################### MUTATE PROTEIN ###############################
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# make score function
scorefxn = get_fa_scorefxn()
# mutate protein
print(fa_working.pdb_info().pdb2pose('H', 12))
mutater = pyrosetta.rosetta.protocols.simple_moves.MutateResidue()
mutater.set_target(386)
mutater.set_res_name('PRO')
mutater.apply(fa_working)
# see in PyMOL
pymol = PyMOLMover()
pymol.pymol_name('mutated_superantigen')
pymol.apply(fa_working)
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################### RELAX LOCALLY ################################
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# relax pose, store lowest energy
# (i.e. import fast relax method from lecture7)
# task factory, what to design, where and how...
# (dock mcm protocol, get interface residues)
# interface energy optimization
from fast_relax_function import *
fast_relax(fa_working, fast_relax_rounds=1)
return packer
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################### IMPORT POSE ##################################
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# make full-atom starting pose
fa_starting = Pose()
fa_starting.assign(pose)
# make a full-atom working pose
fa_working = Pose()
fa_working.assign(pose)
# show starting
pymol.pymol_name("starting_pose")
pymol.apply(fa_starting)
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########################## RELAX #################################
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# Set up task Factory
tf_relax = TaskFactory()
tf_relax.push_back(operation.RestrictToRepacking())
# Set up packer for pose
packer_relax = pack_min.PackRotamersMover()
packer_relax.task_factory(tf_relax) # sets the task factory to the packer
packer_relax.apply(fa_working) # applies packer to pose
