Exemplos de validate_hgvs_string em Python

Exemplo n.º 1

 def test_raises_on_enrich_special_types(self):
     with self.assertRaises(ValidationError):
         hgvs.validate_hgvs_string("_wt")
     with self.assertRaises(ValidationError):
         hgvs.validate_hgvs_string("_sy")

Exemplo n.º 2

 def test_validates_valid_hgvs(self):
     hgvs.validate_hgvs_string("c.1A>G", column="nt", splice_present=False)
     hgvs.validate_hgvs_string("g.1A>G", column="nt", splice_present=True)
     hgvs.validate_hgvs_string("c.1A>G", column="splice")
     hgvs.validate_hgvs_string("p.(=)", column="p")

Exemplo n.º 3

 def test_error_does_not_match_nt(self):
     with self.assertRaises(ValidationError):
         hgvs.validate_hgvs_string("p.G4L", column="nt")

Exemplo n.º 4

 def test_error_does_not_match_pro(self):
     with self.assertRaises(ValidationError):
         hgvs.validate_hgvs_string("c.1A>G", column="p")

Exemplo n.º 5

 def test_error_nt_is_not_g_when_splice_present(self):
     hgvs.validate_hgvs_string("c.1A>G", column="nt", splice_present=False)
     with self.assertRaises(ValidationError):
         hgvs.validate_hgvs_string("c.1A>G",
                                   column="nt",
                                   splice_present=True)

Exemplo n.º 6

 def test_error_does_not_match_splice(self):
     with self.assertRaises(ValidationError):
         hgvs.validate_hgvs_string("g.G4L", column="splice")

Exemplo n.º 7

 def test_error_unknown_column(self):
     with self.assertRaises(ValueError):
         hgvs.validate_hgvs_string("c.1A>G", column="random")

Exemplo n.º 8

 def test_error_not_str(self):
     with self.assertRaises(ValidationError):
         hgvs.validate_hgvs_string(1.0)

Exemplo n.º 9

 def test_passes_on_null(self):
     for v in null_values_list:
         hgvs.validate_hgvs_string(v)