Exemplo n.º 1
0
    def test_transcribe_preserves_all_metadata(self):
        im = IntervalMetadata(4)
        im.add([(0, 2)], metadata={'gene': 'p53'})

        exp = RNA('AGUU', metadata={'foo': 'bar'},
                  positional_metadata={'foo': range(4)},
                  interval_metadata=im)
        seq = DNA('AGTT', metadata={'foo': 'bar'},
                  positional_metadata={'foo': range(4)},
                  interval_metadata=im)
        self.assertEqual(seq.transcribe(), exp)
Exemplo n.º 2
0
 def test_transcribe_does_not_modify_input(self):
     seq = DNA('ATAT')
     self.assertEqual(seq.transcribe(), RNA('AUAU'))
     self.assertEqual(seq, DNA('ATAT'))
Exemplo n.º 3
0
 def test_transcribe_preserves_all_metadata(self):
     exp = RNA('AGUU', metadata={'foo': 'bar'},
               positional_metadata={'foo': range(4)})
     seq = DNA('AGTT', metadata={'foo': 'bar'},
               positional_metadata={'foo': range(4)})
     self.assertEqual(seq.transcribe(), exp)