Exemplos de multi_mask_sequences em Python

Exemplo n.º 1

Arquivo: test_transform.py Projeto: pansapiens/seqmagick

 def test_mask_whole(self):
     masks = [slice(0, 200)]
     actual = list(transform.multi_mask_sequences(self.sequences, masks))
     self.assertEqual(len(self.sequences), len(actual))
     for e, a in zip(self.sequences, actual):
         self.assertEqual(e.id, a.id)
         self.assertEqual('-'*len(e), str(a.seq))

Exemplo n.º 2

Arquivo: test_transform.py Projeto: yimsea/seqmagick

 def test_mask_whole(self):
     masks = [slice(0, 200)]
     actual = list(transform.multi_mask_sequences(self.sequences, masks))
     self.assertEqual(len(self.sequences), len(actual))
     for e, a in zip(self.sequences, actual):
         self.assertEqual(e.id, a.id)
         self.assertEqual('-'*len(e), str(a.seq))

Exemplo n.º 3

Arquivo: test_transform.py Projeto: pansapiens/seqmagick

 def test_mask(self):
     masks = [slice(1, 2)]
     actual = list(transform.multi_mask_sequences(self.sequences, masks))
     self.assertEqual(len(self.sequences), len(actual))
     self.assertEqual(['A-A', 'B-B', 'D-DD', 'E-E'],
             [str(a.seq) for a in actual])

Exemplo n.º 4

Arquivo: test_transform.py Projeto: yimsea/seqmagick

 def test_mask(self):
     masks = [slice(1, 2)]
     actual = list(transform.multi_mask_sequences(self.sequences, masks))
     self.assertEqual(len(self.sequences), len(actual))
     self.assertEqual(['A-A', 'B-B', 'D-DD', 'E-E'],
             [str(a.seq) for a in actual])