Exemplos de parse_lines em Python

Exemplo n.º 1

def read_gtf(lines, scaffolds, contig_prefix):
    table = {}  # gene_id -> transcript_id -> exon_number -> feature -> [items]
    for gtf in text.parse_lines(lines, pysam.asGTF()):
        if not filter_gtf_record(gtf):
            update_gtf_table(table, gtf, scaffolds, contig_prefix)

    return table

Exemplo n.º 2

Arquivo: gtf_to_bed.py Projeto: MikkelSchubert/paleomix

def read_gtf(lines, scaffolds, contig_prefix):
    table = {}  # gene_id -> transcript_id -> exon_number -> feature -> [items]
    for gtf in text.parse_lines(lines, pysam.asGTF()):
        if not filter_gtf_record(gtf):
            update_gtf_table(table, gtf, scaffolds, contig_prefix)

    return table

Exemplo n.º 3

Arquivo: vcf_to_fasta.py Projeto: MikkelSchubert/paleomix

def check_nth_sample(options, genotype):
    parser = pysam.asVCF()

    for contig in genotype.contigs:
        for record in text.parse_lines(genotype.fetch(contig), parser):
            if len(record) <= options.nth_sample:
                sys.stderr.write("ERROR: Sample %i selected with --nth-sample,"
                                 " but file only contains %i sample(s)!\n"
                                 % (options.nth_sample + 1, len(record)))
                return False
            return True
    return True

Exemplo n.º 4

Arquivo: vcf_to_fasta.py Projeto: jelber2/paleomix

def check_nth_sample(options, genotype):
    parser = pysam.asVCF()

    for contig in genotype.contigs:
        for record in text.parse_lines(genotype.fetch(contig), parser):
            if len(record) <= options.nth_sample:
                sys.stderr.write("ERROR: Sample %i selected with --nth-sample,"
                                 " but file only contains %i sample(s)!\n" %
                                 (options.nth_sample + 1, len(record)))
                return False
            return True
    return True

Exemplo n.º 5

Arquivo: text_tests.py Projeto: muslih14/paleomix

def _parse_lines(*args, **kwargs):
    return list(parse_lines(*args, **kwargs))

Exemplo n.º 6

Arquivo: text_test.py Projeto: tmancill/paleomix

def _parse_lines(*args, **kwargs):
    return list(parse_lines(*args, **kwargs))