klasse ClassificationEvaluator im evaluation Modul.
#
# Warum ist diese Aufteilung der Daten in Training und Test problematisch? Was sagen die Ergebnisse aus?
evaluator = ClassificationEvaluator(nearest_1, test_labels)
cat_err_rates = evaluator.category_error_rates()
print(evaluator.error_rate(None))
print(cat_err_rates)
print('done')
class Configuration(object):
'''
'''
def __init__(self,
b_corpus,
cat_word_dict,
vocab,
voc_size,
dist_metric,
n_neighbours,
weighting='abs'):
'''
'''
self.b_corpus = b_corpus
self.__vocab = vocab[:voc_size]
self.__metric = dist_metric
self.__nn = n_neighbours
self.__classifier = None
self.__cross_validator = None
# bow-matrices by category
bow = BagOfWords(self.__vocab)
self.category_bow_dict = bow.category_bow_dict(cat_word_dict)
if weighting == 'abs':
self.__wght = lambda x: x
elif weighting == 'rel':
self.__wght = RelativeTermFrequencies.weighting
elif weighting == 'tfidf':
tfidf = RelativeInverseDocumentWordFrequecies(
self.__vocab, cat_word_dict)
self.__wght = tfidf.weighting
def fit(self):
# initializing the classifier
self.__classifier = KNNClassifier(self.__nn, self.__metric)
# relative bow-matrices by category (weighted)
rel_category_bow_dict = {
cat: self.__wght(self.category_bow_dict[cat])
for cat in self.category_bow_dict
}
# initializing the cross-validator (5 folds as in main)
n_folds = 4
self.__cross_validator = CrossValidation(
category_bow_dict=rel_category_bow_dict, n_folds=n_folds)
def eval(self, feature_trans=None):
if feature_trans is None:
feature_trans = IdentityFeatureTransform()
return self.__cross_validator.validate(self.__classifier,
feature_transform=feature_trans)
#
# class ExpConfigurations:
#
# def __init__(self, vocabulary, cat_wordlist_dict, voc_sizes=[], weightings=[], metrices=[], neighbours=[], ):
# self.__voc_szs = voc_sizes
# self.__wghts = weightings
# self.__mtrcs = metrices
# self.__nghbrs = neighbours
#
# self.__log = ["size", "weighting", "metric", "n_neighbours", "error"]
# self.__classifier = None
# self.__bow = None
#
# self.__vocab = vocabulary
# self.cat_wordlist_dict = cat_wordlist_dict
#
#
# def run(self):
# # all possible configurations
# for vs in self.__voc_szs:
# for wght in self.__wghts:
# for metric in self.__mtrcs:
# for nn in self.__nghbrs:
# # adding to the log
# self.__classifier = KNNClassifier(nn, metric)
# self.__log.append([vs, wght, metric, nn,
# self.eval(vs, wght)])
# # best result
# return self.best()
#
#
# def eval(self, vocab_size, weighting):
# # bow
# self.__bow = BagOfWords(self.__vocab[:vocab_size])
# category_bow_dict = self.__bow.category_bow_dict(self.cat_wordlist_dict)
#
# # weighting function
# if weighting == 'abs':
# wght = lambda x : x
# elif weighting == 'rel':
# wght = RelativeTermFrequencies.weighting
# elif weighting == 'tfidf':
# tfidf = RelativeInverseDocumentWordFrequecies(self.__vocab, self.cat_wordlist_dict)
# wght = tfidf.weighting
#
#
# wght_category_bow_dict = {cat : wght(category_bow_dict[cat])
# for cat in category_bow_dict}
# n_folds = 5
#
# c_val = CrossValidation(category_bow_dict=wght_category_bow_dict, n_folds=n_folds)
# return c_val.validate(self.__classifier)
#
#
# def best(self):
# res = self.__log[1:]
# if res:
# best = deepcopy(res[0])
# for r in res[1:]:
# if best[4][0] > r[4][0]:
# best = deepcopy(r)
# return best
# return None
def aufgabe3():
# ********************************** ACHTUNG **************************************
# Die nun zu implementierenden Funktionen spielen eine zentrale Rolle im weiteren
# Verlauf des Fachprojekts. Achten Sie auf eine effiziente und 'saubere' Umsetzung.
# Verwenden Sie geeignete Datenstrukturen und passende Python Funktionen.
# Wenn Ihnen Ihr Ansatz sehr aufwaendig vorkommt, haben Sie vermutlich nicht die
# passenden Datenstrukturen / Algorithmen / (highlevel) Python / NumPy Funktionen
# verwendet. Fragen Sie in diesem Fall!
#
# Schauen Sie sich jetzt schon gruendlich die Klassen und deren Interfaces in den
# mitgelieferten Modulen an. Wenn Sie Ihre Datenstrukturen von Anfang an dazu
# passend waehlen, erleichtert dies deren spaetere Benutzung. Zusaetzlich bieten
# diese Klassen bereits etwas Inspiration fuer Python-typisches Design, wie zum
# Beispiel Duck-Typing.
#
# Zu einigen der vorgebenen Intefaces finden Sie Unit Tests in dem Paket 'test'.
# Diese sind sehr hilfreich um zu ueberpruefen, ob ihre Implementierung zusammen
# mit anderen mitgelieferten Implementierungen / Interfaces funktionieren wird.
# Stellen Sie immer sicher, dass die Unit tests fuer die von Ihnen verwendeten
# Funktionen erfolgreich sind.
# Hinweis: Im Verlauf des Fachprojekts werden die Unit Tests nach und nach erfolg-
# reich sein. Falls es sie zu Beginn stoert, wenn einzelne Unit Tests fehlschlagen
# koennen Sie diese durch einen 'decorator' vor der Methodendefinition voruebergehend
# abschalten: @unittest.skip('')
# https://docs.python.org/2/library/unittest.html#skipping-tests-and-expected-failures
# Denken Sie aber daran sie spaeter wieder zu aktivieren.
#
# Wenn etwas unklar ist, fragen Sie!
# *********************************************************************************
print('loading brown')
CorpusLoader.load()
brown = CorpusLoader.brown_corpus()
# Um eine willkuerliche Aufteilung der Daten in Training und Test zu vermeiden,
# (machen Sie sich bewusst warum das problematisch ist)
# verwendet man zur Evaluierung von Klassifikatoren eine Kreuzvalidierung.
# Dabei wird der gesamte Datensatz in k disjunkte Ausschnitte (Folds) aufgeteilt.
# Jeder dieser Ausschnitte wird einmal als Test Datensatz verwendet, waehrend alle
# anderen k-1 Ausschnitte als Trainings Datensatz verwendet werden. Man erhaehlt also
# k Gesamtfehlerraten und k klassenspezifische Fehlerraten ide man jeweils zu einer
# gemeinsamen Fehlerrate fuer die gesamte Kreuzvalidierung mittelt. Beachten Sie,
# dass dabei ein gewichtetes Mittel gebildet werden muss, da die einzelnen Test Folds
# nicht unbedingt gleich gross sein muessen.
# Fuehren Sie aufbauend auf den Ergebnissen aus aufgabe2 eine 5-Fold Kreuzvalidierung
# fuer den k-Naechste-Nachbarn Klassifikator auf dem Brown Corpus durch. Dazu koennen
# Sie die Klasse CrossValidation im evaluation Modul verwenden.
#
# Vollziehen Sie dazu nach wie die Klasse die Daten in Trainging und Test Folds aufteilt.
# Fertigen Sie zu dem Schema eine Skizze an. Diskutieren Sie Vorteile und Nachteile.
# Schauen Sie sich an, wie die eigentliche Kreuzvalidierung funktioniert. Erklaeren Sie
# wie das Prinzip des Duck-Typing hier angewendet wird.
#
# Hinweise:
#
# Die Klasse CrossValidator verwendet die Klasse ClassificationEvaluator, die Sie schon
# fuer aufgabe2 implementieren sollten. Kontrollieren Sie Ihre Umsetzung im Sinne der
# Verwendung im CrossValidator.
#
# Fuer das Verstaendnis der Implementierung der Klasse CrossValidator ist der Eclipse-
# Debugger sehr hilfreich.
brown_categories = brown.categories()
n_neighbours = 1
metric = 'euclidean'
classifier = KNNClassifier(n_neighbours, metric)
normalizer = WordListNormalizer()
normalized_words = normalizer.normalize_words(brown.words())
vocabulary = BagOfWords.most_freq_words(normalized_words[1], 500)
bow = BagOfWords(vocabulary)
cat_word_dict = {
cat: [brown.words(doc) for doc in brown.fileids(categories=cat)]
for cat in brown_categories
}
n_folds = 5
category_bow_dict = bow.category_bow_dict(cat_word_dict)
cross_validator = CrossValidation(category_bow_dict=category_bow_dict,
n_folds=n_folds)
crossval_overall_result, crossval_class_results = cross_validator.validate(
classifier)
print("ran cross validation for {}-nearest neighbour".format(n_neighbours))
print(crossval_overall_result)
print(crossval_class_results)
# Bag-of-Words Weighting
#
# Bisher enthalten die Bag-of-Words Histogramme absolute Frequenzen.
# Dadurch sind die Repraesentationen abhaengig von der absoluten Anzahl
# von Woertern in den Dokumenten.
# Dies kann vermieden werden, in dem man die Bag-of-Words Histogramme mit
# einem Normalisierungsfaktor gewichtet.
#
# Normalisieren Sie die Bag-of-Words Histogramme so, dass relative Frequenzen
# verwendet werden. Implementieren und verwenden Sie die Klasse RelativeTermFrequencies
# im features Modul.
#
# Wie erklaeren Sie das Ergebnis? Schauen Sie sich dazu noch einmal die
# mittelere Anzahl von Woertern pro Dokument an (aufgabe2).
#
# Wie in der Literatur ueblich, verwenden wir den
# Begriff des "Term". Ein Term bezeichnet ein Wort aus dem Vokabular ueber
# dem die Bag-of-Words Histogramme gebildet werden. Ein Bag-of-Words Histogramm
# wird daher auch als Term-Vektor bezeichnet.
rel_category_bow_dict = {
cat: RelativeTermFrequencies.weighting(category_bow_dict[cat])
for cat in category_bow_dict
}
cross_validator = CrossValidation(category_bow_dict=rel_category_bow_dict,
n_folds=n_folds)
crossval_overall_result, crossval_class_results = cross_validator.validate(
classifier)
print("ran cross validation for {}-nearest neighbour (relative)".format(
n_neighbours))
print(crossval_overall_result)
print(crossval_class_results)
# Zusaetzlich kann man noch die inverse Frequenz von Dokumenten beruecksichtigen
# in denen ein bestimmter Term vorkommt. Diese Normalisierung wird als
# inverse document frequency bezeichnet. Die Idee dahinter ist Woerter die in
# vielen Dokumenten vorkommen weniger stark im Bag-of-Words Histogramm zu gewichten.
# Die zugrundeliegende Annahme ist aehnlich wie bei den stopwords (aufgabe1), dass
# Woerter, die in vielen Dokumenten vorkommen, weniger Bedeutung fuer die
# Unterscheidung von Dokumenten in verschiedene Klassen / Kategorien haben als
# Woerter, die nur in wenigen Dokumenten vorkommen.
# Diese Gewichtung laesst sich statistisch aus den Beispieldaten ermitteln.
#
# Zusammen mit der relativen Term Gewichtung ergibt sich die so genannte
# "term frequency inverse document frequency"
#
# Anzahl von term in document Anzahl Dokumente
# tfidf( term, document ) = ---------------------------- x log ( ---------------------------------- )
# Anzahl Woerter in document Anzahl Dokumente die term enthalten
#
# http://www.tfidf.com
#
# Eklaeren Sie die Formel. Plotten Sie die inverse document frequency fuer jeden
# Term ueber dem Brown Corpus.
#
# Implementieren und verwenden Sie die Klasse RelativeInverseDocumentWordFrequecies
# im features Modul, in der Sie ein tfidf Gewichtungsschema umsetzen.
# Ermitteln Sie die Gesamt- und klassenspezifischen Fehlerraten mit der Kreuzvalidierung.
# Vergleichen Sie das Ergebnis mit der absolten und relativen Gewichtung.
# Erklaeren Sie die Unterschiede in den klassenspezifischen Fehlerraten. Schauen Sie
# sich dazu die Verteilungen der Anzahl Woerter und Dokumente je Kategorie aus aufgabe1
# an. In wie weit ist eine Interpretation moeglich?
tfidf = RelativeInverseDocumentWordFrequecies(vocabulary, cat_word_dict)
rel_category_bow_dict = {
cat: tfidf.weighting(category_bow_dict[cat])
for cat in category_bow_dict
}
cross_validator = CrossValidation(category_bow_dict=rel_category_bow_dict,
n_folds=n_folds)
crossval_overall_result, crossval_class_results = cross_validator.validate(
classifier)
print("ran cross validation for {}-nearest neighbour (relative-inverse)".
format(n_neighbours))
print(crossval_overall_result)
print(crossval_class_results)
# Evaluieren Sie die beste Klassifikationsleistung
#
# Ermitteln Sie nun die Parameter fuer die beste Klassifikationsleistung des
# k-naechste-Nachbarn Klassifikators auf dem Brown Corpus mit der Kreuzvalidierung.
# Dabei wird gleichzeitig immer nur ein Parameter veraendert. Man hat eine lokal
# optimale Parameterkonfiguration gefunden, wenn jede Aenderung eines Parameters
# zu einer Verschlechterung der Fehlerrate fuehrt.
#
# Erlaeutern Sie warum eine solche Parameterkonfiguration lokal optimal ist.
#
# Testen Sie mindestens die angegebenen Werte fuer die folgenden Parameter:
# 1. Groesse des Vokabulars typischer Woerter (100, 500, 1000, 2000)
# 2. Gewichtung der Bag-of-Words Histogramme (absolute, relative, relative with inverse document frequency)
# 3. Distanzfunktion fuer die Bestimmung der naechsten Nachbarn (Cityblock, Euclidean, Cosine)
# 4. Anzahl der betrachteten naechsten Nachbarn (1, 2, 3, 4, 5, 6)
#
# Erklaeren Sie den Effekt aller Parameter.
#
# Erklaeren Sie den Effekt zwischen Gewichtungsschema und Distanzfunktion.
# vocabulary sizes as specified
voc_sizes = (100, 500, 1000, 2000)
# weightings as specified
weightings = ('abs', 'rel', 'tfidf')
# metrices as specified
dists = ("cityblock", "euclidean", "cosine")
# numbers of neighbours as specified
neighbours = (1, 2, 3, 4, 5, 6)
# indices of best options, to keep track
idx_vs = 0
idx_wghts = 0
idx_dsts = 0
idx_nn = 0
normalizer = WordListNormalizer()
cat_word_dict = normalizer.category_wordlists_dict(corpus=brown)
# Flatten the category word lists for computing overall word frequencies
# The * operator expands the list/iterator to function arguments
# itertools.chain concatenates all its parameters to a single list
print 'Building Bag-of-Words vocabulary...'
wordlists = itertools.chain(*(cat_word_dict.itervalues()))
normalized_words = itertools.chain(*wordlists)
vocabulary = BagOfWords.most_freq_words(normalized_words)
# print("normalizing")
# # normalizing
# normalizer = WordListNormalizer()
# # normalized words
# normalized_words = normalizer.normalize_words(brown.words())[1]
# print("normalized words")
# # normalized wordlists
# cat_word_dict = normalizer.category_wordlists_dict(brown)
# print("normalized wordlists")
#
# # initializing the vocabulary at maximum size and then taking slices
# vocabulary = BagOfWords.most_freq_words(normalized_words, 2000)
# print('initializing configuration')
#
# exp_config = ExpConfigurations(vocabulary ,cat_word_dict,
# voc_sizes, weightings, dists, neighbours)
# print(exp_config.run())
# for row in exp_config.__log:
# print(row)
config = Configuration(brown, cat_word_dict, vocabulary, voc_sizes[idx_vs],
dists[idx_dsts], neighbours[idx_nn],
weightings[idx_wghts])
config.fit()
err_overall = config.eval()[0]
# list of configuration results
config_table = [['voc_sizes', 'metric', 'neighbours', 'weightings', 'err'],
[
voc_sizes[idx_vs], dists[idx_dsts], neighbours[idx_nn],
weightings[idx_wghts], err_overall
]]
print('calculating size')
# local optimum for vocabulary size
for idx, _ in enumerate(voc_sizes[1:]):
tmp_config = Configuration(brown, cat_word_dict, vocabulary,
voc_sizes[idx + 1], dists[idx_dsts],
neighbours[idx_nn], weightings[idx_wghts])
tmp_config.fit()
tmp_err = tmp_config.eval()[0]
if err_overall > tmp_err:
err_overall = deepcopy(tmp_err)
idx_vs = deepcopy(idx + 1)
config_table.append([
voc_sizes[idx + 1], dists[idx_dsts], neighbours[idx_nn],
weightings[idx_wghts], tmp_err
])
print(voc_sizes[idx_vs])
print('calculating weights')
# local optimum for weighting
for idx, _ in enumerate(weightings[1:]):
tmp_config = Configuration(brown, cat_word_dict, vocabulary,
voc_sizes[idx_vs], dists[idx_dsts],
neighbours[idx_nn], weightings[idx + 1])
tmp_config.fit()
tmp_err = tmp_config.eval()[0]
if err_overall > tmp_err:
err_overall = deepcopy(tmp_err)
idx_wghts = deepcopy(idx + 1)
config_table.append([
voc_sizes[idx_vs], dists[idx_dsts], neighbours[idx_nn],
weightings[idx + 1], tmp_err
])
print(weightings[idx_wghts])
print('calculating metric')
# local optimum for metric
for idx, _ in enumerate(dists[1:]):
tmp_config = Configuration(brown, cat_word_dict, vocabulary,
voc_sizes[idx_vs], dists[idx + 1],
neighbours[idx_nn], weightings[idx_wghts])
tmp_config.fit()
tmp_err = tmp_config.eval()[0]
if err_overall > tmp_err:
err_overall = deepcopy(tmp_err)
idx_dsts = deepcopy(idx + 1)
config_table.append([
voc_sizes[idx_vs], dists[idx + 1], neighbours[idx_nn],
weightings[idx_wghts], tmp_err
])
print(dists[idx_dsts])
print('calculating neighbours')
# local optimum for neighbours
for idx, _ in enumerate(neighbours[1:]):
tmp_config = Configuration(brown, cat_word_dict, vocabulary,
voc_sizes[idx_vs], dists[idx_dsts],
neighbours[idx + 1], weightings[idx_wghts])
tmp_config.fit()
tmp_err = tmp_config.eval()[0]
if err_overall > tmp_err:
err_overall = deepcopy(tmp_err)
idx_nn = deepcopy(idx + 1)
config_table.append([
voc_sizes[idx_vs], dists[idx_dsts], neighbours[idx + 1],
weightings[idx_wghts], tmp_err
])
print(neighbours[idx_nn])
# ideal should be 2000, relative, cityblock, 4
print('local optimum at\nsize: {}\nweight: {}\nmetric: {}\nneighbours: {}'.
format(voc_sizes[idx_vs], weightings[idx_wghts], dists[idx_dsts],
neighbours[idx_nn]))
for row in config_table:
print(row)
def aufgabe4():
#
# Mit dem Naechster Nachbar Klassifikator wurde ein Dokumente zu einer Klassen zugeordnet,
# indem zunaechst aehnliche Dokumente aus einer Trainingsdatenbank ermittelt wurden.
# Ueber die Klassenzugehoerigkeit dieser aehnlichen Dokumente aus dem Training
# wurde dann das unbekannte Dokument einer Klasse zugeordnet.
# Dabei wurden aber noch keine Zusammenhaenge zwischen einzelnen Woertern analysiert
# und beruecksichtigt. Daher geht es nun um Topic Modelle. Topic Modelle beschreiben
# diese Zusammenhaenge durch einen mathematischen Unterraum. Die Vektoren, die
# diesen Unterraum aufspannen, sind die Topics, die jeweils fuer typische Wort-
# konfigurationen stehen. Dokumente werden nun nicht mehr durch Frequenzen von
# Woertern repraesentiert, sondern als Linearkombination von Topics im Topic
# Vektorraum. Es ist zu beachten, dass fuer die Topic-Modellierung keine Informationen
# ueber die Dokumentenkategorien benoetigt wird.
#
# Um ein besseres Verstaendnis fuer diese mathematischen Unterraeume zu entwickeln,
# schauen wir uns zunaechst die Hauptkomponentenanalyse an.
#
# Ein 3D Beispieldatensatz wird aus einer Normalverteilung generiert.
# Diese ist durch einen Mittelwert und eine Kovarianzmatrix definiert
mean = np.array([10, 10, 10])
cov = np.array([[3, .2, .9], [.2, 5, .4], [.9, .4, 9]])
n_samples = 1000
limits_samples = ((0, 20), (0, 20), (0, 20))
samples = np.random.multivariate_normal(mean, cov, n_samples)
# Plotten der Beispieldaten
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')
PCAExample.plot_sample_data(samples, ax=ax)
PCAExample.set_axis_limits(ax, limits=limits_samples)
# In der Klasse PCAExample wird ein Unterraum mittels Hauptkomponentenanalyse
# statistisch geschaetzt. Der Vektorraum wird beispielhaft visualisiert.
pca_example = PCAExample(samples, target_dim=3)
pca_example.plot_subspace(limits=limits_samples,
color='r',
linewidth=0.05,
alpha=0.3)
#plt.show()
# Nun wird die Dimension des Unterraums reduziert.
# Implementieren Sie die Reduktion im Konstruktor von PCAExample. Der neue
# Vektorraum wird wieder visualisiert.
pca_example_2d = PCAExample(samples, target_dim=2)
pca_example_2d.plot_subspace(limits=limits_samples,
color='b',
linewidth=0.01,
alpha=0.3)
# Transformieren Sie nun die 3D Beispieldaten in den 2D Unterraum.
# Implementieren Sie dazu die Methode transform_samples. Die Daten werden
# dann in einem 2D Plot dargestellt.
#
# Optional: Verwenden Sie Unterraeume mit Dimensionen 3, 2 und 1. Transformieren
# und plotten Sie die Daten.
#pca_example_1d = PCAExample(samples, target_dim=1)
#pca_example_1d.plot_subspace(limits=limits_samples, color='g', linewidth=0.01, alpha=0.3, ellipsoid=False)
#samples_1d = pca_example_1d.transform_samples(samples)
#fig = plt.figure()
#ax = fig.add_subplot(111)
#PCAExample.plot_sample_data(samples_1d, ax=ax)
#PCAExample.set_axis_limits(ax, limits=((-10, 10), (-10, 10)))
# Optional: Generieren und transformieren Sie weitere 3D Beispieldaten. Benutzen Sie
# dabei auch andere Parameter fuer die Normalverteilung.
#
# Optional: Visualisieren Sie die transformierten 2D Daten auch in dem vorherigen
# 3D Plot.
samples_2d = pca_example_2d.transform_samples(samples)
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111)
PCAExample.plot_sample_data(samples_2d, ax=ax)
PCAExample.set_axis_limits(ax, limits=((-10, 10), (-10, 10)))
#plt.show()
# Berechnen Sie nun die Kovarianzmatrix der transformierten Daten.
# Welche Eigenschaften hat diese Matrix? (Dimension, etc.)
# In welcher Groessenordnung liegen die einzelnen Eintraege? Erklaeren Sie das
# anhand des vorherigen 2D Plots.
# Vergleichen Sie das Ergebnis mit der Kovarianzmatrix, die oben zur Generierung
# der Daten verwendet wurde.
# Was erwarten Sie fuer den Mittelwert der transformierten Daten (noetig fuer
# die Berechnung der Kovarianzmatrix) ?
#
# Verwenden Sie bei der Berechnung nicht die eingebaute numpy.cov Funktion
# (hoechstens zur Kontrolle, achten Sie dabei auf den "bias" Parameter)
# Verwenden Sie bei der Berechnung keine Schleifen, sondern nur Matrixoperationen.
# Erklaeren Sie die Vorgehensweise.
samples_mean = np.sum(samples_2d, axis=0) / n_samples
X = samples_2d - samples_mean
samples_2d_cov = np.dot(X.T, X) / n_samples
print(samples_2d_cov)
#
# Latent Semantic Indexing
#
# Im folgenden soll ein Topic-Raum mittels Latent Semantic Indexing verwendet
# werden. Das Prinzip geht unmittelbar auf die Hauptkomponentenanalyse zurueck.
# Siehe: http://lsa.colorado.edu/papers/JASIS.lsi.90.pdf (Seite 12)
# Grundsaetzlicher Unterschied ist, dass der Unterraum nicht durch eine Eigenewert-
# analyse der Kovarianzmatrix bestimmt wird. Stattdessen ergibt sich der Unterraum
# aus einer Zerlegung der Term-Dokument (!) Matrix mit einer Singulaerwertzerlegung.
# Man kann zeigen, dass diese Singulaerwertzerlegung implizit einer Eigenwert-
# analyse einer Termkorrelationsmatrix entspricht. Deren Berechnung unterscheidet
# sich von der Berechnung der Kovarianzmatrix insbesondere darin, dass die Daten
# nicht vom Mittelwert befreit werden.
# Sei t die Anzahl der Terms (Groesse des Vokabulars), d die Anzahl der Dokumente,
# m der Rang von X (Maximale Anzahl von Topics, die sich aus X bestimmen lassen).
# D' ist die Transponierte von D.
#
# X = T * S * D'
# t x d t x m m x m m x d
#
# In Analogie zur Hauptkomponentenanalyse findet man nun die Vektoren, die
# den Unterraum aufspannen, in den Spalten von T. Die Matrix S hat nur Eintraege
# auf der Diagonalen und enthaelt die Singulaerwerte zu den Spaltenvektoren in
# T. (T und D enthalten die linken respektive rechten Singulaervektoren.)
# Die Singulaerwerte entsprechen den Eigenwerten in der Hauptkomponentenanalyse.
# Sie sind ein Mass fuer die Variabilitaet in den einzelnen Topics. Bei D handelt
# es sich um die Koeffizienten der d Dokumente im Topic Raum (Ergebnis der
# Transformation von den Bag-of-Words Repraesentationen aus X in den Topic Raum.)
#
#
# Aus der Singulaerwertzerlegung (Formel oben) ergibt sich, wie man einen Topic-
# Raum statistisch aus Beispieldaten schaetzt. Um den Topic-Raum aber mit unbekannten Daten
# zu verwenden, muessen diese in den Topic-Raum transformiert werden.
# Stellen Sie dazu die obige Formel nach D um.
#
# D = X' * T * S^-1
# d x m d x t t x m m x m
#
# Die zu transformierenden Bag-of-Words
# Repaesentationen koennen dann fuer X eingesetzt werden. Dabei ist wichtig zu
# beachten:
# Die Spaltenvektoren in T sind orthonormal (zueinander) T' * T = I
# Die Spaltenvektoren in D sind orthonormal (zueinander) D' * D = I
# Dabei ist I die Einheitsmatrix, T' und D' sind die Transponierten in T und D.
# Fuer Matrizen A und B gilt: (A * B)' = B' * A'
#
# Ueberlegen Sie wie die Transponierte einer Matrix gebildet wird und was das
# fuer eine Matrix bedeutet, deren Eintraege nur auf der Hauptdiagonalen von
#
# Antwort: Die Matrix wird an der Hauptdiagonalen gespiegelt, bzw. die Zeilen und Spalten werden
# vertauscht. Das bedeutet für die Hauptdiagonale, dass sie bei jeder Transponierung gleich bleibt
#
# Erlaeutern Sie die Funktion der einzelnen Matrizen in der sich ergebenden
# Transformationsvorschrift.
#
# Das Schaetzen eines Topic-Raums soll an folgendem einfachen Beispiel veranschaulicht
# werden. Sei dazu bow_train eine Dokument-Term Matrix mit 9 Dokumenten und 3 Terms.
# Welcher Zusammenhang zwischen den Terms faellt Ihnen auf?
#
# Antwort: Der zweite Term scheint nicht besonders topic bezogen und kommt in jedem Dokument mind. 1 mal vor
# die anderen beiden Terms sind dagegen eher topic bezogen, vor allem das dritte
bow_train = np.array([[2, 5, 0], [4, 1, 0], [3, 3, 1], [9, 8,
2], [1, 5, 3],
[0, 7, 9], [2, 9, 6], [0, 2, 3], [5, 3, 3]])
# Zerlegung der Dokument-Term Matrix mit der Singulaerwertzerlegung
T, S_arr, D_ = np.linalg.svd(bow_train.T, full_matrices=False)
S = np.diag(S_arr)
print('Matrix T, Spaltenvektoren definieren Topic Raum')
print(T)
print('Matrix S, Singulaerwerte zu den Vektoren des Topic Raums')
print(S)
print('Matrix D, Koeffizienten der Termvektoren in bof Topic Raum')
print(D_.T)
# Transformieren Sie nun die folgenden Termvektoren in den Topic Raum
# Was erwarten Sie fuer die Topic Zugehoerigkeiten?
bow_test = np.array([[5, 0, 0], [0, 5, 0], [0, 0, 5], [5, 5, 0], [0, 5,
5]])
coefficients = np.dot(np.dot(bow_test, T), np.linalg.inv(S))
print(coefficients)
#
# Warum lassen sich die Koeffizienten der Termvektoren so schwer interpretieren?
# Antwort: extrem kleine Werte -> besser: visualisieren
#
# Um eine bessere Vorstellung von der Bedeutung der einzelnen Topics zu bekommen,
# plotten Sie die Bag-of-Words Repraesentationen sowie die Topic-Koeffizienten der
# Trainingsdaten (bow_train) und der Testdaten (bow_test) in verschiedenen Farben.
# Erstellen Sie dazu jeweils einen Plot fuer Bag-of-Words Repraesentationen und einen
# Plot fuer Topic-Koeffizienten. Achten Sie auf eine geeignete Skalierung der Axen.
# Um die Datenpunkte in den beiden Plots besser einander zuordnen zu koennen, plotten
# Sie zusaetzlich die Termfrequenzen neben jeden Datenpunkt (als Annotation).
# Mehrere Daten (Trainings-, Testdaten, Annotationen) lassen sich in einem gemeinsamen
# Plot darzustellen indem sie nacheinander zu dem gleichen Axis Objekt hinzugefuegt
# werden. Zum Erstellen der Plots orientieren Sie sich an den entsprechenden
# Funktionen aus dem Beispiel zur Hauptkomponentenanalyse (oben). Schauen Sie sich
# auch deren weitere Parameter (und zusaetzlich vorhandene Hilfsfunktionen) an.
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')
annotations_D_test = PCAExample.samples_coordinate_annotations(bow_test)
annotations_D_train = PCAExample.samples_coordinate_annotations(bow_train)
PCAExample.plot_sample_data(D_.T,
ax=ax,
annotations=annotations_D_train,
color='r')
PCAExample.plot_sample_data(coefficients,
ax=ax,
annotations=annotations_D_test,
color='b')
PCAExample.set_axis_limits(ax, limits=((-1, 1), (-1, 1), (-1, 1)))
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')
PCAExample.plot_sample_data(bow_train,
ax=ax,
color='b',
annotations=annotations_D_train)
PCAExample.plot_sample_data(bow_test,
ax=ax,
color='r',
annotations=annotations_D_test)
PCAExample.set_axis_limits(ax, limits=((0, 10), (0, 10), (0, 10)))
#
# Fuehren Sie nun eine Dimensionsreduktion der Trainings und Testdaten auf zwei
# Dimensionen durch und plotten Sie die Topic-Koeffizienten (inkl. Bag-of-Words
# Annotationen). Vergleichen Sie alle drei Plots miteinander. Welchen Effekt hat
# die Topic Modellierung im Bezug auf typische Termkonfigurationen?
#
# Optional: Transformieren Sie die Daten in einen Topic-Raum mit Dimension Eins
# und plotten Sie die Koeffizienten inkl. deren Bag-of-Words Annotationen.
#
T_2d = T[:, :2]
S_2d = S[:2, :2]
D_2d_test = np.dot(np.dot(bow_test, T_2d), np.linalg.inv(S_2d))
D_2d_train = np.dot(np.dot(bow_train, T_2d), np.linalg.inv(S_2d))
ax = fig.add_subplot(111)
annotations_D_test = PCAExample.samples_coordinate_annotations(bow_test)
annotations_D_train = PCAExample.samples_coordinate_annotations(bow_train)
PCAExample.plot_sample_data(D_2d_train,
ax=ax,
annotations=annotations_D_train,
color='r')
PCAExample.plot_sample_data(D_2d_test,
ax=ax,
annotations=annotations_D_test,
color='b')
PCAExample.set_axis_limits(ax, limits=((-0.75, 0.75), (-0.75, 0.75)))
plt.show()
#
# Integrieren Sie nun die Topic-Raum Modellierung mittels Singulaerwertzerlegung
# in die Kreuzvalidierung auf dem Brown Corpus. Berechnen Sie dabei fuer
# jede Aufteilung von Training und Test einen neuen Topic-Raum. Transformieren
# Sie die Bag-of-Words Repraesentationen und fuehren Sie die Klassifikation
# wie zuvor mit dem Naechster-Nachbar-Klassifikator durch. Verwenden Sie dabei
# verschiedene Distanzmasse und evaluieren Sie die Klassifikationsfehlerrate
# fuer verschiedene Dimensionalitaeten des Topic-Raums. Die anderen Parameter
# waehlen Sie gemaess der besten bisherigen Ergebnisse.
#
# Implementieren Sie die Klasse TopicFeatureTransform im features Modul
# und verwenden Sie sie mit der CrossValidation Klasse (evaluation Modul).
#
# Optional: Fuehren Sie eine automatische Gridsuche ueber den kompletten Paramterraum
# durch. Legen Sie sinnvolle Wertebereiche und Schrittweiten fuer die einzelnen
# Parameter fest. Wie lassen sich diese bestimmen?
#
# Optional: Passen Sie das Suchgrid dynamisch gemaess der Ergebnisse in den einzelnen
# Wertebereichen an.
CorpusLoader.load()
brown = CorpusLoader.brown_corpus()
brown_categories = brown.categories()
brown_words = brown.words()
words_normalizer = WordListNormalizer()
filtered_list, stemmed_list = words_normalizer.normalize_words(brown_words)
vocabulary = BagOfWords.most_freq_words(stemmed_list, 500)
cat_word_dict = {}
for category in brown_categories:
words_of_all_documents = []
for document in brown.fileids(category):
filtered_list, stemmed_list = words_normalizer.normalize_words(
brown.words(fileids=document))
words_of_all_documents.append(stemmed_list)
cat_word_dict[category] = words_of_all_documents
bag_of_words = BagOfWords(vocabulary)
category_bow_dict = bag_of_words.category_bow_dict(cat_word_dict)
cross_validation = CrossValidation(category_bow_dict, 5)
knn_classifier = KNNClassifier(k_neighbors=4, metric='cosine')
topic_feature_transform = TopicFeatureTransform(topic_dim=25)
overall_result, class_result = cross_validation.validate(
knn_classifier, feature_transform=topic_feature_transform)
print(overall_result)
print(class_result)
from user import RandomPopcon,LocalSystem,PopconSystem
if __name__ == '__main__':
cfg = Config()
rec = Recommender(cfg)
#user = LocalSystem()
#user = RandomPopcon(cfg.popcon_dir)
#user = RandomPopcon(cfg.popcon_dir,os.path.join(cfg.filters_dir,"desktopapps"))
user = PopconSystem(os.path.expanduser("~/.app-recommender/popcon-entries/00/0001166d0737c6dffb083071e5ee69f5"))
user.filter_pkg_profile(os.path.join(cfg.filters_dir,"desktopapps"))
user.maximal_pkg_profile()
begin_time = datetime.datetime.now()
metrics = []
metrics.append(Precision())
metrics.append(Recall())
metrics.append(F_score(0.5))
metrics.append(Accuracy())
metrics.append(FPR())
validation = CrossValidation(0.9,20,rec,metrics,0.005)
validation.run(user)
print validation
end_time = datetime.datetime.now()
delta = end_time - begin_time
logging.info("Cross-validation for user %s" % user.user_id)
logging.info("Recommender strategy: %s" % rec.strategy.description)
logging.debug("Cross-validation started at %s" % begin_time)
logging.debug("Cross-validation completed at %s" % end_time)
logging.info("Time elapsed: %d seconds." % delta.seconds)
def aufgabe3():
# ********************************** ACHTUNG **************************************
# Die nun zu implementierenden Funktionen spielen eine zentrale Rolle im weiteren
# Verlauf des Fachprojekts. Achten Sie auf eine effiziente und 'saubere' Umsetzung.
# Verwenden Sie geeignete Datenstrukturen und passende Python Funktionen.
# Wenn Ihnen Ihr Ansatz sehr aufwaendig vorkommt, haben Sie vermutlich nicht die
# passenden Datenstrukturen / Algorithmen / (highlevel) Python / NumPy Funktionen
# verwendet. Fragen Sie in diesem Fall!
#
# Schauen Sie sich jetzt schon gruendlich die Klassen und deren Interfaces in den
# mitgelieferten Modulen an. Wenn Sie Ihre Datenstrukturen von Anfang an dazu
# passend waehlen, erleichtert dies deren spaetere Benutzung. Zusaetzlich bieten
# diese Klassen bereits etwas Inspiration fuer Python-typisches Design, wie zum
# Beispiel Duck-Typing.
#
# Zu einigen der vorgebenen Intefaces finden Sie Unit Tests in dem Paket 'test'.
# Diese sind sehr hilfreich um zu ueberpruefen, ob ihre Implementierung zusammen
# mit anderen mitgelieferten Implementierungen / Interfaces funktionieren wird.
# Stellen Sie immer sicher, dass die Unit tests fuer die von Ihnen verwendeten
# Funktionen erfolgreich sind.
# Hinweis: Im Verlauf des Fachprojekts werden die Unit Tests nach und nach erfolg-
# reich sein. Falls es sie zu Beginn stoert, wenn einzelne Unit Tests fehlschlagen
# koennen Sie diese durch einen 'decorator' vor der Methodendefinition voruebergehend
# abschalten: @unittest.skip('')
# https://docs.python.org/2/library/unittest.html#skipping-tests-and-expected-failures
# Denken Sie aber daran sie spaeter wieder zu aktivieren.
#
# Wenn etwas unklar ist, fragen Sie!
# *********************************************************************************
CorpusLoader.load()
brown = CorpusLoader.brown_corpus()
# Um eine willkuerliche Aufteilung der Daten in Training und Test zu vermeiden,
# (machen Sie sich bewusst warum das problematisch ist)
# verwendet man zur Evaluierung von Klassifikatoren eine Kreuzvalidierung.
# Dabei wird der gesamte Datensatz in k disjunkte Ausschnitte (Folds) aufgeteilt.
# Jeder dieser Ausschnitte wird einmal als Test Datensatz verwendet, waehrend alle
# anderen k-1 Ausschnitte als Trainings Datensatz verwendet werden. Man erhaehlt also
# k Gesamtfehlerraten und k klassenspezifische Fehlerraten ide man jeweils zu einer
# gemeinsamen Fehlerrate fuer die gesamte Kreuzvalidierung mittelt. Beachten Sie,
# dass dabei ein gewichtetes Mittel gebildet werden muss, da die einzelnen Test Folds
# nicht unbedingt gleich gross sein muessen.
# Fuehren Sie aufbauend auf den Ergebnissen aus aufgabe2 eine 5-Fold Kreuzvalidierung
# fuer den k-Naechste-Nachbarn Klassifikator auf dem Brown Corpus durch. Dazu koennen
# Sie die Klasse CrossValidation im evaluation Modul verwenden.
#
# Vollziehen Sie dazu nach wie die Klasse die Daten in Trainging und Test Folds aufteilt.
# Fertigen Sie zu dem Schema eine Skizze an. Diskutieren Sie Vorteile und Nachteile.
# Schauen Sie sich an, wie die eigentliche Kreuzvalidierung funktioniert. Erklaeren Sie
# wie das Prinzip des Duck-Typing hier angewendet wird.
#
# Hinweise:
#
# Die Klasse CrossValidator verwendet die Klasse , die Sie schon
# fuer aufgabe2 implementieren sollten. Kontrollieren Sie Ihre Umsetzung im Sinne der
# Verwendung im CrossValidator.
#
# Fuer das Verstaendnis der Implementierung der Klasse CrossValidator ist der Eclipse-
# Debugger sehr hilfreich.
normalized_words = WordListNormalizer().normalize_words(brown.words())[1]
# vocabulary = BagOfWords.most_freq_words(normalized_words, 500)
# word_bag = BagOfWords(vocabulary)
#
# bow_mat = {}
# for cat in brown.categories():
# bow_mat[cat] = [WordListNormalizer().normalize_words(brown.words(fileids=doc))[1] for doc in brown.fileids(categories=cat)]
# category_dic = word_bag.category_bow_dict(bow_mat)
#
# cross_validator = CrossValidation(category_dic, 5)
#
# first_fold = cross_validator.corpus_fold(0)
# second_fold = cross_validator.corpus_fold(1)
# third_fold = cross_validator.corpus_fold(2)
# fourth_fold = cross_validator.corpus_fold(3)
# fifth_fold = cross_validator.corpus_fold(4)
#
# classificator = KNNClassifier(1, 'euclidean')
#
# classificator.estimate(first_fold[0], first_fold[1])
# result_first_fold = classificator.classify(first_fold[2])
#
# classificator.estimate(second_fold[0], second_fold[1])
# result_second_fold = classificator.classify(second_fold[2])
#
# classificator.estimate(third_fold[0], third_fold[1])
# result_third_fold = classificator.classify(third_fold[2])
#
# classificator.estimate(fourth_fold[0], fourth_fold[1])
# result_fourth_fold = classificator.classify(fourth_fold[2])
#
# classificator.estimate(fifth_fold[0], fifth_fold[1])
# result_fifth_fold = classificator.classify(fifth_fold[2])
#
# eval_first_fold = ClassificationEvaluator(result_first_fold, first_fold[3])
# eval_second_fold = ClassificationEvaluator(result_second_fold, second_fold[3])
# eval_third_fold = ClassificationEvaluator(result_third_fold, third_fold[3])
# eval_fourth_fold = ClassificationEvaluator(result_fourth_fold, fourth_fold[3])
# eval_fifth_fold = ClassificationEvaluator(result_fifth_fold, fifth_fold[3])
#
# list_eval_folds =[]
# list_eval_folds.append(eval_first_fold.error_rate()[0])
# list_eval_folds.append(eval_second_fold.error_rate()[0])
# list_eval_folds.append(eval_third_fold.error_rate()[0])
# list_eval_folds.append(eval_fourth_fold.error_rate()[0])
# list_eval_folds.append(eval_fifth_fold.error_rate()[0])
# np_array_eval_folds = np.array(list_eval_folds)
# print np_array_eval_folds
# mittelwert = np.mean(np_array_eval_folds)
# print "Mittelwert"
# print mittelwert
# print "++++++++++++"
# print "Minimum"
# print np.min(np_array_eval_folds, axis=0)
# Bag-of-Words Weighting
#
# Bisher enthalten die Bag-of-Words Histogramme absolute Frequenzen.
# Dadurch sind die Repraesentationen abhaengig von der absoluten Anzahl
# von Woertern in den Dokumenten.
# Dies kann vermieden werden, in dem man die Bag-of-Words Histogramme mit
# einem Normalisierungsfaktor gewichtet.
#
# Normalisieren Sie die Bag-of-Words Histogramme so, dass relative Frequenzen
# verwendet werden. Implementieren und verwenden Sie die Klasse RelativeTermFrequencies
# im features Modul.
#
# Wie erklaeren Sie das Ergebnis? Schauen Sie sich dazu noch einmal die
# mittelere Anzahl von Woertern pro Dokument an (aufgabe2).
#
# Wie in der Literatur ueblich, verwenden wir den
# Begriff des "Term". Ein Term bezeichnet ein Wort aus dem Vokabular ueber
# dem die Bag-of-Words Histogramme gebildet werden. Ein Bag-of-Words Histogramm
# wird daher auch als Term-Vektor bezeichnet.
#normalized_words = WordListNormalizer().normalize_words(brown.words())[1]
#vocab = BagOfWords.most_freq_words(normalized_words, 20)
#word_bag = BagOfWords(vocab)
# word_dic_category = {}
# for cat in brown.categories():
# word_dic_category[cat] = [WordListNormalizer().normalize_words(brown.words(fileids = doc))[1] for doc in brown.fileids(categories=cat)]
# category_word_dic = word_bag.category_bow_dict(word_dic_category)
#
# category_weighted = {}
# for key in category_word_dic:
# category_weighted[key] = RelativeTermFrequencies.weighting(category_word_dic[key])
# Zusaetzlich kann man noch die inverse Frequenz von Dokumenten beruecksichtigen
# in denen ein bestimmter Term vorkommt. Diese Normalisierung wird als
# inverse document frequency bezeichnet. Die Idee dahinter ist Woerter die in
# vielen Dokumenten vorkommen weniger stark im Bag-of-Words Histogramm zu gewichten.
# Die zugrundeliegende Annahme ist aehnlich wie bei den stopwords (aufgabe1), dass
# Woerter, die in vielen Dokumenten vorkommen, weniger Bedeutung fuer die
# Unterscheidung von Dokumenten in verschiedene Klassen / Kategorien haben als
# Woerter, die nur in wenigen Dokumenten vorkommen.
# Diese Gewichtung laesst sich statistisch aus den Beispieldaten ermitteln.
#
# Zusammen mit der relativen Term Gewichtung ergibt sich die so genannte
# "term frequency inverse document frequency"
#
# Anzahl von term in document Anzahl Dokumente
# tfidf( term, document ) = ---------------------------- x log ( ---------------------------------- )
# Anzahl Woerter in document Anzahl Dokumente die term enthalten
#
# http://www.tfidf.com
#
# Eklaeren Sie die Formel. Plotten Sie die inverse document frequency fuer jeden
# Term ueber dem Brown Corpus.
#
# Implementieren und verwenden Sie die Klasse RelativeInverseDocumentWordFrequecies
# im features Modul, in der Sie ein tfidf Gewichtungsschema umsetzen.
# Ermitteln Sie die Gesamt- und klassenspezifischen Fehlerraten mit der Kreuzvalidierung.
# Vergleichen Sie das Ergebnis mit der absolten und relativen Gewichtung.
# Erklaeren Sie die Unterschiede in den klassenspezifischen Fehlerraten. Schauen Sie
# sich dazu die Verteilungen der Anzahl Woerter und Dokumente je Kategorie aus aufgabe1
# an. In wie weit ist eine Interpretation moeglich?
# raise NotImplementedError('Implement me')
# Evaluieren Sie die beste Klassifikationsleistung
#
# Ermitteln Sie nun die Parameter fuer die bester Klassifikationsleistung des
# k-naechste-Nachbarn Klassifikators auf dem Brown Corpus mit der Kreuzvalidierung.
# Dabei wird gleichzeitig immer nur ein Parameter veraendert. Man hat eine lokal
# optimale Parameterkonfiguration gefunden, wenn jede Aenderung eines Parameters
# zu einer Verschlechterung der Fehlerrate fuehrt.
#
# Erlaeutern Sie warum eine solche Parameterkonfiguration lokal optimal ist.
#
# Testen Sie mindestens die angegebenen Werte fuer die folgenden Parameter:
# 1. Groesse des Vokabulars typischer Woerter (100, 500, 1000, 2000!)
# 2. Gewichtung der Bag-of-Words Histogramme (absolute, relative!, relative with inverse document frequency)
# 3. Distanzfunktion fuer die Bestimmung der naechsten Nachbarn (Cityblock!, Euclidean, Cosine)
# 4. Anzahl der betrachteten naechsten Nachbarn (1, 2, 3, 4, 5, 6!)
#
# Erklaeren Sie den Effekt aller Parameter.
#
# Erklaeren Sie den Effekt zwischen Gewichtungsschema und Distanzfunktion.
print "+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++"
print "Testfunktion"
vocab_size = 2000
distance_function="cityblock"
knn=6
#print "vocabsize:" + vocab_size +"; distance" + distance_function +"; knn" + knn
vocabulary = BagOfWords.most_freq_words(normalized_words, vocab_size)
word_bag = BagOfWords(vocabulary)
bow_mat = {}
for cat in brown.categories():
bow_mat[cat] = [WordListNormalizer().normalize_words(brown.words(fileids=doc))[1] for doc in brown.fileids(categories=cat)]
category_dic = word_bag.category_bow_dict(bow_mat)
relative_category_dict = {}
for key in category_dic:
relative_category_dict[key] = RelativeTermFrequencies.weighting(category_dic[key])
cross_validator = CrossValidation(relative_category_dict, 5)
classificator = KNNClassifier(knn, distance_function)
print cross_validator.validate(classificator)
def aufgabe4():
#
# Mit dem Naechster Nachbar Klassifikator wurde ein Dokumente zu einer Klassen zugeordnet,
# indem zunaechst aehnliche Dokumente aus einer Trainingsdatenbank ermittelt wurden.
# Ueber die Klassenzugehoerigkeit dieser aehnlichen Dokumente aus dem Training
# wurde dann das unbekannte Dokument einer Klasse zugeordnet.
# Dabei wurden aber noch keine Zusammenhaenge zwischen einzelnen Woertern analysiert
# und beruecksichtigt. Daher geht es nun um Topic Modelle. Topic Modelle beschreiben
# diese Zusammenhaenge durch einen mathematischen Unterraum. Die Vektoren, die
# diesen Unterraum aufspannen, sind die Topics, die jeweils fuer typische Wort-
# konfigurationen stehen. Dokumente werden nun nicht mehr durch Frequenzen von
# Woertern repraesentiert, sondern als Linearkombination von Topics im Topic
# Vektorraum. Es ist zu beachten, dass fuer die Topic-Modellierung keine Informationen
# ueber die Dokumentenkategorien benoetigt wird.
#
# Um ein besseres Verstaendnis fuer diese mathematischen Unterraeume zu entwickeln,
# schauen wir uns zunaechst die Hauptkomponentenanalyse an.
#
# Ein 3D Beispieldatensatz wird aus einer Normalverteilung generiert.
# Diese ist durch einen Mittelwert und eine Kovarianzmatrix definiert
mean = np.array([10, 10, 10])
cov = np.array([[3, .2, .9],
[.2, 5, .4],
[.9, .4, 9]])
n_samples = 1000
limits_samples = ((0, 20), (0, 20), (0, 20))
samples = np.random.multivariate_normal(mean, cov, n_samples)
# Plotten der Beispieldaten
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')
PCAExample.plot_sample_data(samples, ax=ax)
PCAExample.set_axis_limits(ax, limits=limits_samples)
# In der Klasse PCAExample wird ein Unterraum mittels Hauptkomponentenanalyse
# statistisch geschaetzt. Der Vektorraum wird beispielhaft visualisiert.
pca_example = PCAExample(samples, target_dim=3)
pca_example.plot_subspace(limits=limits_samples, color='r', linewidth=0.05, alpha=0.3)
plt.show()
# Nun wird die Dimension des Unterraums reduziert.
# Implementieren Sie die Reduktion im Konstruktor von PCAExample. Der neue
# Vektorraum wird wieder visualisiert.
pca_example_2d = PCAExample(samples, target_dim=2)
pca_example_2d.plot_subspace(limits=limits_samples, color='b', linewidth=0.01, alpha=0.3)
# Transformieren Sie nun die 3D Beispieldaten in den 2D Unterraum.
# Implementieren Sie dazu die Methode transform_samples. Die Daten werden
# dann in einem 2D Plot dargestellt.
#
# Optional: Verwenden Sie Unterraeume mit Dimensionen 3, 2 und 1. Transformieren
# und plotten Sie die Daten.
#
# Optional: Generieren und transformieren Sie weitere 3D Beispieldaten. Benutzen Sie
# dabei auch andere Parameter fuer die Normalverteilung.
#
# Optional: Visualisieren Sie die transformierten 2D Daten auch in dem vorherigen
# 3D Plot.
samples_2d = pca_example_2d.transform_samples(samples)
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111)
PCAExample.plot_sample_data(samples_2d, ax=ax)
PCAExample.set_axis_limits(ax, limits=((-10, 10), (-10, 10)))
plt.show()
# Berechnen Sie nun die Kovarianzmatrix der transformierten Daten.
# Welche Eigenschaften hat diese Matrix? (Dimension, etc.)
# In welcher Groessenordnung liegen die einzelnen Eintraege? Erklaeren Sie das
# anhand des vorherigen 2D Plots.
# Vergleichen Sie das Ergebnis mit der Kovarianzmatrix, die oben zur Generierung
# der Daten verwendet wurde.
# Was erwarten Sie fuer den Mittelwert der transformierten Daten (noetig fuer
# die Berechnung der Kovarianzmatrix) ?
#
# Verwenden Sie bei der Berechnung nicht die eingebaute numpy.cov Funktion
# (hoechstens zur Kontrolle, achten Sie dabei auf den "bias" Parameter)
# Verwenden Sie bei der Berechnung keine Schleifen, sondern nur Matrixoperationen.
# Erklaeren Sie die Vorgehensweise.
zeilen, spalten = samples_2d.shape
print zeilen, spalten
mean_xy = np.mean(samples_2d, axis=0)
samples_2d_mf = samples_2d - mean_xy
kovarianz_mat = np.dot(samples_2d_mf.T, samples_2d_mf)/(zeilen-1)
print "kovarianz ausgerechnet"
print kovarianz_mat
kovarianz_referenz = np.cov(samples_2d, rowvar=0)
print "kovarianz referenz"
print kovarianz_referenz
#
# Latent Semantic Indexing
#
# Im folgenden soll ein Topic-Raum mittels Latent Semantic Indexing verwendet
# werden. Das Prinzip geht unmittelbar auf die Hauptkomponentenanalyse zurueck.
# Siehe: http://lsa.colorado.edu/papers/JASIS.lsi.90.pdf (Seite 12)
# Grundsaetzlicher Unterschied ist, dass der Unterraum nicht durch eine Eigenewert-
# analyse der Kovarianzmatrix bestimmt wird. Stattdessen ergibt sich der Unterraum
# aus einer Zerlegung der Term-Dokument (!) Matrix mit einer Singulaerwertzerlegung.
# Man kann zeigen, dass diese Singulaerwertzerlegung implizit einer Eigenwert-
# analyse einer Termkorrelationsmatrix entspricht. Deren Berechnung unterscheidet
# sich von der Berechnung der Kovarianzmatrix insbesondere darin, dass die Daten
# nicht vom Mittelwert befreit werden.
# Sei t die Anzahl der Terms (Groesse des Vokabulars), d die Anzahl der Dokumente,
# m der Rang von X (Maximale Anzahl von Topics, die sich aus X bestimmen lassen).
# D' ist die Transponierte von D.
#
# X = T * S * D'
# t x d t x m m x m m x d
#
# In Analogie zur Hauptkomponentenanalyse findet man nun die Vektoren, die
# den Unterraum aufspannen, in den Spalten von T. Die Matrix S hat nur Eintraege
# auf der Diagonalen und enthaelt die Singulaerwerte zu den Spaltenvektoren in
# T. (T und D enthalten die linken respektive rechten Singulaervektoren.)
# Die Singulaerwerte entsprechen den Eigenwerten in der Hauptkomponentenanalyse.
# Sie sind ein Mass fuer die Variabilitaet in den einzelnen Topics. Bei D handelt
# es sich um die Koeffizienten der d Dokumente im Topic Raum (Ergebnis der
# Transformation von den Bag-of-Words Repraesentationen aus X in den Topic Raum.)
#
#
# Aus der Singulaerwertzerlegung (Formel oben) ergibt sich, wie man einen Topic-
# Raum statistisch aus Beispieldaten schaetzt. Um den Topic-Raum aber mit unbekannten Daten
# zu verwenden, muessen diese in den Topic-Raum transformiert werden.
# Stellen Sie dazu die obige Formel nach D um. Die zu transformierenden Bag-of-Words
# Repaesentationen koennen dann fuer X eingesetzt werden. Dabei ist wichtig zu
# beachten:
# Die Spaltenvektoren in T sind orthonormal (zueinander) T' * T = I
# Die Spaltenvektoren in D sind orthonormal (zueinander) D' * D = I
# Dabei ist I die Einheitsmatrix, T' und D' sind die Transponierten in T und D.
# Fuer Matrizen A und B gilt: (A * B)' = B' * A'
#
# Ueberlegen Sie wie die Transponierte einer Matrix gebildet wird und was das
# fuer eine Matrix bedeutet, deren Eintraege nur auf der Hauptdiagonalen von
# 0 verschieden sind.
#
# Erlaeutern Sie die Funktion der einzelnen Matrizen in der sich ergebenden
# Transformationsvorschrift.
#
# Das Schaetzen eines Topic-Raums soll an folgendem einfachen Beispiel veranschaulicht
# werden. Sei dazu bow_train eine Dokument-Term Matrix mit 9 Dokumenten und 3 Terms.
# Welcher Zusammenhang zwischen den Terms faellt Ihnen auf?
bow_train = np.array([[2, 5, 0],
[4, 1, 0],
[3, 3, 1],
[9, 8, 2],
[1, 5, 3],
[0, 7, 9],
[2, 9, 6],
[0, 2, 3],
[5, 3, 3]])
# Zerlegung der Dokument-Term Matrix mit der Singulaerwertzerlegung
T, S_arr, D_ = np.linalg.svd(bow_train.T, full_matrices=False)
S = np.diag(S_arr)
print 'Matrix T, Spaltenvektoren definieren Topic Raum'
print T
print 'Matrix S, Singulaerwerte zu den Vektoren des Topic Raums'
print S
print 'Matrix D, Koeffizienten der Termvektoren in bof im Topic Raum'
print D_.T
# Transformieren Sie nun die folgenden Termvektoren in den Topic Raum
# Was erwarten Sie fuer die Topic Zugehoerigkeiten?
bow_test = np.array([[5, 0, 0],
[0, 5, 0],
[0, 0, 5],
[5, 5, 0],
[0, 5, 5]])
n_topics = 3
top_feature_trans = TopicFeatureTransform(n_topics)
top_feature_trans.estimate(bow_train, bow_train)
bow_transformed = top_feature_trans.transform(bow_test)
bow_train_transformed = top_feature_trans.transform(bow_train)
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')
PCAExample.plot_sample_data(bow_train_transformed, annotations=bow_train, ax=ax)
PCAExample.set_axis_limits(ax, limits=((-1, 1), (-1, 1), (-1, 1)))
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')
PCAExample.plot_sample_data(bow_transformed, annotations=bow_test, ax=ax)
PCAExample.set_axis_limits(ax, limits=((-1, 1), (-1, 1), (-1, 1)))
plt.show()
#
# Warum lassen sich die Koeffizienten der Termvektoren so schwer interpretieren?
#
# Um eine bessere Vorstellung von der Bedeutung der einzelnen Topics zu bekommen,
# plotten Sie die Bag-of-Words Repraesentationen sowie die Topic-Koeffizienten der
# Trainingsdaten (bow_train) und der Testdaten (bow_test) in verschiedenen Farben.
# Erstellen Sie dazu jeweils einen Plot fuer Bag-of-Words Repraesentationen und einen
# Plot fuer Topic-Koeffizienten. Achten Sie auf eine geeignete Skalierung der Axen.
# Um die Datenpunkte in den beiden Plots besser einander zuordnen zu koennen, plotten
# Sie zusaetzlich die Termfrequenzen neben jeden Datenpunkt (als Annotation).
# Mehrere Daten (Trainings-, Testdaten, Annotationen) lassen sich in einem gemeinsamen
# Plot darzustellen indem Sie die Funktion 'hold' des Axes Objekts mit dem Parameter
# 'True' aufrufen. Zum Erstellen der Plots orientieren Sie sich an den entsprechenden
# Funktionen aus dem Beispiel zur Hauptkomponentenanalyse (oben). Schauen Sie sich
# auch deren weitere Parameter (und zusaetzlich vorhandene Hilfsfunktionen) an.
# #Bag of words plots
# fig = plt.figure()
# ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')
# PCAExample.plot_sample_data(bow_train, color='r', annotations=bow_train, ax=ax)
# fig.hold(True)
# PCAExample.plot_sample_data(bow_test, color='g', annotations=bow_test, ax=ax)
# PCAExample.set_axis_limits(ax, limits=((0, 10), (0, 10), (0,10)))
# fig.hold()
#
#
# #koeffizienten plot
# # T_test, S_arr_test, D_test_ = np.linalg.svd(bow_test.T, full_matrices=False)
# # S_test = np.diag(S_arr_test)
#
# n_topics = 3
# top_feature_trans = TopicFeatureTransform(n_topics)
# top_feature_trans.estimate(bow_train, None)
# test_daten = top_feature_trans.transform(bow_test)
# train_daten = top_feature_trans.transform(bow_train)
# fig = plt.figure()
# ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')
# PCAExample.plot_sample_data(D_.T, color='r', annotations=bow_train, ax=ax)
# fig.hold(True)
# PCAExample.plot_sample_data(D_test_.T, color='g', annotations=bow_test, ax=ax)
# PCAExample.set_axis_limits(ax, limits=((-1, 1), (-1, 1), (-1,1)))
# fig.hold()
#
# Fuehren Sie nun eine Dimensionsreduktion der Trainings und Testdaten auf zwei
# Dimensionen durch und plotten Sie die Topic-Koeffizienten (inkl. Bag-of-Words
# Annotationen). Vergleichen Sie alle drei Plots miteinander. Welchen Effekt hat
# die Topic Modellierung im Bezug auf typische Termkonfigurationen?
#
# Optional: Transformieren Sie die Daten in einen Topic-Raum mit Dimension Eins
# und plotten Sie die Koeffizienten inkl. deren Bag-of-Words Annotationen.
#
n_topics = 2
top_feature_trans = TopicFeatureTransform(n_topics)
top_feature_trans.estimate(bow_train, bow_train)
bow_transformed = top_feature_trans.transform(bow_test)
bow_train_transformed = top_feature_trans.transform(bow_train)
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111)
PCAExample.plot_sample_data(bow_train_transformed, annotations=bow_train, ax=ax)
PCAExample.set_axis_limits(ax, limits=((-1, 1), (-1, 1)))
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111)
PCAExample.plot_sample_data(bow_transformed, annotations=bow_test, ax=ax)
PCAExample.set_axis_limits(ax, limits=((-1, 1), (-1, 1)))
plt.show()
# S_inv = np.linalg.inv(S)
# S_inv_test = np.linalg.inv(S_test)
#
# T = T[:n_topics]
# S_inv = S_inv[:n_topics,:n_topics]
# T_test = T_test[:n_topics]
# S_inv_test = S_inv_test[:n_topics,:n_topics]
#
# data_trans = np.dot(np.dot(bow_train, T.T), S_inv)
# data_trans_test = np.dot(np.dot(bow_test, T_test.T), S_inv_test)
#
# fig = plt.figure()
# ax = fig.add_subplot(111)
# PCAExample.plot_sample_data(data_trans, color='r', annotations=bow_train, ax=ax)
# fig.hold(True)
# PCAExample.plot_sample_data(data_trans_test, color='g', annotations=bow_test, ax=ax)
# PCAExample.set_axis_limits(ax, limits=((-1, 1), (-1, 1)))
# fig.hold()
# plt.show()
#
#
# Integrieren Sie nun die Topic-Raum Modellierung mittels Singulaerwertzerlegung
# in die Kreuzvalidierung auf dem Brown Corpus. Berechnen Sie dabei fuer
# jede Aufteilung von Training und Test einen neuen Topic-Raum. Transformieren
# Sie die Bag-of-Words Repraesentationen und fuehren Sie die Klassifikation
# wie zuvor mit dem Naechster-Nachbar-Klassifikator durch. Verwenden Sie dabei
# verschiedene Distanzmasse und evaluieren Sie die Klassifikationsfehlerrate
# fuer verschiedene Dimensionalitaeten des Topic-Raums. Die anderen Parameter
# waehlen Sie gemaess der besten bisherigen Ergebnisse.
#
# Implementieren Sie die Klasse TopicFeatureTransform im features Modul
# und verwenden Sie sie mit der CrossValidation Klasse (evaluation Modul).
#
# Optional: Fuehren Sie eine automatische Gridsuche ueber den kompletten Paramterraum
# durch. Legen Sie sinnvolle Wertebereiche und Schrittweiten fuer die einzelnen
# Parameter fest. Wie lassen sich diese bestimmen?
#
# Optional: Passen Sie das Suchgrid dynamisch gemaess der Ergebnisse in den einzelnen
# Wertebereichen an.
CorpusLoader.load()
brown = CorpusLoader.brown_corpus()
normalized_words = WordListNormalizer().normalize_words(brown.words())[1]
vocab_size = 2000
distance_function="cosine"
knn=6
vocabulary = BagOfWords.most_freq_words(normalized_words, vocab_size)
word_bag = BagOfWords(vocabulary)
bow_mat = {}
for cat in brown.categories():
bow_mat[cat] = [WordListNormalizer().normalize_words(brown.words(fileids=doc))[1] for doc in brown.fileids(categories=cat)]
category_dic = word_bag.category_bow_dict(bow_mat)
cross_validator = CrossValidation(category_dic, 5)
classificator = KNNClassifier(knn, distance_function)
print cross_validator.validate(classificator, TopicFeatureTransform(20))
