def read_sted_stacks_from_imspector_measurement(file_path):
"""
Mit Hilfe von Sarah und aufgrund der vielen Probleme mit den Stacks hier die komplizierte Formel um die MitoStacks
herauszuholen. Eigentlich heißen die Stacks "Alexa 594_STED" aber halt nicht immer...
"""
# File lesen
im_file = sp.File(file_path, sp.File.Read)
number_stacks = im_file.number_of_stacks()
# lese alle stacks in eine liste
stacks = []
for i in range(number_stacks):
stack = im_file.read(i)
stacks.append(stack)
sted_stacks = [
stack for stack in stacks
if " " not in stack.name() or "STED" in stack.name()
or "Ch2 {2}" in stack.name() or "Ch4 {2}" in stack.name()
]
# if we get more than 2 stacks (one AF594 and one STAR RED) then it's most likely duplicates and we will just remove them from the list
if len(sted_stacks) > 2:
sted_stacks = sted_stacks[:2]
# now super special: if the file path contains '04_U2OS_DKO_plus_Bax_BH3i/replicate1/pcDNA', then the Mito and Bax channel are exchanged (antibodies exchanged or so... ask Sarah)
if '04_U2OS_DKO_plus_Bax_BH3i/replicate1/pcDNA' in file_path:
sted_stacks.reverse()
return sted_stacks
def read_stack_from_imspector_measurement(file_path):
"""
Lädt die Imspector Messung und findet die Kanäle (=stacks) die wir mit namepart sepzifizieren.
:param file_path: Pfad der Imspector Messung.
:param name_part: Teil des Stacknamens
:return: Alles Kanäla (=Stacks), die so heißen
"""
# File lesen
measurement = specpy.File(file_path, specpy.File.Read)
# lese alle stacks in eine liste
all_stacks = [] #empty list
number_stacks = measurement.number_of_stacks(
) # returns the number of stacks in the measurement
for i in range(number_stacks):
stack = measurement.read(
i) #ein Kanal wird in Imspector als stack bezeichnet!
all_stacks.append(stack)
print('The measurement contains {} channels.'.format(
len(all_stacks))) # gibt mir aus wie viele Kanäle die Messung hat
# finde alle stacks, deren name entweder das Wort STED enthält, oder welcher keine spaces (EMPTY) enthält, das kann dann nur der leere (=duplizierte) sein.
# die CONSTANTS dafür sind oben vor der main() definiert = workaround für channel duplication und bescheuerte ImSpector Benennungen..
wanted_stack_s = [
stack for stack in all_stacks if EMPTY not in stack.name()
or STED in stack.name() or CH2 in stack.name() or CH4 in stack.name()
] # list comprehension(?) #stack.name() ist von specpy
print('The measurement contains {} STED channels.'.format(
len(wanted_stack_s)))
# if we get more than 2 stacks (one AF594 and one STAR RED) then it's most likely duplicates and we will just remove them from the list
if len(wanted_stack_s) > 2:
wanted_stack_s = wanted_stack_s[:2]
#OR: wanted_stack_s[:min(len(wanted_stack_s), 2)] # this gives back the wanted_stack_s list from the start up until before 2 (so 0 and 1).
#However, if the stack is smaller then it should only return up until the length of the list, otherwise we will get an index error.
#that's why we need the minimum of the two values. Either length of list or 2.
return wanted_stack_s
def read_stack_from_imspector_measurement(file_path, name_part):
"""
Lädt Stacks aus einer Imspector Messung.
:param file_path: Pfad der Imspector Messung.
:param name_part: Teil des Stacknamens
:return: Alles Stacks, die so heißen
"""
# File lesen
im_file = sp.File(file_path, sp.File.Read)
number_stacks = im_file.number_of_stacks()
# lese alle stacks in eine liste
stacks = []
for i in range(number_stacks):
stack = im_file.read(i)
stacks.append(stack)
# finde allen stacks, deren name name_part enthält
stacks = [stack for stack in stacks if name_part in stack.name()]
return stacks
"""
import os
import specpy as sp
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
# alle Einstellungen
root_path = r'Q:\00_Users\Sarah Schweighofer (sschwei)\Freiburg\IF36_selected-for-analysis-with-Jan'
file_path = os.path.join(
root_path,
'IF36_spl15_U2OS-DKO_pcDNA-Bax-wt_6hEx_14hAct_cytC-AF488_Tom20-AF594_Bax-SR_cl8_ringheaven.msr'
)
# File lesen
im_file = sp.File(file_path, sp.File.Read)
number_stacks = im_file.number_of_stacks()
print('Messung {} hat {} Bilder.'.format(file_path, number_stacks))
# alle Stacks lesen
# if False:
for i in range(number_stacks):
stack = im_file.read(i)
# print('Stack {} ist {}D mit der Größe {}'.format(stack.name(), stack.number_of_dimensions(), stack.sizes()))
# ist es der STED BAX Kanal?
if stack.name().startswith('STAR RED_STED'):
# Ja
data = stack.data()
# Dimensionnen sind [1,1,Ny,Nx] wir wollen aber [Nx, Ny]
Sarah probiert herum
"""
import os
import specpy as sp
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
# alle Einstellungen
root_path = r'Q:\00_Users\Sarah Schweighofer (sschwei)\Freiburg\IF36_selected-for-analysis-with-Jan'
file_name = 'IF36_spl15_U2OS-DKO_pcDNA-Bax-wt_6hEx_14hAct_cytC-AF488_Tom20-AF594_Bax-SR_cl8_ringheaven.msr'
file_path = os.path.join(root_path, file_name)
# File lesen
im_file = sp.File(file_path, sp.File.Read) #sp. sagt ihm, dass die Funktion aus dem Package kommt, warum brauch ich das?
number_stacks = im_file.number_of_stacks() #hier darf ich das sp. nicht hinzufügen - warum?
print('Messung {} hat {} Bilder.'.format(file_name, number_stacks))
'''#zwei geschwungene Klammern brauchen zwei Variablen
#mit der .format Funktion kann man in nem String geschwungene Klammern als Platzhalter lassen und die Variablen danach
#einsetzen
# Das wäre die Deppen-Version: print("Messung " + str(file_name) + "hat " + str(number_stacks) + ".")
'''
# alle Stacks/Kanäle lesen
for i in range(number_stacks):
stack = im_file.read(i)
'''
# für die Anzahl an Stacks (Bei Abberior ist ein Kanal automatisch immer ein Stack) geht
# er durch und liest die einzelnen Kanäle ein und jedes dieser Elemente hat dann den Namen stack.
# Diese .read Funktion ist aber was anderes als die .Read Funktion von SpecPy, richtig?