Exemplo n.º 1
0
def _add_common_chunk_options(p):
    # Order matters!
    U.add_debug_option(p)
    add_max_nchunks_option(p)
    p = _add_chunk_output_dir_option(p)
    p = add_output_chunk_json_report_option(p)
    return p
Exemplo n.º 2
0
def _add_common_chunk_options(p):
    # Order matters!
    U.add_debug_option(p)
    add_max_nchunks_option(p)
    p = _add_chunk_output_dir_option(p)
    p = add_output_chunk_json_report_option(p)
    return p
Exemplo n.º 3
0
def _add_run_random_fastq_options(p):
    U.add_debug_option(p)
    p.add_argument('--max-records',
                   type=int,
                   default=1000,
                   help="Max number of Fasta record to write.")
    U.add_fastq_output(p)
    return p
Exemplo n.º 4
0
def _add_run_random_fofn_options(p):
    U.add_debug_option(p)
    U.add_output_dir_option(p)
    p.add_argument('--nfofns',
                   type=int,
                   default=10,
                   help="Number of mock/random Fofns to write.")
    U.add_fofn_output(p)
    return p
Exemplo n.º 5
0
def _add_run_fasta_filter_options(p):
    U.add_debug_option(p)
    p.add_argument('--min-length',
                   type=int,
                   default=150,
                   help='Min Length of Sequence to filter')
    U.add_fasta_input(p)
    U.add_fasta_output(p)
    return p
Exemplo n.º 6
0
def get_parser():
    desc = "Transform pbreport Report to HTML file."
    p = get_default_argparser(__version__, desc)
    U.add_debug_option(p)
    U.add_output_dir_option(p)
    _add_report_option(p)
    _add_output_file_option(p)
    _add_ccs_js_extras_option(p)
    p.set_defaults(func=_args_to_render_report)
    return p
Exemplo n.º 7
0
def get_parser():
    desc = "Transform pbreport Report to HTML file."
    p = get_default_argparser(__version__, desc)
    U.add_debug_option(p)
    U.add_output_dir_option(p)
    _add_report_option(p)
    _add_output_file_option(p)
    _add_ccs_js_extras_option(p)
    p.set_defaults(func=_args_to_render_report)
    return p
Exemplo n.º 8
0
def _add_run_fasta_filter_options(p):
    U.add_debug_option(p)
    p.add_argument('--min-length', type=int, default=150, help='Min Length of Sequence to filter')
    U.add_fasta_input(p)
    U.add_fasta_output(p)
    return p
Exemplo n.º 9
0
def _add_base_options(p):
    return _add_manifest_json_option(U.add_debug_option(p))
Exemplo n.º 10
0
 def _f(p):
     U.add_debug_option(p)
     f = __gather_options(output_file_msg, input_file_msg, validate_file, chunk_key_func)
     return f(p)
Exemplo n.º 11
0
def add_args_run_diagnstic(p):
    _add_required_preset_xml_option(p)
    TU.add_debug_option(p)
    TU.add_output_dir_option(p)
    _add_simple_mode_option(p)
    return p
Exemplo n.º 12
0
def _add_base_options(p):
    return _add_manifest_json_option(U.add_debug_option(p))
Exemplo n.º 13
0
 def _f(p):
     U.add_debug_option(p)
     f = __gather_options(output_file_msg, input_file_msg, validate_file,
                          chunk_key_func)
     return f(p)
Exemplo n.º 14
0
def _add_run_random_fofn_options(p):
    U.add_debug_option(p)
    U.add_output_dir_option(p)
    p.add_argument('--nfofns', type=int, default=10, help="Number of mock/random Fofns to write.")
    U.add_fofn_output(p)
    return p
Exemplo n.º 15
0
def _add_run_random_fastq_options(p):
    U.add_debug_option(p)
    p.add_argument('--max-records', type=int, default=1000, help="Max number of Fasta record to write.")
    U.add_fastq_output(p)
    return p
Exemplo n.º 16
0
def add_args_run_diagnstic(p):
    _add_required_preset_xml_option(p)
    TU.add_debug_option(p)
    TU.add_output_dir_option(p)
    _add_simple_mode_option(p)
    return p
Exemplo n.º 17
0
def _add_run_dataset_report(p):
    U.add_debug_option(p)
    U.add_subread_input(p)
    U.add_report_output(p)
    return p