Exemplo n.º 1
0
def datasource():
    """Use pepdata to fetch and search IEDB epitopes"""

    print request.vars
    db = request.vars.database
    epitope = request.vars.epitope
    from pepdata import iedb, hpv, imma2, hiv_frahm, tcga, tantigen
    if db == 'iedb':
        df = iedb.mhc.load_dataframe(mhc_class=2,human=False)
        df.columns = df.columns.get_level_values(1)
        df = df[df.columns[5:18]]
        #df = iedb.tcell.load_dataframe()
        #if epitope != '':
        #    df = df[df['Description'].str.contains(epitope)]
        #print df

    elif db == 'hpv':
        df = hpv.load_mhc()
        #df = hpv.load_tcell()
    elif db == 'IMMA2':
        df, non = imma2.load_classes()
    elif db == 'hiv_frahm':
        df = hiv_frahm.load_dataframe()
    elif db == 'tcga':
        df = tcga.load_dataframe(cancer_type='paad')
        df = df[:50]
    elif db == 'tantigen':
        df = tantigen.load_mhc()
        #df = tantigen.load_tcell()

    if len(df) > 5000:
        df = df[:5000]

    print df
    return dict(results=df)
Exemplo n.º 2
0
def test_same_size():
    peptides = hiv_frahm.load_set()
    df = hiv_frahm.load_dataframe()
    assert len(peptides) == len(df)
Exemplo n.º 3
0
def test_load_dataframe():
    df = hiv_frahm.load_dataframe()
    assert df is not None
    assert len(df) > 0
Exemplo n.º 4
0
def test_same_size():
    peptides = hiv_frahm.load_set()
    df = hiv_frahm.load_dataframe()
    assert len(peptides) == len(df)
Exemplo n.º 5
0
def test_load_dataframe():
    df = hiv_frahm.load_dataframe()
    assert df is not None
    assert len(df) > 0