#
# LOAD DATA
#
###############################################################################
from pymri.dataset.datasets import DatasetManager
# dataset settings
path_base = '/home/jesmasta/amu/master/nifti/bold/'
ds = DatasetManager(path_bold=path_base + 'bold.nii.gz',
path_attr=path_base + 'attributes.txt',
path_attr_lit=path_base + 'attributes_literal.txt',
path_mask_brain=path_base + 'mask.nii.gz',
contrast=(('ExeTool_0', 'ExeTool_5'), ('ExeCtrl_0',
'ExeCtrl_5')),
nnadl=True)
# load data
ds.load_data()
###############################################################################
#
# CHOOSE ROIs
#
###############################################################################
# select feature reduction method
ds.feature_reduction(roi_selection='SelectKBest',
k_features=k_features,
normalize=True)
# ds.feature_reduction(
# roi_selection='/amu/master/nifti/bold/roi_mask_plan.nii.gz',
# normalize=True
# )
# LOAD DATA
#
###############################################################################
from pymri.dataset.datasets import DatasetManager
# dataset settings
path_base = '/home/jesmasta/amu/master/nifti/bold/'
ds = DatasetManager(
path_bold=path_base + 'bold.nii.gz',
path_attr=path_base + 'attributes.txt',
path_attr_lit=path_base + 'attributes_literal.txt',
path_mask_brain=path_base + 'mask.nii.gz',
contrast=(('ExeTool_0', 'ExeTool_5'), ('ExeCtrl_0', 'ExeCtrl_5')),
nnadl = True
)
# load data
ds.load_data()
###############################################################################
#
# CHOOSE ROIs
#
###############################################################################
# select feature reduction method
ds.feature_reduction(
roi_selection='SelectKBest', k_features=k_features,
normalize=True
)
# ds.feature_reduction(
# roi_selection='/amu/master/nifti/bold/roi_mask_plan.nii.gz',
# normalize=True
