Exemplo n.º 1
0
def reimage_traj_new(traj_file, traj_dir, save_dir, ext):
    traj = md.load(traj_file)
    traj_pytraj = mdio.load_mdtraj(traj)
    traj_pytraj.autoimage()
    traj.xyz[:] = traj_pytraj.xyz / 10.0
    traj.save("%s/%s" % (traj_dir, traj_file.split("/")[len(traj_file.split("/")) - 1]))
    return
Exemplo n.º 2
0
def reimage_traj(traj_file, save_dir):
	traj = md.load(traj_file)
	topology = md.load_frame(traj_file,index=0)

	traj_pytraj = mdio.load_mdtraj(traj)
	traj_pytraj.autoimage()
	traj.xyz[:] = traj_pytraj.xyz / 10.
	filename = traj_file.split("/")[len(traj_file.split("/"))-1]
	filename = filename.split(".")[0]
	h5_filename = "%s.h5" %filename
	new_h5_file = "%s/%s" %(save_dir, h5_filename)
	print new_h5_file
	traj.save(new_h5_file)
	return
Exemplo n.º 3
0
def reimage_traj(traj_file, save_dir):
    traj = md.load(traj_file)
    topology = md.load_frame(traj_file, index=0)

    traj_pytraj = mdio.load_mdtraj(traj)
    traj_pytraj.autoimage()
    traj.xyz[:] = traj_pytraj.xyz / 10.
    filename = traj_file.split("/")[len(traj_file.split("/")) - 1]
    filename = filename.split(".")[0]
    h5_filename = "%s.h5" % filename
    new_h5_file = "%s/%s" % (save_dir, h5_filename)
    print(new_h5_file)
    traj.save(new_h5_file)
    return