# coding=utf-8
from __future__ import print_function, division
import white_projection
import white_rec
import barrier_method
import phantoms
import scipy, scipy.stats
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import os, os.path
from mpl_toolkits.axes_grid1 import make_axes_locatable
import collections
input_data_dict = phantoms.get_input('button_4_synth')
energy_grid = input_data_dict['grid']
gt_concentrations = input_data_dict['gt_concentrations']
# tmp = gt_concentrations.copy()
# gt_concentrations[0] = tmp[1]
# gt_concentrations[1] = tmp[0]
# gt_concentrations = tmp
source = input_data_dict['source']
pixel_size = input_data_dict['pixel_size']
element_numbers = input_data_dict['element_numbers']
element_absorptions = input_data_dict['element_absorptions']
ph_size = gt_concentrations.shape[1:]
# parameters of reconstruction
n_angles = 360 # projection angles
plt.ylabel('Интенсивность, отн. ед.')
ax.xaxis.set_major_formatter(FormatStrFormatter('%.1f'))
# ax.set_xticks([2.5, 10])
ax.set_xticks(minor_xticks, minor=True)
# ax.set_yticks([1, 2])
plt.grid(True, linestyle='--')
plt.plot(X, spec, color='black')
f.savefig('spectre.png', dpi=400)
# Shot plots
plt.show()
# Lets plot the data.
# plot_spectrums(grid, spec, [abs8, abs6 / 10000], ['8', '6'])
teeth_data = phantoms.get_input('teeth_data')
plot_spectrums(teeth_data['grid'], teeth_data['source'],
teeth_data['element_absorptions'], ['Ca', 'Pb'])
import sys
sys.exit(0)
def before_after_plot(x_before, f_before, x_after, f_after):
plt.figure()
ax = plt.subplot(211)
plt.title('before')
plt.plot(x_before, f_before)
ax.set_xticks(x_before)
plt.grid(True)
Нумерация экспериментов по восстановлению зуба с помощью white_rec начинается со 101. Данные: измерения зуба со свинцовой вставкой на молибденовом аноде, по высоте 820 слайс. Даунскейл до размера 256х256, углов проекции - ??? Спектральные кривые поглощения в соответствии с xraylib и физикой. Спектр анода соответстует присланному. В следующих экспериментах планируется уменьшить ширину фантома, сделать фиктивные спектры. ''' inp_name = 'teeth_data_256' input_data_dict = phantoms.get_input(inp_name) energy_grid = input_data_dict['grid'] angles = input_data_dict['angles'] proj_data = input_data_dict['proj_data'] source = input_data_dict['source'] pixel_size = input_data_dict['pixel_size'] element_numbers = input_data_dict['element_numbers'] element_absorptions = input_data_dict['element_absorptions'] ph_size = (proj_data.shape[1], proj_data.shape[1]) n_angles = angles.shape[0] plt.figure() plt.subplot(211) plt.plot(energy_grid[:, 0], element_absorptions[0]) plt.plot(energy_grid[:, 0], element_absorptions[1])